根据事后的统计，这次冲突中，参与的美国大兵共计有32人，死亡3人，重伤8人，轻伤15人，被捕17人；而参与的日本民众己无法完全统计，大约在1000人左右，死亡11人，其中有7人实际是在受伤之后，又遭到踩踏而身亡，另外重伤41人，轻伤276人，大部份都是因踩踏受伤的，被捕人231人。同时还有22家店铺遭到不同程度的损坏。
对比20余年前北洋水师访问日本时发生的长崎事件，这次冲突的规模更大，并造成了大量的人员伤亡，还有人身亡，而且事后所造成的影响力也要远远大于20年前的那次事件，因此后来的历史文献中，将这次事件称为“第二次长崎事件”。
冲突殴斗虽然被警察制止，但日本民众愤怒的情绪却不可能平息下来，当天下午，就有近万名民众来到长崎海军基地前抗议，而抗议的对像居然不仅仅是美国，而且还有华东，因为在有的传言中，是华东的士兵当街闹事，并殴打、杀害了日本人，因此在基地前抗议的日本人要求严惩美国和华东。
这时日高壮之丞也是头大如斗，没想到自己千防万备，华东这边到是没出事，但美国士兵却给自己捅了一个大蒌子。
而且就在这时，美国舰队的指挥官斯帕雷上岸来面前日高壮之丞，向他提出了严正的抗议，指出美国士兵是上岸游玩、购物，并未违返任何日本的法律，也没有做任何过激的行为，却无故遭到暴徒的围殴，并造成了人员伤亡，这时还有人被警察逮捕，这是对美国严重的挑恤行为，舰队要求日方严惩肇事者，对美国士兵做出赔偿，并立即释放被捕的美国士兵，同时舰队己将此事通告美国以及美国驻日大使馆，将由他们对日本进行外交的交涉。
原来逃回基地的美国士兵将事情的经过告诉给斯帕雷，美国舰队的指挥人员顿时都大怒，认为这完全就是一起针对美国士兵的袭击行动，本来美国人就看不起日本，现在日本人居然还敢无故的攻击美国士兵，并且还抓捕了17人，这还得了，于是斯帕雷立刻下令，16艘战列舰全都做好战斗准备，然后亲自上岸来找日高壮之丞，向他提出抗议与条件。
其实到这个时候，日高壮之丞也己经基本了解了整个事情的经过，因为长崎地方警察局抓到美国士兵之后，也知道事态的严重性，到是不敢随意审讯美国士兵，但对抓住的日本人却可以审一审，而被捕的日本人也是众说不一，有的说见美国士兵当街打人，有的说是美国士兵抢劫，还有的说是华东的士兵在作恶，并一口咬定和自己殴斗的是华东的士兵。
不过审问的警察毕竟是有经验的人，会说不如会听，在连审讯了数十人之后，大体也明白事情的经过，因为抓捕的人员中有不少是在警察局备案的极端激进社团成员，这次访问期间，这些社团都遭到警察局的严密监视，就是怕他们闹事，结果还是百密一疏，让一个不起眼的小社团钻了空子，而且还闹出了这么大的事情。只不过既没有抓捕到华东的士兵，在死者当中也没有发现华东士兵的尸身，因此不能确定有没有华东的士兵参与。
警察局的负责人也不敢怠慢，毕竟是外交事件，而且抓到了17名美国士兵更是烫手的山芋，关也不是，放也不是，于是赶忙来见日高壮之丞，向他报告事情的经过。
而日高壮之丞一听，比警察更明白是怎么回事，因为他十分清楚，日本民间对华东的敌视态，因此有人憋着在岸上逮住几个华东的士兵打一顿，一点也不足为奇。但这次来访的华东舰队纪律严明，一直都严禁士兵上岸活动，更不要说是上街，而且华东的4艘军舰并未靠岸停泊，而是在港口中下锚，上岸需要用小艇接送，因此也基本不可能有人偷偷离舰上岸。这次事件肯定是和华东没有关系，要么是日本人把美国人当中国人打了，要么是找不到中国人，只有拿美国人撒气，当然后一种可能性更大一些，毕竟中国人、美国人还是很好分辩的。
不过知道事情的真像是一回事，但怎么处理就是另外一回事了，因为现在事情闹得太大，死人都死了十几个，要是日本人，死了也就死了，但偏偏还死了三个美国人，确实不好收拾，老实说这己经不是日高壮之丞这个级别的官员所能够处理的了，因此面对斯帕雷的抗议，日高壮之丞也只能表示，现在自已己经没有权力处理这件事情，只能由两国来协商解决。
斯帕雷听了，也知道日高壮之丞说得有道理，毕竟闹到了这一步，压是压不下来的，只能由双方的政客协商解决，不过斯帕雷这时还保持着清醒的头脑，向日高壮之丞提出了四点要求：第一保障17名被抓捕的美国士兵的安全与权利，在外交交涉未完成之前，不得对他们进行审问，同时受伤人员要得到良好的医疗救治；第二舰队希望派遣4名参谋上岸，看望被捕及受伤成员，并监视日本的处理行动，要求日本派遣人员配合；第三要求将一部份军舰开出长崎港，在港外驻泊，要求日本配合；第四在此敏感时期，要求双方都保持克制及善意，不得做出任何挑恤威不理智的举动来，造成更为严重的后果。
应该说这四点要求确实用心良苦，前二点是保障被捕及受伤士兵的人身安全及个人权利，后二点则是为舰队着想，因为出了这事之后，美国和日本之间的互信关系己荡然无存，再将舰队留在长崎港内是十分危险的事情，万一双方再发生冲突，或事件的解决向恶化的方向发展，那么舰队在港内无异于是瓮中捉鳖，还是停泊在港外为好；而且事情到这个份上，双方的警觉之心大起，有一点风吹草动都有可能造成误判，那么在这个时候，双方自然是都要警言慎行，以防意外发生。
这次的环球航行舰队几乎是美国海军的全部家当，一但出了意外斯帕雷可负不起这个责任，因此在这个时候，也必需要万分小心。
而对斯帕雷提出的这4点要求，日高壮之丞全部接受，老实说现在日高壮之丞也怕再出意外，何况真要是再有变故，将这16艘战列舰留在港口里也十分危险，毕竟港口内的岸防火力不足，根本压制不足美国舰队，而且一但打起来还容易误伤自己，累及岸上，因此还不如将舰队都放出去，万一局势恶化，也可以有岸防的炮台对付他们。
于是告辞了日高壮之丞，斯帕雷首先到电报局，分别给国内和美国驻日本大使馆发电，通报了长崎发生的事情，然后才回到旗舰康涅狄格号上，并立刻招集其他三名中队指挥官，说明了自己和日高壮之丞交涉的结果，并下令第一、二、三中队离港，在港外驻泊，但第四中队仍然留在港内，一来是保护后勤舰只，二来是真要打起来，四支舰队可以里应外合，互相策应，远比全部集中在港外好。接下来斯帕雷又派人通知华东的舰队，主要是由于自己的舰队离港，避免华东的舰队产生误判。
处理好这些事情之后，斯帕雷这才下令，第一、二、三中队，以及6艘运输舰立刻离港，在港外10公里左右的位置驻泊，同时所有军舰全部生火，并保持锅炉火不灭，以便于随时行动，全体舰员依旧保持警惕，随时准备战斗。
日高壮之丞在送走了斯帕雷之后，则一方面立刻向东京发电，向东京通报在长崎发生的事情，毕竟这是躲不过去的，另一方面又安排船只，引导美国舰队离港。同时日高壮之丞又下令岸防部队，加上岸上的警戒，由其是对抗议人群，多派士兵监控，以防失控，由其是治疗美国士兵的医院，也加派军队驻守，以防不测，另外又通知警察局，全城警戒，不得疏乎，对抓捕的美国士兵，暂时也不得审问。
随后日高壮之丞又严令岸防的各炮台，保持警惕，提高战备等级，但未得司令部命令，任何人都不许擅自开火，并且安排参谋，分别驻守各炮台，以监视各炮台的动静，一有风吹草动，立刻向自己报告。
而夏锐辰收到了美国舰队的通知以后，也意识到了事态的严重，当然这时三人还并不知道自己己经躺枪了，只以为是美国大兵上岸惹祸，才导致了局面紧张，而和自己并无关系。只不过现在气氛越来越不对，美国舰队己驶出港口驻泊，因此三人商议之后决定还是未雨绸缪的好，于是立刻将情况通知国内，并建议将舰队也驶出港口驻泊，万一真的发生战事呢？战列舰留在港口里还能抗一阵，而几艘巡洋舰就完全只有被动挨打的份了。