约在熹平年间（172-177年），冀州巨鹿郡人张角以学习黄老道为名，创立太平道。随着信徒日益增多，遍布全国八州，张角渐生异心，暗中筹备起兵反汉。
范书《皇甫嵩传》：十余年间（约170-184年），（太平道）众徒数十万，连结郡国，自青、徐、幽、冀、荆、杨、兖、豫八州之人，莫不毕应。——其实，司隶、益州亦有信徒。
张角在邺城（邺县属冀州魏郡，且为郡治。）起家，再与信徒会于真定（真定县属冀州常山囯。），取“大业可定”之意。张角原定于中平元年（184年，按干支法，本年为甲子年。）三月五日起事[3]，不料其门徒唐周【范书《皇甫嵩传》作“济南唐周”，袁纪作“济阴人唐客”。】向东汉政府告密，灵帝刘宏下诏查办太平道并捉拿张角。
《搜神记·卷6》：起于邺者，天下始业也，会于真定也。
范书《皇甫嵩传》：（马）元义数往来京师，以中常侍封谞、徐奉等为内应，约以三月五日内外俱起。
二月，张角见事情败露，便提前发动叛乱。张角自称“天公将军”，其弟张宝、张梁分别为“地公将军”和“人公将军”。叛军皆以头戴黄巾以相识别，所以被称为“黄巾贼”。
《太平御览·卷687·服章部四》引《续汉书》：鉅鹿张角自称天师，弟子数十万人。始起兵，皆着黄巾以相识别，故世谓黄巾贼。
一时间，黄巾军声势浩大，打得地方政府措手不及，官员百姓纷纷逃亡。
冀州甘陵王刘忠及安平王刘续被俘，常山王刘暠弃国逃走。后，刘忠与刘续被朝廷赎回并复国。
刘宏问计于群臣后，三月七日，朝廷宣布解除党锢，鼓励士人及善于军事者加入政府军【曹操、孙坚、刘备均在这次历史事件中崭露头角。】。河南尹何进拜大将军，设八关【分别为雒阳周边的函谷、广成、尹阙、大谷、轘辕、旋门、小平津、孟津这八个关卡。】都尉，布防雒阳周边。
皇甫嵩与朱儁分别出任左、右中郎将，率军四万余人，东讨豫州颍川黄巾。北地傅燮拜护军司马，从皇甫嵩部；河间张超拜别部司马、下邳丞吴郡孙坚拜左军司马，从朱儁部；侍御史太原王允拜豫州刺史，协同作战。
卢植拜北中郎将，护乌桓中郎将【按《百官志》，并无“护乌桓中郎将”一职，疑为“护乌桓校尉”。】宗员为其副将，率军至冀州讨伐张角。
荆州南阳黄巾渠帅张曼成，自称“神上使”，聚众数万人，攻杀太守褚贡，屯兵宛城。朝廷以江夏都尉秦颉为太守，与荆州刺史徐璆合力围剿。
四月，朱儁部先入颍川，为黄巾渠帅波才所败，朱儁与皇甫嵩退守长社县城，波才随即围城。
汝南郡太守赵谦与黄巾军战于邵陵县，大败，赵谦仅以身免，功曹封观等七人临阵战死。
幽州刺史郭勋与广阳郡太守刘卫为黄巾军所杀。刘备从校尉邹靖讨伐黄巾。
五月，皇甫嵩定下夜袭火攻之计，骑都尉曹操率军适时赶到，前后合击，大败波才军，政府军乘势追击，又在颍川郡阳翟县（郡治）击败波才。
大将军何进查办马元义桉，中常侍封谞、徐奉受牵连，一并伏法。何进因此功封慎侯。
六月，秦颉击败张曼成，斩之，黄巾余党拥赵弘为渠帅，据守宛城。
皇甫嵩与朱儁又击败黄巾渠帅彭脱于汝南郡西华县，再平陈国黄巾，至此，豫州平定。皇甫嵩将功劳归于朱儁，朝廷拜朱儁为镇贼中郎将，封西乡侯，转讨荆州南阳郡黄巾军，皇甫嵩封都乡侯，率军东伐兖州黄巾军。
卢植率军数败冀州黄巾军，张角、张梁退守广宗城，其弟张宝据守下曲阳城。卢植使巨鹿郡太守郭典围攻下曲阳，自己率军包围广宗，制器械筹备攻城。监军小黄门左丰回京后却诬陷卢植消极作战，围而不攻，刘宏大怒，将卢植以罪征回，又以董卓拜东中郎将接管冀州战事。
七月，董卓率军与郭典合力攻打下曲阳，旷日攻城，仍未攻克。
《太平御览·卷317》引《江表传》：郭典字君业，为鉅鹿太守，与中郎将董卓攻黄巾贼张宝于下曲阳。——此条史料另见卷496。
八月，皇甫嵩率军与兖州黄巾军战于东郡仓亭，大破之，傅燮率军勇擒三名渠帅。另，兖州黄巾起事时，东阿县丞王度烧仓库响应，县人程昱击败王度，保全一县。
八月三日，朝廷诏令皇甫嵩北伐冀州黄巾军，董卓以罪征回。
自六月至八月，朱儁等人攻宛城而不克，刘宏求胜心切，欲罢朱儁，司空张温劝解。朱儁听闻，急令攻城，虽仍不克，却斩杀赵弘。黄巾余党又拥韩忠为渠帅。
朱儁又以声东击西之计，攻破外城，韩忠困守内城，使人求和，朱儁不许，再战之时，韩忠突围失败，遂降。秦颉以积忿杀韩忠，黄巾余党又叛，拥孙夏为渠帅，困守内城。
约九月，张角病死于广宗城。
十月，皇甫嵩与张梁交战于广宗，斩之。皇甫嵩将张角剖棺戮尸，传首京师。再北上围下曲阳，与郭典合力攻城。
十一月，皇甫嵩攻破下曲阳城，斩张宝。朝廷拜皇甫嵩为左车骑将军，领冀州牧，封槐里侯，封邑八千户。
十一月二十二日，朱儁攻破宛城，孙夏突围而出。朱儁率军追至西鄂精山，斩之。朝廷拜朱儁为右车骑将军。朱儁以孙坚先登有功，表为别部司马。
陈志《孙破虏讨逆传》：汝、颍贼困迫，走保宛城。（孙）坚身当一面，登城先入，众乃蚁附，遂大破之。（朱）儁具以状闻上，拜坚别部司马。
十二月二十九日，朝廷宣布大赦天下，改元“中平”。
曹操拜济南相，傅燮拜安定属国都尉，刘备拜安喜尉；卢植、董卓免罪，卢植官复原职。
皇甫嵩奏请免除冀州一年田租，刘宏批准。
本年，刘宏在南宫查阅旧章，见到杨赐等人在光和四年（181年）及六年（183年）上书要求查办太平道的奏章，便下诏以“先策黄巾”为杨赐等人封侯。
中平二年（185年）春，朱儁班师回京，复领光禄大夫，封钱塘侯，封邑五千户，加位特进。
扬州黄巾军攻打庐江郡舒县（郡治），太守羊续率军讨平之。
中平四年（187年）二月，司隶河南尹荥阳发生黄巾军叛乱，攻杀中牟县令落皓及主簿潘业。河南尹何苗率军平叛。
三月，何苗平定荥阳黄巾，朝廷拜何苗为车骑将军，封济阳侯。
中平五年（188年）二月，黄巾渠帅郭泰起兵于并州西河郡白波谷，攻打太原郡、河东郡，聚众十余万人。其部下有韩暹、杨奉、胡才、李乐等人。
四月，汝南郡黄巾起兵于葛陂乡，攻打周边郡县。沛国谯县人许褚率宗族与其对抗，陈王刘宠率数千强弩屯兵都亭。
范书《孝明八王列传》：中平中，黄巾贼起，郡县皆弃城走，宠有强弩数千张，出军都亭。国人素闻王善射，不敢反叛，故陈独得完，百姓归之者众十余万人。
六月，益州黄巾渠帅马相、赵祗起兵，攻杀绵竹县令李升，聚众万余人；
马相又派遣王饶、赵播等人攻克广汉郡雒县（州治及郡治），杀益州刺史郄俭【王饶、赵播见《华阳国志·卷5》及“卷10下”，《太平御览·卷441》引《益部耆旧传》作“赵蕃”。】。
马相自称天子，再攻克巴郡，斩杀太守赵部。
益州从事贾龙率军击败马相，使人迎新任益州牧刘焉入蜀，刘焉以绵竹县为州治。
初，从事（郄俭置）燕邠听闻郄俭遇难，独自赴难而死。刘焉听闻此事，将不敢赴难的从事董馥、张胤二人诛杀以示惩戒。
《华阳国志·卷10下》：（燕）邠为刺史郄俭从事，使在葭萌，与从事董馥、张胤同行。俭为黄巾贼王饶、赵播等所杀，邠闻故哀恸，说馥、胤赴难，二人不可。邠叹曰：“使君已死，用生何为！”独死之。牧刘焉嘉之，为图象学官，诛馥等。
县令锜裒遇害，主簿韩揆随贾龙参与平叛，斩杀马相后，韩揆自杀殉主。
《华阳国志·卷10中》：韩揆，字伯彦，绵竹人也。为令锜裒主簿。值黄巾贼入界，扶裒走入草中。裒遣求隐翳处，未还，裒为贼所得，见害。揆殡殓葬埋讫，诣从事贾龙求兵讨贼。贼破，曰：“本报令君，而苟自活，非忠。”乃自杀。锜裒疑为雒县令。
十月，青、徐两州又出现黄巾军。朝廷拜陶谦为刺史，陶谦以泰山人臧霸、孙观等人为将，大破黄巾。
十一月，朝廷令下军校尉鲍鸿讨伐葛陂黄巾，不克。
十月三日，朝廷（董卓）使牛辅率军讨伐白波黄巾，不克。
因为孔融多次忤逆董卓，董卓使三公府举孔融为北海相。孔融实无领兵之才，先后为黄巾渠帅张饶、管亥所败。郑玄之子郑益恩率家兵赴难，为管亥所杀。
张饶见范书《孔融传》，《袁纪·卷30》作“张余”；管亥见范书《孔融传》及陈志《太史慈传》等。
初平元年（190年）正月，关东反董联军起事，白波黄巾攻打河东郡。
孙坚率军在荆州南阳郡内宛县及邓县两地讨伐黄巾。
陈志《程普传》：（程普）从孙坚征伐，讨黄巾于宛、邓。
此后，袁绍、袁术等人均联络附近黄巾为盟友，共同反董。
陈志《武帝纪》：汝南、颍川黄巾何仪、刘辟、黄邵、何曼等，众各数万，初应袁术，又附孙坚。陈志《臧洪传》：足下（陈琳）讥吾（臧洪）恃黑山以为救，独不念黄巾之合从邪！
青州刺史焦和率军西进欲参加反董联军，但青州黄巾起事，焦和率军与黄巾军隔河对峙。后，焦和病逝，袁绍与公孙瓒争战，青州遂乱。
陈志《臧洪传》裴注引《九州春秋》：是时英雄并起，黄巾寇暴，（焦）和务及同盟，俱入京畿，不暇为民保障，引军逾河而西。……黄巾遂广，屠裂城邑。
初平二年（191年）十一月，青州黄巾军攻打兖州泰山郡，为太守应劭所败，遂转攻冀州勃海郡。公孙瓒与青州黄巾军战于东光县，大败黄巾。朝廷（董卓）拜公孙瓒为奋武将军，封蓟侯。
本年，前将军赵谦讨伐白波黄巾军，有功，封郫侯。
范书《赵谦传》：（赵谦）转为前将军，遣击白波贼，有功，封郫侯。
——可推杨奉此时归李傕，郭泰、韩暹、胡才、李乐等重返黑山。于夫罗在流亡期间，多次联合白波、黑山作乱。
豫州刺史（袁术置）孙坚表奏朱治行督军校尉，率步兵骑兵，前往徐州，协助徐州刺史陶谦平定黄巾。
陈志《朱治传》：（孙坚）表（朱）治行督军校尉，特将步骑，东助徐州牧陶谦讨黄巾。
初平三年（192年），青州黄巾军入兖州，攻杀任城相郑遂。兖州刺史刘岱迎战，败亡。济北相鲍信等人迎东郡太守（袁绍置）曹操入兖州，至本年冬，青州黄巾三十万降于曹操。
约初平四年（193年），青州黄巾渠帅管亥围攻北海国都昌县，孔融使太史慈向平原相刘备求援，待刘备率三千人马增援，管亥解围而走。另，郑玄之子郑益恩在此战中殒命。
《太平御览·卷362》引《郑玄别传》：（郑）玄一子名益，字益恩。年二十三，相国孔府君举为孝廉。府君以多寇屯都昌，为贼管亥所围，乃令从家将兵奔救，遇贼见害，时年二十七也。
兴平二年（195年），皇帝刘协从长安返回雒阳途中，被李傕等人率军追击。护送将领之一的杨奉，原为白波黄巾军将领，他派人去联络白波黄巾军将领李乐、韩暹、胡才及匈奴左贤王去卑前来护驾。
十二月，东归队伍抵达河东郡安邑县。
建安元年（196年）正月，曹操讨豫州汝南、颍川郡黄巾，何仪降。朝廷（刘协）拜曹操为建德将军。
李通讨伐汝南郡黄巾军，生擒渠帅吴霸，吞并其部。后，李通率众归附朝廷（曹操），拜振威中郎将，屯兵于汝南郡西界。
陈志《李通传》：（李通）又生禽黄巾大帅吴霸而降其属。李通本荆州江夏郡人，乱世时起兵于汝南郡郎陵县。
六月，胡才留在安邑县，李乐、杨奉、韩暹、董承随刘协返回雒阳，途中李乐退出。
六月二十二日，东归队伍抵达雒阳，韩暹拜大将军并领司隶校尉，杨奉拜车骑将军。曹操写信盛赞杨奉，杨奉大喜，表曹操为镇东将军、嗣其父爵位费亭侯。
之后杨奉出屯梁县，韩暹与董承在雒阳争权。
八月，董承私招曹操进京为援，韩暹被迫投杨奉。曹操骗过杨奉，将刘协转移至许县定都。
十一月，杨奉、韩暹作乱，被曹操击败，转投袁术。
之后，杨奉被刘备诈杀，韩暹北归途中遇难，李乐病死，胡才为仇家所杀。白波黄巾自此消亡。
本年，郑玄自徐州返乡（青州北海国高密县），途遇黄巾军，黄巾军听闻郑玄大名，沿途跪拜两旁，约定不去侵略高密县。
建安五年（200年），曹操与袁绍相持于官渡，汝南黄巾刘辟叛曹应袁，袁绍使刘备助其攻打许都，曹操则派曹仁讨平之。
建安七年（202年），吴郡太守、行扶义将军（孙权置）朱治，讨伐黄巾余党陈败、万秉等人。
陈志《朱治传》：（朱治）征讨夷越，左定东南，禽截黄巾余类陈败、万秉等。
自孙权掌权，扬州各地多有黄巾作乱，长史张昭率军讨平之；会稽郡官吏留赞与黄巾军作战，阵斩渠帅吴桓。
陈志《张昭传》裴注引《吴书》：（孙）权每出征，留（张）昭镇守，领幕府事。后黄巾贼起，昭讨平之。
陈志《孙峻传》裴注引《吴书》：留赞字正明，会稽长山人。少为郡吏，与黄巾贼帅吴桓战，手斩得桓。
建安八年（203年），曹操部将乐进讨伐青州乐安黄巾，定乐安郡。
建安十二年（207年）十月，济南、乐安黄巾徐和、司马俱等攻克郡县，杀害济南王刘赟。朝廷（曹操）令典军校尉夏侯渊督泰山（太守吕虔）、齐、平原三郡【建安十一年（206年），朝廷（曹操）废八郡国，齐国、平原国名列其中，故本年称郡。】讨平之，屯兵徐州东海国的威虏将军臧霸亦有战功，战后领徐州刺史。
自此，汉末史书再无黄巾起事。