安徽的独立，从一开始就是“假独立”。柏文蔚虽然是名义上的安徽讨袁军总司令，但军队实际上被师长胡万泰和民政长孙多森所控制。等到北洋军的倪嗣冲部及张镇芳部大兵压境，安徽那些搞假独立的人也就立刻撕下面纱，宣布拥袁。
丢掉了安徽，南京也就门户大开。南京方面也因部分讨袁军反水而作战失利，九月一日南京失守。
随着北洋军的节节胜利，袁系的升官图也紧跟其后。段芝贵仍兼第一军军长，升上将，实授江西宣抚使；张勋亦升上将，段芝贵的右司令王占元兼湖南护军使。
上海方面因南京讨袁军失败，亦功败垂成。袁世凯命第四师师长杨善德为松江镇守使，郑汝成为上海镇守使，海军总长刘冠雄为福建都督。
广东和四川两地解决得是快又省力，七月二十七日袁派龙济光、觐光兄弟为广东正副镇守使，八月三日龙济光升上将继任粤督，八月五日陈炯明出走。四川方面熊克武虽于八月九日宣告独立，但为时只一月就被解职下野。
湖南独立的局面，主要受湖北的压迫。广东独立失败后，使湘督谭延闿和湘军师长赵恒惕更加孤掌难鸣。
八月十二日湖南为环境所迫取消独立，九月十七日袁令汤芗铭率楚有等四艘浅水舰，在第三师曹锟部的配合下进驻岳州，袁政府任命卅九混成旅旅长伍祥祯为岳州镇守使。这样一来，湖南便完全落入袁的掌握中。
袁继续施行借刀杀人计，命黎元洪兼领湘督。黎当然不会中计，敬辞大命。袁乃请黎荐人自代，黎自然不会推荐与袁无关的人。他觉得汤芗铭是袁的死党，又是湖北人，黎和汤的长兄汤化龙又是老朋友，因此顺水推舟保荐了汤为湘督。
十月七日汤芗铭赴长沙晤谭延闿，十月二十四日袁发表人事命令，免谭，以汤继任都督，王瑚继任民政长，王未到任前以汤兼署。
并命谭延闿即日入京，同时令将师长赵恒惕解往北京听候处分。袁的军队于十一月十五日入驻长沙。
黎元洪和谭延闿和赵恒惕的关系很好。谭延闿下野后，黎元洪打电报给袁世凯，极力为谭延闿开脱：“谭的独立非出自愿，乃系被迫，曾仰药以求解脱，元洪敢力保其无他。”
谭延闿人品极佳，是个认真又有担当之人，当然也有些书生意气。见到黎为他解脱的电报，立即加以否认。
他发出一则通电，大意是说：黎副总统心存爱护，力为解免，难道我不知感激，可是我并未仰药，亦未受迫。我为都督，发号施令俱自己为主，要治罪，一身甘当云云。
二次革命后，各省取消独立，浮起一片骂孙、黄声，但谭却始终不骂。各都督多诿称独立时系被迫，或被冒名，谭则独任其咎。
谭延闿（1880—1930），字组庵，号无畏、切斋，湖南茶陵人。与陈三立、谭嗣同并称“湖湘三公子”；与陈三立、徐仁铸、陶菊存并称“维新四公子”。生于浙江杭州，民国时期著名政治家。
谭延闿曾经任两广督军，三次出任湖南督军、省长兼湘军总司令，授上将军衔，陆军大元帅。曾任南京国民主席、行政院院长。一九三零年九月二十二日，病逝于南京。去世后，民国为其举行国葬。谭延闿有“近代颜书大家”之称，著述有《组庵诗集》等,其精于美食，为组庵湘菜创始人。
蒋介石和宋美龄结婚，谭延闿为介绍人。
北京陆军部判谭四年有期徒刑，黎再出头说项，乃于十二月十二日下令特赦，仅褫陆军上将衔“以示薄惩”。
黎同时又代赵恒惕说情。赵亦因之免难，议处有期徒刑四年，褫夺少将衔。后赵获蔡锷力保，民国三年年九月十三日亦获特赦。
袁世凯于七月二十三日发表命令撤销孙中山筹办全国铁路全权。
孙是于民国元年九月九日受任筹办全国铁路，提倡修筑铁路二十万里。可惜当时人们没有远见，以为修筑二十万里铁路简直是神话，于是大家以“孙大炮”嘲笑孙中山。
其实当时美国已有一百多万里铁路，中国比美国大，即使修筑了二十五万里根本算不得一回事。而国人竟大惊小怪如此，实在太浅见了。
孙中山慨然统一筹划全国铁路大计，第一步预定修筑三大路线：第一条是由广州经广西、云南接缅甸铁路；第二条是由广州经湖南、四川达西藏；第三条由扬子江口经江苏、安徽、河南、陕西、甘肃、新疆以迄伊犁。
筹款方法主张借款，“如京奉、京汉、沪宁诸路办法，其条件以不碍中国主权为范围”。资本订六十亿元，里程二十万里，期限十年。
计划才告拟定，由于二次革命以及袁世凯撤销孙中山铁路筹办全权，此一宏大计划，乃随孙之去而告流产。
七月月二十三日袁世凯同时发布命令，称黄兴、陈其美、柏文蔚为“叛徒”，责成冯国璋、张勋捉拿黄兴到案，还发出捉拿赏格，捉到黄兴的赏洋十万，捉到陈其美的赏洋五万。
上海、南京两地的讨袁军相继失败后，八月二日孙中山乃乘德轮约克号离沪。本意拟去广东，不料次日经马尾，日本驻福州领事馆武官多贺京之来告，“驻粤将领张义权、苏慎初已与龙济光勾结，接受袁世凯乱命”，恐不安全，孙中山乃决定改赴台湾。
行前召见随行同志梅光培、李朗如，令梅、李两人先至，自己则偕胡汉民去台湾，并把随身所带全部款项六百元交梅、李备用。梅、李拒不肯受，胡汉民劝他们接受，大家黯然话别，分道而行。
孙中山偕胡汉民抵台后，张继、马君武亦随后赶至。这时各地的讨袁军都相继失败，孙乃转去日本。
不料袁世凯已要求日本拒绝孙上岸。幸得船长的掩护，以及国民党在日本的负责之人丁怀瑾（石僧）的布置，日本友人萱野长知等的协助，才得在神户秘密登岸。这时随侍孙在神户的是胡汉民和廖仲恺，丁怀瑾则往来东京、神户各地，对外连络。
九月六日北京总检察厅秉袁世凯命下令通缉二次革命首要。以黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊五人为宁沪倡乱首魁，其余孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明亦在通缉之列。不久，黄兴、陈其美、居正、戴传贤、邵元冲、邓铿、田桐等亦先后亡命至日本。
民国二年的讨袁之役（又称为癸丑之役、赣宁之役、湖口之役和二次革命），可惜是昙花一现，它是民国成立后的第一次南北战争。这一次战争的结果使得北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川省外，其他南方各省都成为了北洋军及其附属军的征服地，袁家天下已囊括了全国十分之九。
至于桂、黔、滇、川四省为什么没有给北洋军侵入，一来是这四省的都督都不是属于国民党系，二来是这四省地处偏远，袁觉得鞭长莫及。由于地盘扩大，北洋军既要镇摄北方，又要占领新夺到的南方各省，当然感到兵力不敷分配，于是乃大举扩充，从此北洋军的番号便越来越多了。
国民党第二次革命失败，对于中华民国的影响是极大的。因为袁世凯的胜利进一步膨胀了他独裁称帝的野心，使中华民国民主事业，遭受到了致命的打击。
战争的最终结果是袁世凯所代表的军政集团大获全胜，国民党在广东、江西、安徽三省势力也都被一一清除。“三藩”既除，其他省的大佬们也就噤若寒蝉，唯袁世凯是命了。
平定二次革命中，袁世凯很注意做反袁派的分化瓦解工作。他曾令梁士诒、曾彝进转告讨袁派说：“现在看透孙（中山）、黄（兴）除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱，我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱！自信政治军事经验，外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织，我即敢举兵征伐之！国民党诚非尽是莠人，然其莠者，吾力未尝不能平之！”
梁士诒当袁世凯面嘱曾彝进“以个人资格往告国民党人”，袁世凯则摆手制止说：“就说是我袁慰亭说的，我当负责任。”
五月二十九日，在袁世凯的支持下，共和、民主及统一三党合并组成进步党，举黎元洪为理事长，实际负责人是汤化龙、梁启超。进步党明确声明拥护袁世凯和“宋教仁案”以法律解决。
各地进步党的都督也紧随其后，为袁世凯张目，连国民党山西、陕西都督亦列名于攻诋黄兴的通电。
在镇压“二次革命”的过程中，袁世凯反复重申尊重国会和约法，这也就使得在北京的国民党议员徒增合法斗争的信心。在“二次革命”中，仅有少数议员决然南下讨袁，大部分仍坐在国会大厅里从容论道。
袁世凯一直安抚议会中的说，这场战争仅仅是要讨伐黄兴、李烈钧等几个叛乱分子，并非要消灭国民党。