坂木带着小智来到一扇由全合金打造的大门口，通过一系列的认证之后，大门缓缓地开启，门后面的火箭队队员们见自己的大老板带着一个十岁的少年，纷纷露出疑惑的表情，坂木集结了火箭队的干部，开始了介绍：“我身后的这位就是我大哥赤虹的儿子——小智！”火箭队的干部们一听，纷纷向小智行礼：“属下参见小智少爷！”
坂木挥挥手，示意他们退下，火箭队的干部就都退下了。坂木对小智说道：“小智，走吧！带你去看看那两只宝可梦。”小智现在明白了，一共有三只梦幻复制体，其中一只在自己的父亲——赤虹的手里，并且还是最原始的超梦，现在的这两只估计是赤虹的超梦克隆体。
小智在坂木的带领下，来到了富士博士的研究房，富士博士见坂木带着一个十岁的少年进来了，赶紧过去行礼：“老板，这位少年应该就是小智了吧？”坂木只是点了点头，随即道：“那两只超梦怎么样了？”富士博士听到这话，说道：“跟我来。”随后就带着坂木和小智来到了三个培养皿前，看到眼前的小爱复制体和两只超梦，小智问道：“怎样才能唤醒它们？”富士博士拿出一块平板电脑递给小智，对他说道：“同时释放超能力，波导之力，常青之力和御龙之力就能够唤醒它们，用平板电脑和它们交流就行。”
小智照做，坂木这时突然下令：“除了富士博士以外的所有人全都撒出去。”其他人照着坂木的命令撒离了实验基地。富士博士问坂木：“老板，小智少爷这一次需要多少时间啊？”坂木看了看小智，回答道：“我也不知道，当初赤虹花了五个月的时间才让那只超梦认可他。”
随着小智不断地释放出四种能力，在超梦的意识空间突然出现一个光团，这个光团渐渐地变成了小智的样子，小智睁开眼睛看了看四周，四周是一个小镇上的景色，天空中有火烧云，应该是黄昏之时。
一个声音传来：“你是谁？”小智看向那个声音的来源，一只幼生体的超梦带着一个小女孩从背后向小智飘来。小智知道这个女孩就是富士博士的女儿——小爱。就在小智打量着小爱的时候，幼生体超梦再次问道：“你到底是谁？”小智回答道：“我是小智。”超梦看着小智，问：“你就是唤醒我的人？”小智点了点头，再次说道：“嗯，我知道有关你的所有，包括这个世界。”
超梦再次发问：“你是神吗？”小智回答道：“不！我可不是神！我是一名穿越者。”超梦又问道：“什么是穿越者？”小智说：“这个问题很复杂。简单地说就是我的前世不是这个世界的人，但是我死亡后魂魄通过轮回来到了这个世界。嗯，这么说你懂吧？”
超梦更加疑惑了：“魂魄是什么？轮回又是什么？你的前世是什么样子的？”小智耐心地解释着：“魂魄和轮回我无法向你解答，但是，我的前世……”小智说着说着就陷入了回忆中。
超梦默默地听着小智的述说，也陷入了沉思中。小爱则是在一旁听着，始终没有发出一点声音。突然，小爱像是感应到了什么，惊恐地对小智和超梦说道：“你们快点离开这里！这个空间快崩溃了！”小智大吃一惊：“什么？”随即反应过来，问道：“那你呢？小爱！你怎么办？富士博士可是一直在等你啊！”
小爱说道：“我个本来应该进入轮回的人，但是我的爸爸把我的身体放入培养皿中，维持着我的生命，我才能够在这片空间中活动，现在，我的生命也应该走向尽头，我也该去轮回了，认识你们，我真的很开心……”小爱说完，她的身形渐渐消散。
“小爱！”超梦和小智同时喊道。
就在这时，小智突然想到自己的虹色之羽，将虹色之羽拿出来，对超梦说道：“超梦，我需要你的帮助，释放超能力和波导之力！”超梦看着小智手中的凤王羽毛，超梦能够感觉到它可以救她。超梦也不废话了，和小智对视一眼，一人一宝可梦同时开口：“波导之力，存于我心！”
紧接着，超梦的波导，超能与小智的波导，超能互相融合，小智又释放了常青之力和御龙之力，凤王羽毛激活了。
与此同时，凤王感应到小智激活了它的羽毛，自语道：“这……为了救人吗？好吧，吾助汝一臂之力！”紧接着凤王发动凤凰涅槃，浴火重生之技将小爱的魂魄凝聚回来。凤王做完这一切，默默地观察着小智，想看小智之后会怎么做。
小智是第一次这么长时间用自己的力量。所以，在退出空间的那一瞬间小智就晕了过去。坂木和富士博士见状立刻跑了过来，坂木喊道：“小智！小智！你怎么样了？小智！”与此同时，被小智唤醒的超梦也打破了培养皿，向小智这边飞来，它抱起小智检查了一下，对坂木和富士博士说道：“他没什么事，只是长时间维持四种力量，支撑不下去，晕过去了。”坂木看向超梦，想要说什么，但是话到嘴边说不出来了。
这时，富士博士看向超梦，问道：“那小爱呢？她怎么样了？”超梦看了一眼富士博士，抱着小智起身，边走边回答道：“她很好，但是她的身体已经不能容纳她的魂魄了，现在只有用超能，波导，御龙，常青四种力量将她的魂魄转移到那个身体里了。”说完，超梦用手指了指还在培养皿中的另一个没有诞生灵魂的超梦。
富士博士听到这里，有些难以置信，看向超梦，问道：“没有别的办法吗？”超梦点了点头，随后向富士博士解释了原因。
小智醒了过来，第一眼就看到了自己旁边的坂木，问道：“坂木大叔，我昏迷了多久？”坂木见小智醒来，赶紧问道：“小智，你怎么样？没事吧？”小智回答道：“没事！”富士博士见小智醒了，赶紧问小爱的情况到底怎么回事？小智跟他解释了一番，富士博士也放下了心中的持念，同时拜托小智一定要照顾好小爱。
小智则是保证自己会照顾好小爱的，与此同时，小爱已经完全掌控了这个超梦的身体，也从培养皿中出来了，一见到小智马上走过去，给小智一个拥抱，对小智说：“小智哥哥，谢谢你！”小智也笑着说道：“不客气。”
这时，坂木，富士博士走过来，看着眼前温馨的一幕，富士博士开口说：“你现在已经不是小爱了吧？那你现在有名字吗？”
“我叫越梦，和超梦一样，是超越梦幻的宝可梦。”小爱，不，应该是越梦自我介绍道。
小智默默地说道：“超梦，越梦，超越梦幻……看样子是刻进基因里面的记忆了。”接着，超梦也走进来，看到小智醒了，再看向越梦，走到小智的前面，直接问道：“我能跟你一起走吗？”
小智听到这话，微微一愣，问：“为什么？”超梦这样回答：“跟着你会是一件很有趣的事。”小智听到这话，苦笑道：“我现在可没法收服你们。”富士博士这时开口了：“小智，你现在应该还没有大师球吧？所以，你才这样说的。跟我来吧。”坂木也说道：“跟他去吧。”
小智就跟着富士博士来到了一个实验室，富士博士见小智没有跟进来，也就随他了，在实验室拿了两颗大师球走出实验室，将他们交给小智，说道：“以后，越梦就交给你了。”小智重重地点头。
随后的事情就简单了，小智用大师球收服了超梦和越梦。跟坂木走出地下室，来到常青道馆，小智召回皮卡丘，并将大针蜂收回，在坂木的目送下走出常青道馆，小霞和小刚见小智进去这么久都没有出来，可能是陷入苦战了。他们想进入看看，但是被门卫拦下来了。终于小智出来了，两人赶紧担心地问小智情况，小智也简单地说了下跟坂木对战的情况，但是，对于超梦和越梦小智是闭口不谈。
就这样，小智在获得绿色徽章后，就有了参加宝可梦联盟大赛资格，就和小霞，小刚一起踏上了回真新镇的旅途。