朱骏声的《说文通讯定声》、章学诚的《文史通义》等著述中，满满地真知灼见，但直到清末才引起人们的重视。对此，蔡元培很为这二人和他们的著作不平。
他“深服膺章实斋氏言公之仪，尤其赞同章氏先有繁博长编，后有园神的正史，以及史记中人名地名须详列检目，以备查考等具体主张，奉之为治史的典范”。
如果说朱骏声、章学诚的著述对蔡元培的影响，还仅限于文字和史学等学术范围，而俞正燮的两部书则蔓延到了社会思想方面。
俞正燮（1775年10月1日～1840年5月13日），清代学者。字理初，安徽省黄山市黟县人
俞正燮虽出生于书香之家，但自幼家境贫寒，其父俞献“工骈体隶事，尤熟掌故”，曾先后主讲河南闻政书院，任江苏句容训导，以及安徽庐江教谕等职,薪俸并不丰厚,膝下孩子却有很多,又不幸于嘉庆六年(1801)十一月离世，时年仅五十三。俞正燮身为长子,自二十七岁起就担负起抚养母亲妻小和五个弟弟的重担。从此，他为了一家人的生计活路而四处奔波忙碌。
迫于生活压力，只得背着行李书袋，走遍大半个中国。以替人编书校书，以及授徒讲学所得酬劳养家糊口，勉强度日，他的学问是在极其艰难环境下做出来的。
俞正燮一生勤于著述，硕果累累，不过因他是一介寒儒，诸多文稿却无力自行结集出版。只是到他五十九岁时，由其房师王藻商诸及门孔继勋、邱景湘、吴林光，醵金付雕而成，“厘其校正者十五卷为正集，余为外集，以俟续梓。题为《癸巳类稿》，明是编之辑成于癸巳也”。而另一部《癸巳存稿》十五卷，则是“及《类稿》既竣，卖其书稍有余货，乃觅钞胥，为写未刻之稿”，且在俞正燮逝后七年，由其友人张穆等捐资刻印成书。这两部书，真可谓是俞正燮一生心力交瘁之作。
独特的生活阅历和他求实的治学态度，使他能够以独特的视角，正视社会现实，对许多社会问题都有独到的见解和领悟，在清代乾嘉以来的学者中，可谓独树一帜。他的著作涉猎广泛，经史诸子自不必说，天文、医药、方言、释典、道藏，乃至边疆问题，鸦片缘起，社会习俗，无不在他的精研详考之列。最可贵的是他常常于考述之余，直抒胸臆，陈古刺今，即所谓的“穷理尽性”，尤其对于男女不平等的社会现实多所针砭。
俞正燮的书，让勤于思考，求知欲正强的蔡元培大受启发。他在晚年称：自十余岁就接触俞氏著作，“深好之，历50年好之如故”，其原因是他“认识人权，认识时代”。俞氏书中“对于不近人情的记述，常用幽默的语调反对他们，觉得有趣得很”。
毫无疑问，俞正燮的书对于蔡元培后来挣脱传统理学的束缚，是十分重要的启蒙。
1885年，19岁的蔡元培第一次赴省城参加乡试。乘坐乌篷船，船行一夜就到了杭州。这是他第一次离开家乡，外边的世界让他处处感觉新鲜，风光秀美的西子湖更让他流连忘返。
考场紧张而深严。“相继六天入居场屋”，须作“四书文三篇，五言八韵诗一首，五经文五篇，对策问五道”。三场考试结束，刚好是中秋月夜。
蔡元培此次参加科考，纯属是尝试和体验，不中本意料之中事。但这次科考失利，还是促使他做出了一些改变。第二年，他就不再担任塾师，经由同乡先辈田宝祺介绍，到绍兴望族徐树兰府上，充当其侄徐维则的伴读。
田宝祺，字春农，山阴（今浙江绍兴）人。光绪十四年（一八八八）举人。能写意花卉，善古文，工诗。蔡元培的六叔在他家任塾师多年。田氏极赏识蔡元培的才华，所以将他推荐给徐树兰。蔡元培也将田宝祺视为“生平第一知己”。
徐树兰（1838～1902），字仲凡，号检庵，清代山阴（今浙江绍兴）人。光绪二年（1876）举人，授兵部郎中，以输资为候选知府，被用为道花翎盐运使，此时，他因母病告归。
这是个对蔡元培十分重要的人。光绪二十二年，与罗振玉等在上海创办农学会及《农学报》，并与胞弟徐友兰等于光绪二十四年在上海黄浦之滨置地百亩，采购各国农作物良种，开辟种植试验场。热心于文化公益事业。
光绪二十三年（1897）创办中西学堂，聘请中西教习，聘蔡元培管理学务，开译学、算学、化学等课，培养人才较多。又组织修筑海堤，建西湖闸，设义仓，立救疫局等。一生中最突出的贡献，是捐资创办绍郡中西学堂和古越藏书楼。
古越藏书楼”的创办，正处于中国古代藏书楼的消亡和近代图书馆的兴起之际，为藏书楼向图书馆的过渡有着划时代的、承上启下的历史作用。它的“存古”与“开今”的主张，适应新学书籍的收藏和宣传，开拓了近代分类体系的新途径，因此它在中国图书馆事业史上有其特殊的地位。
徐树兰病逝后，藏书楼事务由徐尔谷主持，冯一梅编撰并刊行有《古越藏书楼书目》35卷。国内外图书馆界都一致公认，“古越藏书楼”是近代中国第一个公共图书馆。该馆1924年停办，现更名为鲁迅图书馆。
当然，这为后话。
这时候的徐树兰，接触了蔡元培几次后，深为蔡元培的才学而打动，并为他们后来的合作奠定了基础。
徐树兰府离蔡元培家很近，所以选择徐家，这是个重要因素。因为蔡元培的母亲这时病得很重，他要就近照看。
蔡元培事母极孝，有一段割肉救亲的故事。
蔡元培的母亲很年轻就守了寡，一个人要拉扯三个孩子，长期的劳累使她老人家积劳成疾。这一年母亲胃病加剧，服了很多药却一直不见好。他每天都在母亲身边侍奉，煎药喂饭，毫不懈怠马虎。
有一天，蔡元培听人说割臂肉入药可以愈病延寿，于是瞒着家人自己悄悄地找了把刀子，把左臂上的一小片肉割下来，和入药中煎好，让母亲服下去。蔡元培的三弟听说哥哥这么干，竟也仿效哥哥，割臂肉入药医治母病。
因为，割肉入药是必须让人知方能有效，这个行为让蔡元培兄弟深受左邻右舍乡亲们的赞叹。
在今天来说，这实在是件很蠢的事。但在当时来说，这是孝敬父母的最高表现。在同一个时代，还有一个割肉救亲的故事，发生在近代禅宗泰斗来果禅师身上。
在他的《自行录》里有这样的自述：“余十八岁时，父染隔食病馀，饮食未沾，身体羸瘦，气绝如缕，百医难治，束手无策，衣衾棺椁已为备办，待死而已。每阅前贤多方行孝，挽救亲疴，我何人乎，其不愧欤？由是立誓，愿舍生命，赎父病痊，如不能生，誓死替父。即夜避去家人，孤身危坐，取快刀、饭碗、磨刀石，各件具备，以刀割裂胸口，不料割开后，刀口三寸宽四寸长，大气直冲，又恐气息不从喉出，乃急解裤带一根，当刀口束住，热气止出，气从喉上，方始放心，否则危急万分。迨至数日后，复求神佑，刀伤早愈，免使人知，令父不悦。即夜梦中见一老者在前，用手抹擦数转，无言而去。次早掀胸私看，刀口合缝，还复如故，诚心感召，神必有灵，可谓无妄矣。”
还有一个近乎白话文的版本：“十八岁时，禅师的父亲病重。禅师侍奉床前，父亲病危弥笃之际，禅师说：历来大德都孝心之举，何来我不可？于是先独自僻静室跪于佛前，焚香净身,乞求加持，良久,取刀于正胸自己划开，刀钝再磨，反复几次终于划开。此时刀和身体上都无血，手伸进去，一团极圆的干血（佛菩萨加持）球滚将出来，落在掌心，置于盆中。再伸手进去，将三分之二的肝割了出来。肝在手中如沸水跳动，伤口不能合拢，直冒热气，取腰带裹衣扎紧。肝包在豆腐里钝了，端去父亲病榻前。父亲食过再要，禅师只有好言安慰。不多时，父亲转危为安，直到病愈。”
来果禅师（1881-1953），俗家姓刘，名永理，字福庭。湖北省黄冈县人。出家后，法名妙树，字来果，号净如。
由此可见，在那个时代，传统的孝道是深入人们骨髓之中的。对父母的孝敬，再扩展到对他人的忠恕仁义，这些都造就着人们的刚烈之气和舍生取义的情操。由来果禅师的这一段自述，也可以联想，刚刚成年的蔡元培的血气方刚与对慈母的情怀，以及受传统的伦理观念影响之深。
但是，蔡元培挚爱的母亲终于没有抵挡住死神，撒手人寰。
母亲去世后，蔡元培悲痛欲绝、号啕大哭。为表达对母亲的哀思，他不顾家人劝阻，按照传统礼教中的指示，“夜则睡草席、枕土块为母守灵”。
其兄弟看到这种情形，也把床设在灵堂，陪他一同守灵。
在母亲灵前，蔡元培眼前浮现着慈母生前一幕幕的往事。
晚上，蔡元培在灯下读书，母亲总是陪在身侧，有时见儿子困顿了，便督促其早点歇息，而到翌日又早早喊蔡元培起来读书，说早睡早起，学习的效果更佳。
每次参加科考，母亲都早早起来做饭，为儿子收拾行装。……
蔡元培在其“自述”中言道；“我母亲是精明而又慈爱的，我所受的母教比父教为多，因父亲去世时，我年纪还小。……我母亲最慎于言语，将见一亲友。必先揣度彼将怎样说，我讲怎样对。别后又追想他是这样说，我是这样对。我错了没有？切时时择我们所能了解的，讲给我们听。为我们养成慎言的习惯。
“我母亲为我们理发时，与我们共饭时。常指出我们的缺点，督促我们用功。我们如有错误，我母亲从不怒骂，但说明理由，令我们改过。若屡教不改，我母亲就于清晨我们未起时掀开被头，用一束竹筱打股臀等处，历数各种过失，待我们服罪认改后已。选用竹筱，因为着肤虽痛，而不至伤骨。又不打头面上，恐有痕迹，为见者所笑。我母亲的仁慈而恳切。影响于我的品性甚大。”
蔡元培深知，母亲对他的希望最大，殷切希望他能学有所成，光耀门庭。在母亲灵前他暗暗下定决心，一定要更加刻苦地读书，以便求取功名、光宗耀祖，报答母亲的养育之恩。