湘军投降后，武昌之战告一段落。复兴军大获全胜，顺利实现二次西征“三步走”第一个目标：歼灭湘军主力。
与此同时，北路军也在江北取得重大胜利。李秀成在麻城追上湘军大佬胡林翼，击败胡林翼的两千孤军。
胡林翼本就体弱多病，连日作战之后创伤发作，不治而亡，剩余湘军溃散。
湘军普承尧部亦在汉口被重重包围，突围失败，被迫投降。
形势对复兴军十分有利。
兵贵神速，吴捷向复兴军发出动员令，要求部队充分发扬英勇顽强、连续作战的优良作风，迅速深入两湖，彻底击败清军残余，实现二次西征的第二个目标：军事占领两湖。
紧随其后，吴捷指示司令部，向各路兵马发出作战命令，具体部署作战事宜：
一、关于部队出发时间。
自接到动员令起，复兴军各部可有三天时间休整，主要用来总结经验，整理军械，鼓舞士气，赏功罚过。
三天之后，部队必须拔营西进。北路军负责攻占湖北全境，南路军负责攻占湖南全境，中路军负责以水师支援南、北两路兵马。
二、关于兵力调整。
北路军方面，需面对的清军有荆州八旗、湖北绿营。加之湖北腹地较广，北接陕西、河南、西接四川，为天下中枢，军事价值高于湖南。
但北路军实力偏弱，为彻底占领湖北，为北路军增加兵力。其中，太平军韦俊部全部渡江至江北，归北路军指挥。第二师一团、二团渡江，由副师长王铮率领，归入北路军序列。
经过武昌之战，韦俊尚有太平军近三万人。吴捷令韦俊将三万人缩编成一万人，其余人马尽行迁往湖北黄石，参与开发黄石铁矿。
这已是格外开恩。当初罗大纲整编属下太平军，也不过才保留了七八千人。因韦俊让出了武汉三镇，又是用人之际，故吴捷允许他保留一万人马。
北路军仍以第五师师长罗大纲为统领，复兴委员于中川辅之。为提高罗大纲的威望，便于罗大纲协调友军，吴捷升罗大纲为左七军副军长，兼任第五师师长。
南路军方面，以第二师、第四师为主力，辅之以太平军陈玉成、杨辅清、黄文金三部，兵马略有减少。
南路军之前要打击湘军主力，实力较为雄厚。湖南军事价值不如湖北高，而当面之敌主要是刘松山的一万湘军，故抽调了兵力补充北路军。
南路军统领仍为左七军军长冯桂芳。
中路军兵力暂时不变，仍以右二军军长史潘西作统领。
三、关于作战任务和行军路线。
今后一段时间，各路兵马以军事占领湖南、湖北为主要任务。
中路军仍需担任开路先锋，主要走水路，溯长江而上，以湖南岳阳、湖北荆州、湖北宜昌三地为主要目标。
其中，湖南岳阳地处洞庭湖与长江交汇处，是湖南北大门。中路军占领岳州后，应分派第一师铁甲舰深入洞庭湖，围歼杨载福的湘军水师。
荆州、宜昌是长江中上游重要城市，历来都是江防重镇，必须迅速占据之，以夺控水师优势。
北路军应集中精锐，水路并进，沿汉江逆流而上，直接进攻襄阳。
顾祖禹有言：“夫襄阳者，天下之腰膂也。中原有之，可以并东南；东南得之，亦可以图西北者也。”又说“以天下言之，重在襄阳”。
北路军占据襄阳，西可以进陕西，北可以窥河南，日后可以作为北伐的前进基地。
除此之外，北路军还要深入湖北腹地，占据整个湖北。特别是，要配合中路军，牢牢控制宜昌。
湖北宜昌府与四川夔州府相接，复兴军控制宜昌，一来可以支援已经进军四川的太平军石达开部，合击湘军刘长佑部；二来可以堵住石达开东扩之路，为日后进军西南做准备。
武昌之战刚爆发时，南路军从赣西分出两支偏师。在左七军参谋长卢波克、太平军大将黄文金的率领下，这两支偏师相继攻克湘潭、浏阳，牵制住湘军刘松山部，取得重大胜利。
南路军主力将走陆路，直扑湖南省会长沙。太平军黄文金继续从浏阳方向进攻长沙，参与长沙之战。
在湘潭的左七军，将得到南路军的增援，从湘潭掉头南下，以重镇衡阳为目标。
衡阳是岭南地区的北上通道，也是两湖、江西南下两广的必经之道。它“扼荆湖南北，引交（越南）广（广州）为颈，更有衡山为后，湘水在前，为湘东重镇。”
在华南，衡阳的位置相当于黄淮地区的徐州，也是四战之地。复兴军若能占据衡阳，便可南下威胁两广。
攻下长沙、衡阳后，南路军再折向西边，经略常德府、宝庆府等地，进而占领湖南全境。
各路兵马占据湖南湖北后，暂时停止扩张，转入二次西征第三步战略：在两湖建立稳固的基层政权。
四、关于司令部的设置。
吴捷随司令部进驻武昌，主要负责协调各路兵马行动、保障后勤补给。
近卫团两千人、司令部直属队五百人负责保卫武昌。除此之外，驻守安徽的左七军第三师雷振邦、驻守天京的左七军第一师徐琛部，各自抽调三千兵马来鄂，分别增援北路军、南路军。
徐琛和雷振邦都是吴捷的老部下，第一师、第三师也都是根正苗红的复兴军老牌部队。两部抽调六千援军，将有助于复兴军尽早占据两湖。
这六千援军已于湘军投降前来到武昌城外，主要负责两项工作：一为保卫武昌安全，二为处置湘军战俘。
待湘军战俘处置完毕后，六千援军将前往湖北、湖南前线，分别支援北路军、南路军行动。
五、关于战俘处置工作。
此次武昌之战，复兴军俘虏湘军、绿营、八旗约两万五人。清军战死约一万五千人，另有一万余人溃散。
俘虏中，湘军约有一万多人，八旗、绿营约有一万五千人，地方团练无算。江北的俘虏主要集中在汉阳、汉口两地，以八旗、绿营为主，湘军约有三千人。江南的俘虏主要集中在咸宁、金牛镇、贺胜桥等地，湘军超过七千。
江北的俘虏处置工作，由第三师援军三千人负责。江南的俘虏处置工作，由近卫团两千人、第一师援军三千人负责。
复兴军在俘虏工作上已经具有丰富的经验。此次处置清军战俘，仍需严格执行优待俘虏政策，尤其要特别优待湘军战俘。
对于军官，中上级以上军官均要统一送至江西九江，由复兴会政工部敌工处集中组织，进行深入的思想教育、改造。教育改造至少需要三个月，最后再由敌工处进行甄别：
罪大恶极的公审绞首，思想积极的留用，思想消极的遣散，思想顽固、反动的留下劳动改造、监禁。
何为中上级军官？对于八旗、绿营来说，指的是五品以上武官。对于湘军来说，指的是营务处的参谋、粮台的后勤官、营官以上带兵官。
对于中下级官兵，思想改造无需像军官那样严格。吴捷给复兴军一个月的时间处置战俘，目标仍是三三开：
吸引三分之一的优质战俘加入复兴军，吸收三分之一的战俘加入复兴会旗下的工矿企业，剩下三分之一战俘遣散回乡。
一个月后，复兴军第一师、第三师援军需完成战俘处置工作，把“新战士”（加入复兴军的清军战俘）拆散送至前线各路兵马。援军六千人亦要归入北路军、南路军序列，尽快占据两湖。
六、关于建立基层政权问题。
复兴会需从江西、安徽两处根据地动员六千名干部，配合复兴军在湖南、湖北建立基层政权。其中，江西方面出四千五百名，安徽方面出一千五百名。
这六千名干部无需一步到位，可以分批次出动，具体听司令部统一安排。
第一批一千名干部，江西方面出八百人，安徽方面出二百人，需尽快到武昌司令部报到，具体要求由司令部统一明确。
这第一批一千名干部，主要配合复兴军，在湖北武昌府、黄州府、汉阳、汉口，湖南浏阳、湘潭、茶陵州等新占领的地区发动群众，分田到户，在乡镇一级建立基层政权。