元璋的妻子马氏，原来是红军元帅郭子兴的养女，后来元璋做了镇抚、总管、元帅、丞相、吴国公、吴王，一直到了做皇帝，马氏妻以夫贵，从夫人成为皇后。但是，在元璋刚结婚时，情形相反，是夫以妻贵的，做了元帅养婿以后，军中才称为朱公子。
马皇后的父亲马公的名字无人知道。马皇后的名字也是一样。在历史文献上记她嫁人后的称呼是马夫人，丈夫称帝后的名号是马皇后，死后被谧为孝慈高皇后。
两人结婚时的年龄，男的二十五岁，女的二十一岁，照那时候的习俗说，都已经过了结婚的年龄了。
马皇后虽然没有上过学，长得也不很好看，由于是元帅的养女，对朱元璋的早期事业起了不少的作用。
郭子兴性情暴躁，忌才护短，不能容人，又好听闲话，做事迟疑少决断。朱元璋精细耐心，有魄力有担当，做事果决，说话有分量，翁婿两人性格、作风都不对头。子兴和同僚、部下都伤了和气，互相猜忌；元璋却处事周到，上上下下都夸他，人缘很好。也正因为元璋的人缘好，子兴越发不喜欢。又有人在他们中间播弄是非，郭子兴对这干女婿更加不放心，成天挑错处，呼来喝去，没有好脸色。军情紧急的时候，子兴摆布不开，元璋就一刻也离不得身，比亲儿子还亲。到了情势好转，子兴的脸孔又拉长了，干女婿也就变成童养媳，成天得挨骂、受气。元璋身边几个能干亲信的将校和幕僚，一个接一个被调走，带的部队也另派了指挥官。元璋知道子兴犯了疑心病，越发小心谨慎，加意侍候，逆来顺受。马夫人出主意巴结小张夫人，把私房钱帛拿出来孝敬，求她在子兴面前替她丈夫分解、说好话。一天，子兴发怒禁闭元璋在空屋里，不许送茶饭进去，马夫人背着人偷刚出炉的炊饼给他，揣在怀里，把胸口都烫红了。平时总准备些干粮腌肉，宁愿自己挨饿，想法子让丈夫吃饱。渡江时领着将士家眷留守和州，长江交通线被元军切断，和州孤立，她鼓励将士，抚慰眷属，稳定后方。打下集庆以后，带着妇女们替战士缝战衣，做鞋子。陈友谅兵临城下，应天的官员居民有的人打算逃难，有的人忙着窖藏金宝，有的人在囤积粮食，她毫不惊慌，拿出宫中金玉布帛，犒劳有功将士。
在军中她见有文书就求人教认字，暗地里照样子描写。做了皇后，要女官每天教读书，记得许多历史上有名妇女的故事。元璋有写札记的习惯，每天随时随地，甚至在吃饭的时候，想起什么事该办的，什么事该怎样办，用小纸片记录下来，省得忘掉，到了晚上，马皇后替他细心整理，等查问时，立刻检出，省了元璋许多精力。元璋尝时对臣下说皇后的贤德，提起当年的炊饼，比之为芜篓豆粥、滹沱麦饭。又比之为唐太宗的长孙皇后。回宫后当家常话提起，她说：“我怎能比长孙皇后。但是，常听说夫妇相保易，君臣相保难。陛下不忘和我贫贱时过的日子，也愿不忘和群臣过的艰难日子，常时这样想，有始有终，才是好事呢！”
元璋亲侄朱文正被猜忌得罪，幕僚多人被杀，部下随从行事头目五十多人割断脚筋，元璋当面审讯，要杀文正，她苦劝说：“这孩儿纵然骄惯坏了，也该看在渡江以来，取太平、破陈也先、下集庆，有多少功劳的分上，也亏他坚守洪都，挡住陈友谅的兵锋；况且只有这一个亲骨肉，纵然做了些错事，也该看他年轻，饶他一次。”文正虽然免死囚禁，禁不住发牢骚，又被告发，她又劝说：“文正只是性子刚直，说话不检点，造反是决不会的。”李文忠守严州，杨宪告发他有不法的行为，元璋要立时召回。马皇后以为严州和敌人接境，轻易掉换守将，于军事不便。况且文忠向来小心谨慎，杨宪的话也不可轻信。学士宋濂的孙子宋慎被告发是胡党，宋濂连坐要处死刑。她又求情说：“百姓家替子弟请先生，对待极恭敬，好来好去，何况是皇家的师傅？而且宋濂一向住在原籍，一定不知情。”元璋不许。到用餐时，发觉皇后不喝酒，也不吃肉，惊问是不舒适还是不对口味？回说是心里难过，替宋先生修福。元璋也伤感了，放下筷子。第二天特赦宋濂，免死安置茂州。吴兴财主沈万三（秀）多年来在海外做买卖，是全国第一富户，被迫捐献家财助修南京城墙三分之一，城修好了，检校们还是不时寻事。又忍痛出钱犒劳军队，不料反而触犯忌讳，元璋大怒，以为平民要犒赏皇帝的军队，是何居心？这般乱民不杀，还杀谁来？经马皇后劝解，沈万三才免死充军云南，家产籍没。诸王傅李希颜脾气古怪，教乡下孩子惯了，诸小王有顽皮不听话的，常用体罚惩治。一天，把一个小王的额角打了一下，小王哭着到父亲处告状，元璋一面用手抚摸孩子，变了脸要发作，她又劝解：“师傅拿圣人的道理管教孩子，怎么可以生气呢？”元璋才释然，不把这事放在心上。
洪武十五年八月，马皇后病死，年五十一岁。病时怕连累医生得罪，不肯服药。元璋恸哭，不再立皇后。
多妻是封建统治阶级特权之一，元璋的妃缤很多，生有二十六个儿子，十六个女儿。
妃缤中有高丽人、蒙古人。来源有陈友谅的妃子，有从元宫接收来的，有从民间征选的。内中胡妃是濠州人，守寡在家，元璋要娶她，胡妃的母亲不肯。隔一些时，知道胡家避兵在淮安，元璋写信给平章赵君用，叫把母女二人一起送来。龙凤元年娶青军马元帅的义女孙妃。关于陈友谅的妃子，他在《大诰》中曾经自白：
朕当未定之时，攻城略地，与群雄并驱十有四年余，军中未尝妄将一妇人女子。唯亲下武昌，怒陈友谅擅以兵入境，既破武昌，故有伊妾而归。朕忽然自疑，于斯之为，果色乎？豪乎？知者监之。
这一件不光彩的事情，后来衍变成一个故事。说是陈友谅妻阇氏入宫后不久，生遗腹子潭王。到成年就国时，阇氏哭着吩咐：“儿父是陈友谅，儿父被杀，国被灭，我被俘辱，忍死待儿成年。儿他日当为父报仇，为母雪耻。”后来潭王果然起兵造反，元璋派徐达之子统兵征讨，潭王紧闭城门，在铜牌上写着：“宁见阎王，不见贼王！”掷于城外，阖宫举火自焚，抱着小儿子投惶堑而死。其实这故事是捏造的，因为第一潭王是达定妃所生，和齐王同胞，生母并非阇氏；第二陈友谅死于龙凤九年，潭王生于洪武二年，前后相隔六年；第三潭王因妃父于显攀入胡党被杀，奉诏入朝，疑惧自杀，和陈友谅全不相干。另一关于代王生母的故事，说代王母亲是邳人，元璋有一次战败，逃到民家躲避，这家的女人问：“你是朱某人吗？人家说你要做皇帝呢！”留住了一晚。第二天临别时说：“将来有孩子怎样办？”元璋留下一个旧梳子作凭证，她也拿首饰赠行。到元璋做皇帝后，这女人带着长成的孩子和木梳来认夫认父，元璋叫工部替她盖一座木头房子居住，不让进宫。代王出封后，和生母一同就国。这故事也是假的，因为代王的生母是郭子兴的女儿郭惠妃，代王生于洪武七年，这时元璋已经做了七年皇帝了，从何战败落荒逃走？
诸妃中蒙古妃和高丽妃都生有子女，传说明成祖即蒙古妃所生。元璋子孙中有蒙古、高丽血统，是毫无问题的。
元璋深恨自己年轻时没有机会上学，因此，他对诸子的教育特别重视。在宫中特建大本堂，贮藏古今图籍，征聘四方名儒教育太子和诸王，轮班讲课，挑选才俊青年伴读。常时赐宴赋诗，谈古说今，讨论文字。师傅中最著名的人物是宋濂，前后十几年，专负教育皇太子的责任。一言一动都以封建礼法讽劝，讲到有关政教和前代兴亡事迹，拱手剀切说明，指出某事该这样做，不该那样，皇太子也尽心受教，言必称师父。博士孔克仁奉命为诸王讲授经书，功臣子弟也奉诏入学。元璋特地对儒臣指出对皇子们的教育方针说：“有一块精金，得找高手匠人打造。有一块美玉，也要有好玉匠才能成器。人家有好子弟，不求明师，岂不是爱子弟反不如爱金玉？好师傅要做出好榜样，因材施教，培养出人才来。我的孩子们将来是要治国管事的，诸功臣子弟也要做官办事。教的方法，要紧的是正心，心一正万事都办得了，心不正，诸欲交攻，大大的要不得。你每要用实学教导，用不着学一般文士，光是记诵辞章，一无好处。”
学何要紧，德性尤其要紧。皇太子的教育，除了儒生经师而外，又选了一批有封建德行的端人正士，做太子宾客和太子谕德，任务是把“帝王之道，礼乐之教，和往古成败之迹，民间稼穑之事，朝夕讲说”。
到皇太子成年后，温文儒雅，俨然是个儒生。接着第三步的教育是政事实习。洪武十年令自今政事，并启太子处分，然后奏闻。面谕太子：“从古开基创业的君主，经历艰难，通达人情，明白世故，办事自然妥当。守成的君主，生长于富贵，锦衣肉食，如非平时学习练达，办事怎能不出毛病？我所以要你每日和群臣见面，听断和批阅各衙门报告，学习办事，要记住几个原则：一是仁，能仁才不会失于疏暴；一是明，能明才不会惑于奸佞；一是勤，只有勤勤恳恳，才不会溺于安逸；一是断，有决断，便不致牵于文法。这四个字的运用，决于一心。我从做皇帝以来，从没偷过懒，一切事务，唯恐处理得有毫发不妥当，有负上天付托。天不亮就起床，到半夜才得安息，这是你天天看见的。你能够学我，照着办，才能保得住天下。”
为了元代前期不立太子，引起多次宫廷政变，元璋在吴王时代，便立长子标为世子，即皇帝位后立为太子。为了前代太子的东宫臣僚自成系统，和朝廷大臣容易闹意见，甚至宫廷对立，便以朝廷重臣兼任东宫臣僚。一心一意，用尽一切办法，要训练出理想的继承人，能干的第二代皇帝，维持和巩固大一统的政权。
洪武二十五年四月，太子标病死。九月立太子嫡子允炆为皇太孙。对太孙的教育还是老办法，学问和德性并重，批阅章奏，平决政事，学习如何做皇帝。
诸子中除长子立为太子，第九子和第二十六子早死，其他二十三个儿子都封王建国。由于平时注意家庭教育，诸子成年以后都很能干，会办事。洪武二十六年以后，开国的元勋宿将都杀完了，北边对付蒙古的军事任务，就不能不交给第二子秦王、第三子晋王、第四子燕王指挥。其他封在边疆的几个小王也领兵跟随兄长巡逻斥堠，校猎沙漠。在文学方面有成就的，如第五子周王好学能词赋，著《元宫词》百章，又研究草类，选其可以救饥的四百多种，画为图谱，加以疏解，著成《救荒本草》一书，对植物学有所贡献。十七子宁王，撰《通鉴博论》《汉唐秘史》《史断》《文谱》《诗谱》等著作数十种，对音乐戏曲也很爱好。八子潭王、十子鲁王、十一子蜀王、十六子庆王都好学礼士，对文学有兴趣。十二子湘王文武全才，读书常到半夜；膂力过人，善弓马刀槊，驰马若飞；在藩开景元阁，招纳文士，校雠图籍，行军时还带着大批图书阅读，到山水胜处，往往徘徊终日；喜欢道家那一套，自号紫虚子，风度襟怀，俨然是个名士。不争气的也有两个，一个是十三子代王，早年做了许多蠢事不必说了，到了头发花白的年纪，还带着几个肖子，窄衣秃帽，游行市中，袖锤斧杀伤人，尽干些犯法害理的勾当；末子伊王封在洛阳，喜欢使棒弄刀，成天挟弹露剑，怒马驰逐郊外，人民逃避不及的亲自斫击。又喜欢把平民男女剥光衣服，看人家的窘样子，以为笑乐。
元璋对诸子期望大，管教严，从不姑息。二子秦王多过失，屡次训责，皇太子多方救解，才免废黜。死后亲自定谥为“愍”，谥册文说：“哀痛者父子之情，追谥者天下之公。朕封建诸子，以尔年长，首封于秦，期永绥禄位，以屏藩帝室。夫何不良于德，竟殒厥身，其谥曰愍。”十子鲁王服金石药求长生，毒发伤目，元璋很不喜欢。死后追谥为“荒”。
皇族的禄饷一律由朝廷支给。洪武九年定诸王公主年俸：亲王米五万石，钞二万五千贯，锦四十匹，纻丝三百匹，纱罗各百匹，绢五百匹，冬夏布各千匹，绵二千两，盐二百引，茶千斤，马料草月支五十匹；公主已受封，赐庄田一所，每年收粮一千五百石，并给钞二千贯；郡王米六千石；郡主米千石，以下按比例递减。亲王嫡长子年及十岁，立为王世子，长孙立为世孙，世代承袭；诸子封郡王；郡王嫡长子承袭，诸子封镇国将军，孙封辅国将军，曾孙奉国将军；帝女封公主，亲王女封郡主，郡王女封县主。公主婿号驸马，郡主县主婿号仪宾。凡皇族出生，由礼部命名，成人后由皇家主婚，一生的生活到死后的丧葬全由朝廷负担。到洪武二十八年时，皇族人口日益增加，原定的禄饷数量太大，如照数支出，朝廷财政负担不了，又改定为亲王年俸万石，郡王二千石，镇国将军千石；公主和射马二千石；郡主和仪宾八百石，以下依次递减。尽管皇族的俸饷减了好几倍，但是皇族的孳生人口却增加了百千倍，一百多年后，皇族的人口达到五万多人，明世宗嘉靖二十九年（公元1550年）皇族近十万人。嘉靖四十一年统计，全国每年供应京师粮四百万石，诸王府禄米则为八百五十三万石，比供应京师的多出一倍多。以洪武后期岁收粮米最多时的数字做基数，诸王府禄米竟占全国收入的四分之一以上。以山西为例，存留地方的粮食一百五十二万石，可是当地皇族的禄米就要二百十二万石；河南地方存留只有八十四万三千石，当地皇族禄米却要一百九十二万石，即使把地方存留粮食全数都拿来养活皇族，也还缺少一半，只好打折扣和欠支。郡王以上的底数大，还可以过日子，郡王以下就不免啼饥号寒了。即使如此，朝廷财政还是无法应付，又就原数裁减，疏远的皇族就越发不能过活了。这一大群皇族，法律规定既不能考科举、做官吏，又不许务农、经商、做工，只许白吃人民的粮食，做不劳而食的寄生虫。地位高的亲王郡王在地方上多数为非作恶，不但凌虐平民，也侵暴官吏；疏远卑下的皇族有的穷极无聊，对老百姓欺骗敲诈，无恶不作，扰乱破坏社会秩序。而且，人数实在太多了，朝廷照顾不过来，礼部命名怕重复，用金木水火土作偏旁，随便配上一些怪字，作为赐名，叫人哭笑不得。皇族没钱贿赂礼部官吏的，不但一辈子没有名字，甚至到头发白了还不能婚嫁。一直到明朝末年，才感到这样不是办法，把政治和科举的封锁开放了，皇族可以参加考试，可以做官。但是，不久朱明政权就被推翻了。