当天晚上，科林·克里维被石化了，这是一个哈利·波特的忠诚追随者的一年级新生。
贾斯廷·芬列里和差点没头的尼克也石化了。
贾斯廷和差点没头的尼克双双遭到袭击，这使整个霍格沃茨学校里的氛围变得真正恐慌起来。
科林总是和他的相机在一块，这个男孩在学校操场上漫步，记录下他遇到的每件事。当科林被石化的身体被发现时，他正在拍照，手里还紧紧地抱着他的相机。
贾斯廷·芬列里是赫奇帕奇的学生，和他在一起的是差点没头的尼克。
差点没头的尼克——格兰芬多幽灵，幽灵被石化，让学校的氛围更紧张。赫敏想到哈利听到的恐怖声音，推测那会不会一个跟蛇有关的怪物。
于是提议找个时间去图书馆查一下资料，几个人商量好后。这时罗恩提到，金妮最近精神不好，他们兄弟几个都很担心。
韦斯莱家最小的妹妹、刚刚入学的金妮·韦斯莱一直病恹恹。
德拉科私下里找到哈利，"我不知道密室的的事，我爸爸说这与我无关，让我不要操心，我敢肯定密室的继承人一定不是我。我听说密室打开，必须是萨拉查·斯菜特林的血脉。″
哈利：″谢谢，我知道了，你自己要小心。″
哈利在盥洗室发现了一本破破烂烂的黑色封皮的书，第一页写有T.M.里德尔的名字，除此之外，其他页面都是空白的。
罗恩对日记本不感兴趣，但哈利隐约觉得它很重要，并留下来日记。哈利发现日记本可以回应他的问题，于是决定要小心一点，会思考的东西不一定就是好东西。
哈利、罗恩和赫敏一起讨论的时候，找到了一个共同点，密室是五十年前被打开的，这本日记本也是五十年前的。
日记告诉了哈利关于密室的事情。密室被打开过，怪兽攻击了几个学生，最后还弄死了一个。"我抓住了那个打开密室的人，他被开除了。但是校长迪佩特教授因为霍格沃茨出了这样的事而感到丢脸，不许我说出真相。他们向外面宣布说，那个姑娘死于一次古怪的事故。他们给了我一块金光闪闪的刻着字的漂亮奖牌，奖励我的辛劳，并警告我不许乱说。但我知道这种事还会发生。怪兽还活着，而那个有能力释放它的人并没有被关起来。”
汤姆有意无意的引导哈利认为，这个人是海格，而那个怪兽是巨蜘蛛。
还没等哈利跟日记问更多的事情，日记本丢了。
这一天，哈利和罗恩、赫敏一起离开礼堂，去往魁地奇比赛的时候，赫敏似乎明白了什么，急忙跑去图书馆。
魁地奇比赛取消了，又有人石化了，而石化的人是赫敏。
学校里采取了有些措施，要求学生除了上课都必须留在各自学院的公共休息室里。哈利和罗恩利用隐形衣在一个深夜去了海格那里。在那里，他们遇到魔法部部长康奈利·福吉要把海格送去阿兹卡班，邓布利多被暂时停职。
海格离开前对哈利提出了蜘蛛的暗示，哈利和罗恩跟着蜘蛛的足迹进入了禁林，并遇到了超大的蜘蛛阿拉戈克。阿拉戈克告诉他们，城堡里的生物是一种蜘蛛最害怕的古代生物。
一路的推测都失败，让他们格外受挫，然后哈利灵光一闪，阿拉戈克说那个死去的姑娘是在盥洗室里被发现的，难道是哭泣的桃金娘？
哈利去看赫敏的时候，发现她手心里的纸条，纸条是一本很旧的图书馆藏书上撕下来的一页纸，上面记载了蛇怪或蛇王，最离奇、最具有杀伤力，瞪视也能致人死亡。纸张上赫敏写了一个字：管子。
结合种种信息，哈利和罗恩终于推测出，密室的入口就在哭泣的桃金娘的盥洗室。
他们还没来得及去验证密室入口，就又出事了。韦斯莱家最小的妹妹金妮被怪兽掳走了，直接带进了密室。
罗恩："不可能，金妮是纯血统，为什么？"
于是，他们决定闯入密室救人。打开密室入口后，威胁洛哈特一起进入密室。洛哈特被自己施咒反弹遗忘了所有，而罗恩被落下的石头困住，只有哈利一个人进入了密室的深处。哈利在密室深处发现了昏迷的金妮和虚化漂浮的汤姆·里德尔。里德尔说他是日记里保存了五十年的一段记忆。里德尔说，“这一切都是金妮做的，她被日记本蛊惑，打开了密室，掐死了学校里的公鸡，并在墙上涂抹了那些吓人的文字；放出斯莱特林的蛇怪，袭击了四个麻种，还有那个瘦猫。"
后来，金妮起了疑心，把日记本丢掉。但日记本被哈利捡到了，为了获取哈利的信任，里德尔决定让哈利亲眼目睹他抓住海格那个大蠢货的著名壮举。
可是，他的打算落了空，金妮知道了日记本被哈利捡了之后，为防止哈利受到伤害，就去偷走了。哈利见到了凶手，不能说一个完整的人，真能说是一段记忆，在不断的回忆，回忆的时候，那个影子就会变得越来越清楚，当清楚展现在眼前的时候，哈利才知道原来年轻的伏地魔的模样，更加知道了，当年为什么海格被开除。
哈利终于得知汤姆·马沃罗·里德尔，就是伏地魔。所以里德尔的目标变成了哈利。里德尔召唤出蛇怪，命令蛇怪杀死哈利。
佩妮从小便训练哈利击剑和武术，时常带他去冒险，所以哈利的体力和身手都不是同龄人可以比的。
在一场激烈的战斗中，哈利成功击败了蛇怪，在战斗过程中，邓不利多的凤凰来了。
借助凤凰的帮助，哈利用格兰芬多的剑破坏了里德尔的日记，拯救了被困在密室中的金妮·韦斯莱。经过这次冒险，哈利明白到，真正的勇敢不是面对强大的敌人，而是勇敢地去面对自己内心的恐惧。
放暑假后，哈利兴致勃勃的和佩妮讲述学校的事情，又告诉佩妮他学到了什么。佩妮为了奖励他，带哈利去埃及旅行，正好遇上了韦斯菜一家，于是几人结伴旅行。
开学的那天，风雨交加，三个小伙伴只找到一个空包厢，角落里还缩着一个衣衫褴褛的人。
赫敏："他应该是教授，你看，他的箱子上写着R·J·卢平。”
车上的气氛有点凝重，罗恩抱怨道：“都是因为布菜克，他越狱了。哈利你可能不知道，小天狼星·布莱克是魔法世界最臭名昭著的囚犯,据说他是伏地魔的忠实追随者,十二年前他曾经用一句咒语杀害了十三个人。现在,他竟然从层层守卫之下的阿兹卡班监狱逃了出来，真是太糟糕了。”
哈利：“他是怎么逃出来的，布菜克已经在阿兹卡班关了十二年了。”
罗恩：“不知道，魔法部派了摄魂怪，正在到处找他。”
哈利问道：″摄魂怪是什么？″