震天动地的吼叫声，吓坏了故宫里的那位小皇帝，还以为又发生了什么与他有关的变故。
而总统府里，徐世昌正在为刚从日本回国的章宗祥公使设宴洗尘，作陪的还有钱能训、曹汝霖、陆宗舆等。外边不时传来数千学生要向美、英、法使馆请愿，向日本使馆示威的消息，这顿宴会吃得很不是滋味。
警察总监吴炳湘也跑来转告曹、章、陆三位：“学生的怨气很大，请诸位暂留公府，千万不要出府回家。”
蔡元培人虽在校长室，心却一直追随着游行队伍。先是听说赵家楼起火了，大批军警出动，后来又听说总算没有开枪弹压，学生们已平安回来。最终的消息是，以许德珩为首的三十二位学生已经送监，其中北大学生就占了二十名。蔡元培再也不能坐视了。
当天晚上，北大全体学生齐集法科大礼堂，商讨营救方案。会场上群情激奋，议论纷纭。有主张去围攻国务院，打警察总监，把事情干脆闹大的。也有人主张全体赴警察厅交涉，不救出被捕同学决不回校。
这时蔡元培来到会场，同来的还有他邀来的法律专家王宠惠（他们一直在商讨营救被捕学生的法律途径）。
据陶希圣等人回忆，蔡进到会场后，“安静、祥和、从容”地对学生说：“现在不是你们学生的问题，是学校的问题，不只是学校的问题，是国家的问题。被捕同学，我去保出来，你们可以散会。”同时他也动情地说，“希望”学生“听我一句话……从明日起照常上课”。
散会后蔡元培独自走出了会场，乘着那辆孙宝琦送的旧马车，消失在夜雾中。
他急于去拜访一个人。刚才他已联络了北京十四所高校的校长，定于次日下午在北大开会，打算成立以他为首的“校长团”，全力营救学生。而王宠惠也从法律方面提醒他，纵火事件已授人以炳，政府万一提交法庭审理将后患无穷。
马车终于在一片宽敞的大宅院前停了下来。他要找的正是闲居在家的孙宝倚，这位当年清政府的驻德公使，即是促成他1907年留学德国的恩公，也是段祺瑞平时最为敬重的长者之一。
蔡元培开门见山，请求他对段氏说明学生的举动全出自爱国热情，希望能尽快释放。孙宝琦却深表犹豫，他深知段祺瑞那位“参战督办”的性格，觉得这件事闹得太大了，心里实在不想卷入这场是非，怕丢了老面子，还遭人怨恨。蔡元培的游说失败了。
关于此事，还有一个版本。
说蔡元培在会场对学生承诺说：“你们安心上课，并且不必外出，我保证在三天之内，把被捕的同学营救出来。”
其实他也没有什么好办法：他来到了段祺瑞敬重的老前辈孙宝畸家中，请他代为说情，并表示“愿以一人抵罪”。老人因为这件事闹得太大，深表犹豫。见孙老面有难色，蔡先生就用了“坚硬的柔软”的办法：呆坐在孙老先生的会客室里，不走不说，从晚上九点一直过了十二点也不走，直到孙老答应全力以赴以后才回家。
而就在这天深夜，在北大西斋的学生宿舍里，罗家伦正激情澎湃地为《每周评论》写稿，名字就叫《“五四运动”的精神》，是他第一次在中国发明了“五四运动”这个名词。
这天子夜，当蔡元培孤身一人乘车疲乏地回家时，北京城里又发生了一件大事。虽然有关这次游行示威的消息，遭到了严密封锁，但还是有几位学生蒙过政府的耳目，通过天津租界的一个外国机构发出一份电报。这电报就成了5月5日轰动上海各大报纸的特大新闻。
上海闻风而动。当天下午，上海公共团体如中国教育会、商会、职业工会等纷纷致电北京政府，要求撤去三位卖国大员，无条件释放被捕的学生领袖。
整个上海都焦急地等待着政府答复，但一直杳无消息。
学生们首先不耐烦了，率先宣布罢课。成群结队地上街演说，沿着南京路挨户劝说店家罢市。不到一个钟头，南京路上的所有店户都关上大门。罢市风声迅速地蔓延开来，全上海的商店都关门，成千上万的市民在街头聚谈观望，交通几乎阻塞。正当租界的巡警束手无策时，却不知从哪涌来了一队童子军，代替巡警维持起街头秩序并指挥交通。
五四运动很快从上海和北京，蔓延到了全国。
5月5日是星期一，学生并没有按照蔡元培的“希望”去上课。这天上午，各校学生代表聚集北大，成立北京中等以上学生联合会，发动了大罢课。
下午，蔡元培召集北京高校校长到北大商讨营救对策，当即组成以蔡元培为首的“校长团”，随后蔡率“校长团”先后去警察厅、教育部、国务院及总统府交涉。
6日晚，在蔡元培一行人的强烈要求下，当局终于妥协，同意“有条件放人”。条件是国耻日不准学生参加国民大会，各校学生次日起一律复课。蔡元培等当即予以承诺。
当晚十点左右，蔡回到北大，召集学生领袖罗家伦、方豪等人说明交涉经过，劝说他们动员学生次日上课，并表示“可以用生命人格为担保”。
7日上午，被捕学生被各校用汽车接出，一起到了北大。蔡元培与北大师生齐集红楼门外，列队欢迎这些获释的学生，场面很沸腾。
关于五四运动，前边已经做了较为详尽的介绍，就不再累述了。这里想说的是，蔡元培在这场运动中究竟充当了什么样的角色？
首先，五四运动的爆发不是偶然的，和北大等在天安门举行的庆祝欧战结束，和大家对巴黎和平会议的期望是有直接关系的。再往远了说，和新文化运动，和蔡元培在北大的改革，和对学生所进行的爱国主义教育肯定是有关系的。
因此，如有些人所说，五四精神至少有一半是体现在蔡元培身上的，因为每一个清醒的人都会认识到这样的事实：没有北大就没有五四，而没有蔡元培先生就没有这样的北大。
经过这一系列改革，北大在短短的两三年内脱胎换骨，由一个“官僚养成所”初步转变成为一个“研究高深学问的机关”。在这个研究高深学问的机关里，大师云集，玉树盈阶，质疑问难，弦歌不辍，各种新学说、新思潮.喷薄而出争奇斗艳。
“思想自由之通则，而大学之所以为大也。”改革后的北大，正呈现出蔡元培心目中的“大学”之“大”。这种“大”，不仅是大师之大，学问之大，更是精神之大，气象之大。它表现为一种全新的思维方式和言行方式：不唯书不唯上，不迷信权威，敢于质疑批判；精神独立，思想自由，勇于求异创新。
这样一种大气象，在精神上和思想上为五四运动的发源做了充分的准备。
所以胡适说，“五四运动不是偶然的”，它是“有两年半的新思潮新文艺做背景”的，而这“新思潮运动的意义，就是一种批评评判的态度和精神，重新估定一切的价值”。
周策纵更是肯定了北大改革与五四运动的内在关系，他认为：“蔡元培在国立北京大学由1917年开始推行的各种改革，其在‘五四运动’发挥的重要性，不下于陈独秀之创办《新青年》。”
其实，自陈独秀被蔡元培“网罗”进北大之后，《新青年》就成为北大的一部分。经过蔡元培改革的北大，正是因为有了大批新型知识分子，因为有了《新青年》《新潮》，所以如虎添翼，它在人才上、思想上、精神上、组织上都已经为五四运动做好了准备，北大成为五四运动的发源地实乃势所必然。
在这个意义上可以说，蔡元培既是运动的奠基者和筑路者，也是运动的引发者和护航者，又是运动的助推者、行动者。
当然，这里边还有许多的具体情节，一是关于蔡元培的“报信”。
北大学生原定于5月7日（国耻纪念日）到天安门举行大规模抗议，按照罗家伦（当年新潮社学生领袖）的说法，计划“由北大学生在天安门外率领一班群众暴动”。后来将行动提前到5月4日，则与蔡元培有直接的关系。
据当时与蔡过从甚密的叶景莘（时任北京欧美同学会副总干事，蔡为总干事）回忆，国务总理于5月2日晚密电参加巴黎和会的中国代表团在“山东权益”协议上签约，3日蔡元培从汪大燮处得知这一消息，“当晚九点左右，蔡先生召集北大学生代表去谈，其中有段锡朋、罗家伦、傅斯年、康白情诸先生”。
另据许德珩（当年国民社学生领袖）回忆：“最初，这个消息是北洋政府外交委员会委员长汪大燮告诉蔡先生的，蔡先生马上透露给我。”
许回忆这是2日晚上的事，因为正好这天晚上《国民》杂志有个例行的社务会议，“讨论了卖国的北京政府准备在和约上签字的问题”。还有田炯锦（当年北大学生）回忆，５月３日下午，与田同住一室的狄君武回宿舍，说起“今天下午在一个会议上，蔡先生言巴黎和会的情势……”
蔡元培向北大学生透露这个消息是5月2日还是3日？到底首先是透露给谁的？各人回忆细节略有差别，但可以确定的一点是，正因为北大学生从蔡元培那里得到这个坏消息，遂于5月3日晚七点在法科大礼堂召开了全体学生大会（其他在京高校也有代表参加），“会议决定次日（4日），各校齐集天安门举行游街大会，同时推举代表到各国公使馆陈述对于青岛之民意及其决心；通电各省一致奋起抗争”。
可见，五四运动之所以为“五四运动”而不是“五七运动”或者其他什么运动，与蔡元培的通风报信有直接的关系。