“在封建国家中，皇帝有至高无上的权力，在各地方分设官职以掌兵、刑、钱、谷等事，并依靠地主绅士作为全部封建统治的基础。”
红军起义的目的是推翻蒙汉地主阶级的联合统治，就这一点而说，任务是完成了，蒙汉地主阶级的联合统治确是被推翻了。但是，更进一步，解除阶级对阶级的压迫，却失败了。广大各族人民共同斗争的胜利果实被朱元璋所吞没了。在朱元璋二十年血战的过程中，他最初掌握的主要军事力量是地主武装部队，后来一部分旧地主参加了他的政权，还陆续招降了一批地主武装部队，出身农民的红军将领也由于取得政权而转化成新的地主阶级了。其中朱元璋和他的家族便是新地主阶级的代表人物。这种变化是由阶级本质决定的。农民是小土地所有者，勤劳朴素，一生在饥饿线上挣扎。在遭遇到残酷压迫、剥削时，他们会奋不顾身，起而反抗。但是还有小私有者的一面，他们渴望能有更多的土地，过更好的日子，在取得胜利以后，他们中间的一些立了功的将领，就蜕变了，成为过去他们所坚决反对的地主阶级分子了，事物的发展使他们走到了自己的反面。
元末红军起义对旧地主阶级发生了淘汰的作用，特别是中原地区。一部分大地主被战争所消灭了，遗留下数量很大的空闲的土地，元代后期土地过分集中的现象消失了，这些土地由无地少地农民耕种。在一个历史时期内，中原地区的土地呈现出分散经营的过程，阶级矛盾缓和了。但在另一方面，东南地区一部分旧地主却由于战争而巩固和上升了他们的地位，同时，从战争中又涌现出一批新的地主阶级。他们占有的土地主要在东南人口较为密集的地区。旧新地主占有的土地越多，无地少地的农民也就越多，就这样，这些地区的阶级关系又紧张起来了。结果是从朱元璋建立新皇朝的时候起，江南地区新的农民战争，农民反抗地主的战争就汹涌澎湃地展开了，地区之大，次数之多，斗争的激烈程度，都超过了历史上任何时代。
元末的农民革命战争，破坏了旧秩序和推翻了压迫人民的蒙汉地主阶级联合统治机构。他们痛恨、仇视地主，尽管在认识上还不可能把地主当作一个阶级来对待，但在行动上，却对地主毫不宽容，逮住就杀，没收地主的粮食、浮财，例如地主阶级的文人宋濂记当时情况说：
当元之季，“大盗”起沔阳，蔓延江右，陷吉安，既而州兵捣走之。“盗”所过井落，民皆相梃为变，杀掠巨室，惨酷不忍闻。
贝琼也说：
海内兵变，江南北巨姓右族，不死沟壑，则奔窜散处。
地主阶级则正好相反，他们要保全自己的生命财产，就不能不维护旧秩序，就不能不拥护旧政权。阶级利益决定了农民和地主分别站在敌对的阵营。在战争爆发之后，地主们用全力组织武装力量，称为“民兵”“义兵”或“乡兵”，青军，黄军，建立堡砦，抵抗农民军的进攻。现任和退休的官吏、乡绅、儒生和军人是地主军的将领。他们受过教育，有文化，有组织能力，在地方上有威望，有势力。虽然各地方的地主军人各自为战，没有统一指挥和全面作战计划，军事力量也有大小强弱的不同，但因为数量多，分布广，作战顽强，就成为反抗红军的主要敌人了。见于明初人记载的如答失八都鲁：
至正十二年五月，招募襄阳官吏及土豪避兵者得“义丁”二万，编排部伍，败“贼”于蛮河。
刘焘孙：
至正壬辰，天下兵起，红巾乱湖南，常宁陷，州长贰皆弃城遁。（儒学正刘）焘孙独不去，因集民为兵，有众万计，克复其州治，就以“民兵”守之。
胡深：
至正壬辰，江淮俶扰，“盗贼”蔓延闽浙，由建之浦城、松溪入龙泉，……公乃集“乡民”共为守御计，而结寨于湖山。
胡嘉祐：
元季处州属县“寇”蜂起。……嘉祐走白县令……散家财，募武健之士，得千余人而什伍之，大署其旗为“义兵”，“寇”至辄迎击。
陈天锡：
元至正十二年壬辰，“大盗”起江汉间，郡县相继陷，聚落民争揭竿为旗以应寇。天锡白监郡……“自度乡里健儿，一呼之间可得千人。甲胄糗粮，当一一自给，不以烦县官。……”天锡还，朝夕聚兵训练如前谋。
萧思和：
当元季“寇”乱，所在靡宁。……（吉安）萧思和父子挺然发帑倡义，保障其一乡，终乱不见兵，至今号其里曰桃源。
徽州罗氏：
至正辛卯，蕲“盗”起。……罗氏诸子募健儿数百人，整其队伍，部领诣辕门请自效。
永康吕氏：
元至正之季，民反处州为“盗”，转掠而东，陷永康、婺，诸县绎骚弗宁。永康太平里大族吕君文燧散家资数千万，与弟文烨合谋，募里强壮子弟得二千人，将之与“盗”屡战，“盗”败走，复其邑，斩获甚众。
东莞李氏：
东莞李氏尤豪于诸族。朝政不行，“盗贼”蜂起，富民各专武断，聚兵自卫。既而各据乡土，争为长雄，或更相攻掠，井邑萧然。府君亦结民为保，内援官军，外御群“盗”，里人赖之以安。
经过二十年的长期战争，长江南北的巨族右姓，有的死于战争，有的逃亡到外地。如江阴州大姓许晋：
至正十二年七月，红巾陷钱塘，九月陷吴兴、延陵，十月陷江阴州。州大姓许晋与其子如章，聚无赖恶少，资以饮食，“贼”四散抄掠，诱使深入，殪而埋之。战于城北之祥符寺，父子俱死。
安陆刘则礼：
至正辛卯，两河乱，乃割财募兵，隶四川平章爻著麾下，攻安陆、襄、樊、唐、邓，悉讨平之。兄弟子侄多死于兵。
以上这些例子都是长江以南地区的。至于中原地区，战争更加激烈、惨酷，地区更广，时间更久。不只是这个地区的地主大量地为红军所消灭，就是参加扩廓帖木儿、孛罗帖木儿和关中四将的关、陕、鲁、豫等地的地主，也大部分随着这些地主军的消灭而消灭了。
一部分旧的大地主被消灭了，另有一部分中小地主的武装则因势力孤单，兵力不敌，投降了朱元璋，参加到这一新统治集团中来。如至正十八年十二月，浦江县民蒋可大等以“民兵”来降。二十一年池州东流县“乡兵”头目许山，自壬辰兵起，聚众二万余人以捍乡里，至是来降。二十二年江西宁州土豪陈龙遣其弟良平率分宁、奉新、通城、靖安、德安、武宁六县“民兵”二万来降。守吉安的土军元帅孙本立等也来降。二十四年温州土豪周宗道、湘乡土酋易华降，等等。至于元璋初起时，裹胁驴牌寨的三千“民兵”，和横涧山“义兵”元帅缪大亨以其众二万人降附。攻集庆时，“义兵”元帅陈兆先和康茂才全军降附，成为元璋军队的主力，那就更不用说了。
这两部分地主，旧地主阶级的残存力量和新兴的地主阶级构成朱元璋统治集团的基本力量，统治基础。
此外，还由于土地分散经营的结果，农业经济的恢复和发展，孳生了为数广大的中小地主阶层。这部分人经济力量不大，却人数众多，有文化，有知识，在政治上没有特权，因而不能不拥护、支持新的统治阶级，企图取得政治上的特权，来保障和扩大自己的财富。这个阶层的代表人物，当时的知识分子——儒士，是新朝官僚机构所需要的官僚的主要来源。
朱元璋和他的绝大部分将领都是贫苦农民出身的，过去都曾亲身经受过地主的剥削和压迫。但是，他初起时掌握的主要军力却是原来的地主武装，在渡江以后，地主阶级的知识分子大量参加了，浙东的几家地主大族参加了，各地的许多地主武装降附了，他的政权也就不能不逐步变质，走到了反面，成为地主阶级的政权了。
朱元璋由农民起义领袖逐步转变成为地主阶级的政治利益的代表，他当然是尊重、维护地主阶级的利益的。但是，事情并不如他所想望的那样，大地主们也有两面性，一面同样尊重、维护他的统治，另一面，随着农业经济的恢复和发展，大地主们家里有人做官，倚仗政治力量，用隐瞒土地面积、荫庇漏籍人口等手段来和皇家统治集团争夺土地和人力，直接影响到皇朝的财政、税收和人力使用，“捐税体现着表现在经济上的国家存在”。“赋税是政府机器的经济基础”。由于大地主们的隐瞒、荫庇、强占、舞弊，皇朝的经济基础发生问题了，地主阶级内部矛盾发展了、激化了，为了保障自己的经济基础，非对大地主加以狠狠的打击不可。
朱元璋从渡江以后就采取了许多保护地主阶级利益的措施，例如龙凤四年取金华，便选用金华七县富民子弟充宿卫，名为御中军。这件事一方面表示对地主阶级的尊重和信任，另一方面也是很重要的军事措施，因为把地主们的子弟征调为禁卫军人，随军作战，等于作质，就不必担心这些地区地主的军事反抗了。洪武十九年选取直隶应天诸府州县富民子弟赴京补吏，凡做一千四百六十人。也是同样作用。对地主本身，洪武三年做的调查，以田税多少比较，浙西的大地主数量最多。以苏州一府为例，每年纳粮一百石以上到四百石的四百九十户；五百石到一千石的五十六户；一千石到二千石的六户；二千石到三千八百石的二户，共五百五十四户，每年纳粮十五万一百八十四石。三十年又做了一次调查，除云南、两广、四川以外，浙江等九布政司，直隶应天十八府州，地主们田在七顷以上的共一万四千三百四十一户。编了花名册，把名册藏于内府印绶监，按名册以次召来，量才选用。应该看到，田在七顷以上，在长江以南的确是大地主了，但在长江以北，就不一定是大地主，而是中小地主了。
地主对封建统治集团和农民来说，也是有两面性的。一面是他们拥护当前的统治，倚靠皇朝的威力，保身立业。朱元璋说过：“孟子说：有恒产者有恒心。富民中多有素行端洁，通达时务的。”叫户部保荐交租多的地主，任命为官员、粮长。一面他又指出“富民多豪强，故元时此辈欺凌小民，武断乡曲，人受其害”。以此他对地主的政策，也是两面性的，双管齐下，一是选用做官僚，加强自己的统治基础；一是把他们迁到京师，繁荣首都，同时也削弱了地主在各地方的力量。在科举法未定之前，选用地主做官，叫作税户人才，有做知县、知州、知府的，有做布政使以至朝廷的九卿的。例如，浙江乌程大族严震直就以税户人才一直做到工部尚书。又以地主为粮长，以为地方官都是外地人，不熟悉本地情况，容易被黠胥宿豪蒙蔽，民受其害。不如用有声望的地主来征收地方赋税，负责运到京师，可以减少弊病。洪武四年九月命户部计算土田租税，以纳粮一万石为一区，选占有大量土地纳粮最多的地主为粮长，负责督收和运交税粮。如浙江布政使司人口一百四十八万七千一百四十六户，每年纳粮九十三万三千二百六十八石，设粮长一百三十四人。粮长下设知数（会计）一人，斗级（管斗斛秤量的）二十人，运粮夫千人。并规定对粮长的优待办法，凡粮长犯杂犯、死罪和徒流刑的可以纳钞赎罪。三十年又命天下郡县每区设正副粮长三名，编定次序，轮流应役，周而复始。凡粮长按时运粮到京师的，元璋亲自召见，谈话合意的往往留下做官。元璋把征粮和运粮的权力交给地主，以为“这个办法是以良民治良民，必无侵渔之患”。“免地方官科扰之弊，于民甚便”。他把地主也当作良民了。但是事实恰好相反，不少地主在做了粮长以后，在原来对农民剥削的基础上，更加上了皇朝赋予的权力，如虎添翼，肆行额外剥削，农民的痛苦也就更深、更重了。例如，粮长邾阿乃巧立名色，科扰民户，收舡水脚米、斛面米、装粮饭米、车脚钱、脱麸米、造册钱、粮局知房钱、看米样中米等，通共苛敛米三万二千石，钞一万一千一百贯。正米止该一万石，邾阿乃个人剥削部分竟达米二万二千石，钞一万一千一百贯。农民缴纳不起，就强迫以房屋准折，揭屋瓦，变卖牲口，以及衣服、缎匹、布帛、锅灶、水车、农具等。又如嘉定县粮长金仲芳等三名巧立名色征粮附加到十八种。农民吃够了苦头，无处控诉。朱元璋也发觉粮长之弊，用严刑制裁。尽管杀了不少人，粮长依然作恶，农民也依然被额外剥削，改不好，也改不了。
除任用地主做官收粮以外，同时还采用汉高祖徙天下豪富于关中的政策，洪武三年移江南民十四万户于凤阳（这时凤阳是中都），其中有不少是地主。洪武二十四年徙天下富户五千三百户于南京。三十年又徙富民一万四千三百余户于南京，称为富户。元璋告诉工部官员说：“从前汉高祖这样做，我很不以为然。现在想通了，京师是全国根本，事有当然，确实不得不这样做。”
江南苏、松、杭、嘉、湖一带的地主被迫迁住凤阳，离开了原来的乡里田舍，还不许私自回去。这一措施对于当时东南地主阶级是极大的打击。旧社会的地主阶级离开了原来占有的土地，也就丧失了社会地位和政治地位了。相对的以朱元璋为首的新地主阶级却可以因此而加强对这一地区人民的控制了。这些家地主从此以后，虽然不敢公开回到原籍，却伪装成乞丐，以逃荒为名，成群结队，老幼男妇，散入江南诸州县乞食，到家扫墓探亲，第二年二三月间又回到凤阳。年代久了，也就成为习惯。五六百年来凤阳花鼓在东南一带是妇孺皆知的民间歌舞，歌词是：
家住庐州并凤阳，凤阳原是好地方。
自从出了朱皇帝，十年倒有九年荒。
地主们对做官、做粮长当然很高兴，感激和支持这个维护本阶级利益的政权。但是，地主阶级贪婪的本性是永远也不能改变的，他们决不肯放弃任何一个可以增加占领土地和人力的机会，用尽一切手段逃避对皇朝应纳的赋税和徭役。例如，两浙地主所使用的方法，把自己的田产诡托（假写在）亲邻佃仆名下，叫作“铁脚诡寄”，普遍成为风气。乡里欺骗州县，州县欺骗府，奸弊百出，叫作“通天诡寄”。此外，还有洒派、包荒、移丘换段等手段。元璋在处罚了这些地主以后，气愤地指出：
民间洒派、包荒、诡寄、移丘换段，这等都是奸顽豪富之家，将次没福受用财赋田产，以自己科差洒派细民；境内本无积年荒田，此等豪猾买嘱贪官污吏及造册书算人等，其贪官污吏受豪猾之财，当科粮之际，作包荒名色征纳小户，书算手受财，将田洒派，移丘换段，作诡寄名色，以此靠损小民。
地主把自己的负担通过舞弊手段转嫁给“细民”“小户”“小民”，也就是贫苦农民，结果是富的更富，穷的更穷了。地主阶级侵占了皇家统治集团应得的租税和人力，贫苦农民加重了负担，皇朝一方面田赋收入和徭役征发都减少了，一方面贫苦农民更加穷困饥饿，动摇和侵蚀了统治阶级的经济基础，阶级内部发生矛盾，斗争展开了，地主不再是良民，而是“奸顽豪富之家”，是“豪猾”了。
朱元璋斗争的对象是地主阶级中违法的大地主，办法有两条，一条是用严刑重法消灭“奸顽豪富之家”，一条是整理地籍和户口。
洪武时代大地主被消灭的情况，据明初人记载，如贝琼说：
三吴巨姓享农之利而不亲其劳，数年之中，既盈而覆，或死或徙，无一存者。
方孝孺说：
时严通财党与（胡惟庸党案，见后文）之诛，犯者不问实不实，必死而覆其宗。当是时，浙东、西巨室故家，多以罪倾其宗。
吴宽说：
吴……皇明受命，政令一新，富民豪族，刬削殆尽。
长洲情况：
城东……遭世多故，邻之死徙者殆尽，荒落不可居。
洪武之世，乡人多被谪徙，或死于刑，邻里殆空。
有的大地主为了避祸，或则“晦匿自全”，或则“悉散所积以免祸”，或则“出居外地以避之”，或则“攀附军籍以免死”，但是这样的人只占少数。江浙的“富民豪族，刬削殆尽”。统治阶级内部的斗争是十分残酷的。
另一方面，经过元末二十年的战争，各地田地簿籍，多数丧失，保存下来的一部分，也因为户口变换，土地转移，实际的情况和簿籍不相符合。大部分田地没有簿籍可查，大地主们便乘机隐匿田地，逃避皇朝赋役；有簿籍登载的田地，登记的面积和负担又轻重不一，极不公平合理。朱元璋抓住这中心问题，对大地主进行了长期的斗争。方法是普遍丈量田地和调查登记人口。
洪武元年正月派国子监生周铸等一百六十四人往浙西核实田亩，定其献税。五年六月派使臣到四川丈量田亩。十四年命全国郡县编赋役黄册。二十年命国子生武淳等分行州县，编制鱼鳞图册。前后一共用了二十年时间，才办好这两件事。
丈量田地所用的方法，是派使臣到各州县，随其税粮多少，定为几区，每区设粮长，会集里甲耆民，量度每块田亩的方圆，做成简图，编次字号，登记田主姓名和田地丈尺四至，编类各图成册，以所绘的田亩形象像鱼鳞，名为鱼鳞图册。
人口普查的结果，编定了赋役黄册。把户口编成里甲，以一百一十户为一里，推丁粮多的地主十户做里长，余百户分为十甲。每甲十户，设一甲首。每年以里长一人、甲首一人，管一里一甲之事。先后次序根据丁粮多少，每甲轮值一年。十甲在十年内先后轮流为皇朝服义务劳役，一甲服役一年，有九年的休息。在城市的里叫坊，近城的叫厢，农村的都叫作里。每里编为一册，里中有鳏寡孤独不能应役的，带管于一百一十户之外，名曰畸零。每隔十年，地方官以丁粮增减重新编定服役的次序。因为册面用黄纸，所以叫作黄册。
鱼鳞图册是确定地权（所有权）的根据。赋役黄册是征收赋役的根据。通过田地和户口的普查，制定了这两种簿籍，颁布了租税和徭役制度，不但大量的漏落的田地户口被登记固定了，皇朝从而增加了物力和人力，稳定和巩固了统治的经济基础，同时，也有力地打击了一部分大地主，从他们手中夺回对一部分田地和户口的控制，从而大大增强了皇家统治集团的地位和权力，更进一步走向高度的集中、专制。朱元璋的政权比过去任何一个皇朝，都更加强大、集中、稳定、完备了。
对城乡人民，经过全国规模的田地丈量，定了租税，在册上详细记载田地的情况，原、坂、坟、衍、下、湿、沃、瘠、沙、卤的区别，并规定凡买置田地，必须到官府登记及过割税粮，免掉贫民产去税存的弊端，同时也保证了皇朝的财政收入；十年一次的劳役，使人民有轮流休息的机会，这些措施，当然都是封建剥削，但比之统一以前的混乱情况，则确实减轻了一些人民的负担，鼓舞了农民的生产情绪，对于社会生产力的推进，是起了显著的作用的。
对破坏农业生产的吏役，用法律加以制裁，例如“松江一府坊厢中，不务生理，交结官府者一千三百五十名，苏州坊厢一千五百二十一名，皆是市井之徒，不知农民艰苦，帮闲在官。吏有正吏、主文、写发，皂隶有正皂隶、小弓兵、直司，牢子有正牢子、小牢子、野牢子等名色，又有自名小官、帮虎等。不问农民急务之时，生事下乡，搅扰农业。芒种之时，栽种在手，农务无隙，此等游民赍执批文，直到农村，或就水车上锁人下车，或就手内夺去秧苗锁人出田……于城市乡村扰害人民。”元璋下令加以清理，除正牢子合应正役以外，其他一概革除，如松江府就革除小牢子、野牢子等共九百余名，一个地方减少四分之三为害农民的吏役，以全国合计，这个数字是很大的，对于农民进行正常生产是有很大好处的。
朱元璋虽然对一部分大地主进行了严重的斗争，对广大农民做了一些必要的让步，一部分大地主被削灭了，一部分大地主的力量削弱了，农民生产的积极性增加了。但是，这个政权毕竟是地主阶级的政权，首先是为地主阶级的利益服务的，即使对农民采取了一些让步的措施，其目的也还是为了巩固和强化整个地主阶级的统治权。无论是查田定租，无论是编户定役，执行丈量的是地主，负责征收、运送粮米的还是地主，当里长甲首的依然是地主，质正里中是非、词讼，执行法官职权的“耆宿”，也是地主。当然，在地方和朝廷做官的更非地主不可，从下而上，从上而下的重重地主统治，地主首先要照顾的是自己家族和亲友的利益，是决不会关心小自耕农和佃农的死活的。由于凭借职权的方便，剥削、舞弊都可以通过皇朝的统治权来进行，披上合法的外衣，农民的痛苦就越发无可申诉了。而且，只要是地主阶级的子弟，就有机会、权利受到教育，通过税户人才、科举、学校等途径，成为官僚、绅士。官僚、绅士是享有合法的免役权的。洪武十年朱元璋告诉中书省官员：“食禄之家，与庶民贵践有等，趋事执役以奉上者，庶民之事也。若贤人君子，既贵其家，而复役其身，则君子野人无所分别，非劝士待贤之道。自今百司现任官员之家有田土者，输租税外，悉免其徭役，著为令。”官员是贵人，庶民是贱人，贵人是不应该和践人一徉服徭役的。十二年又下令：“自今内外官致仕还乡者，复其家终身无所与。”则连乡绅也享有免役权了。在学的学生，除本身免役外，户内还优免二丁差役。一般贫苦农民连饭也吃不饱，哪能上学？上学的学生绝大部分也还是地主子弟，这样，现任官、乡绅、学校生员都豁免差役，还有办法逃避租税。于是，完粮当差的义务，便大部分落在自耕农和贫农身上了。自耕农和贫农不但要出自己的一份，官僚、绅士、地主不交的一份，他们也得一并承担下来。因此，官僚、绅士、生员越多的地方，农民的负担也就越重。有明一代的二百七十六年中，农民起义的次数特别多，规模特别大，原因就在这里。
在统治阶级内部斗争中，朱元璋无情地打击了一部分大地主，那么，他的政权到底倚靠谁来支持呢？答案很清楚，朱家政权的支柱是广大的中小地主和富农。在他的官僚机构中，官员的来源主要来自这个阶层。
官员的任用制度，有荐举、学校和科举三种。
荐举就是任用地主做官。地主有文化，有历史知识，能够办事，更重要的是他们的利益和皇家一致。远在下金陵时，就录用了儒士夏煜、孙炎、杨宪等十几人。龙凤十年三月，命中书省引拔卓荦奇伟之才，地方官选民间俊秀年二十五以上，资性明敏，有学识才干的荐举到中书省，和年老的官员参用。十年以后，年老的退休了，年轻的也学会办事了。从此州县每年都荐举人到中书省。朱元璋还不时派使臣到各地访求贤才，名目有聪明正直、贤良方正、孝弟力田、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民、富户、税户人才等。而以儒士为最多。朝廷和地方大小官员都可以荐举，被荐举的又可以转荐，有一举出来便做朝廷的大官，如尚书、侍郎和地方的布政使、参政、参议的。最多的一次到过三千七百多人，次多的一次为一千九百多人，至于几个人，几十个人一批的，那就不胜列举了。
荐举只是选用中小地主中会办事的人才，为了培养新的统治人才，还得创办学校，设立国子监。
国子监的教职员由吏部任命。学生有两类：一类是官生，一类是民生。官生又分两类，一类是皇朝品官子弟，一类是外国留学生，如日本、琉球、暹罗等国的学生，以及内地西南各土司酋长的子弟。官生是由朝廷指派分发的，民生是由各地地方官保送的府、州、县的生员。官生民生总共名额一百五十名，其中民生只占五十名。可见国子监原来是以培养官生为主的学校。后来官生入学的日少，民生保送的日多，以洪武二十六年在学人数为例，学生总数八千一百二十四名，官生只占四名，国子监已经成为广泛训练民生做官的机构了。
功课内容分《御制大诰》、《大明律令》、“四书”、“五经”、刘向《说苑》等书。其中最重要的是《大诰》。《大诰》是朱元璋自己写的，除《大诰》外，还有《大诰续编》《大诰三编》《大诰武臣》，一共四册。主要内容是列举所杀官、民罪状，使官、民知所警戒，和教人民守本分，纳田租，出夫役，老老实实过日子的训话。洪武十九年以《大诰》颁赐监生。二十四年令：“今后科举岁贡生员，俱以《大诰》出题试之。”礼部行文国子监正官，严督诸生熟读讲解，以资录用，有不遵者以违制论。违制就是违抗皇帝命令，罪名是很重的。至于《大明律令》，因为学生的出路是做官，审案，当然是必读书。“四书”“五经”是儒家的经典，朱元璋面谕国子博士：“一以孔子所定经书诲诸生。”但对于《孟子》，却经过一番曲折。洪武三年，朱元璋读到《孟子》书里有好些对君上不客气的地方，大发脾气，对人说：“这老儿要是活到今天，非严办不可！”下令撤去孔庙中孟子配享的牌位，把孟子逐出孔庙。后来虽然有人替孟子求情，说他讲的道理基本上还是对维护皇帝的地位有好处的，才恢复孟子的配享。但对于《孟子》这部书，还是认为有些不妥当。洪武二十七年特命老儒刘三吾编《孟子节文》，把《尽心篇》的“民为贵，社稷次之，君为轻”，《梁惠王篇》国人皆曰贤，国人皆曰可杀一章，“时日曷丧，予与妆偕亡”，《汤誓》引文和《离娄篇》“桀、纣之失天下也，失其民也。失其民者，失其心也”一章，《万章篇》“天与贤则与贤”一章，“天视自我民视，天听自我民听”“君有大过则谏，反复之而不听，则易位”以及类似的“闻诛一夫纣矣，未闻弑君也”“君之视臣如草芥，则臣视君如寇仇”一共八十五条，都删去了。只剩下一百七十几条，刻版颁行全国学校。所删去的一部分，“课士不以命题，科举不以取士”。
从洪武二年到三十一年这一时期国子监生任官的情形来看：第一，监生并没有一定的任官资序，最高的有做到地方大官从二品的布政使，最低的做正九品的县主薄，以至无品级的教谕；第二，监生也没有固定的任官性质，朝廷的部院官、监察官，地方的民政财政官、司法官，以至无所不管的府州县官和学校官，几乎无官不可做；第三，除做官以外，在学的监生，有奉命出使的，有奉命巡行州县的，有稽核百司案牍的，有到地方督修水利的，有大批地去执行丈量、记录田地面积、订定粮额的任务的，有清查黄册的（每年一千二百人），有写本的，有在各衙门办事的，有在各衙门实习的，几乎无事不可以做；第四，三十年来，监生的任用官阶，以洪武二年和二十六年为最高，二年用监生为行省左右参政、各道按察司佥事及知府等官。二十六年用监生六十四人为行省布政、按察两使及参政、参议、副使、佥事等官。这是因为洪武二年建国不久，官员很缺；二十六年蓝玉党案，杀了很多地方官（见后文），需要补充的缘故。任用人数以十九年为最多，“命祭酒、司业择监生千余人送吏部，除授知州、知县等职”。这也是因为十八年发生郭桓盗官粮案、十九年逮捕官吏积年为民害者（均见后文），官员缺额多，必须大量补充的缘故。历史家总结说：“故其时布列中外者，太学生最盛。”
地方的府、州、县学和国子监一样，都有一定的生员名额和考试制度。地方学校之外，洪武八年又诏地方立社学——乡村小学。此外，也还有地主们私人创办和贫困知识分子赖以维持生活的私塾。
府、州、县、社学都以《御制大诰》和《律令》作主要必修科目。
除立学以外，还派遣教师到各地任教。洪武初年因为北方经过长期战争破坏，念书的人少，特别派国子监生三百六十六人到北方各府、县办学校。这制度后来也推广到其他各布政使司，选用壮年能文的做教谕等官。
各级学校的普遍设立，教育事业发展了，这比之过去任何历史时期都有了显著的进步。目的性是很清楚的，从这些机构中培养大量的中小地主、富农出身的年轻的一代，作为官僚机构的后备力量。同时，由于印刷术的进步和洪武元年颁布的书籍免税令，以及科举制度的定期举行，读书、中举、做官，便不再局限于贵族、官僚和地主阶级的子弟，一部分中农、手工业者和小商小贩的子弟，为了改换门庭，为了取得比较舒适、尊荣的地位，为了保护家族免于遭受残酷的剥削压迫，在“万般皆下品，唯有读书高”的社会风气鼓励之下，在家庭宗族支持之下，买得了书本，进了私塾、社学，参加了考试，其中有一部分人公然闯进了统治阶级，成为驾乎人民之上的官僚了。他们改变了阶级成分，做了官，成为地主，扩大了统治阶级的社会基础，加入了新血液，也对封建统治阶级的巩固起了作用。同时，又以阶级成分的改变，改变了他们家属以至亲戚的社会、政治地位，这祥，就或多或少地引起各阶级的重新组合和分化。
除国子监以外，皇朝官僚的来源是科举制度。国子监生可以不由科举，直接任官，而从科举出身的人则必须是学校的生员。府、州、县学的生员（通称秀才），每三年在省城会考一次，称为乡试，及格的为举人。各布政使司的举人名额，除直隶（今江苏、安徽）百人最多，广东、广西二十五人最少，其他九个布政使司都是四十人。第二年全国举人会考于京师，称为会试。会试及格，再经一次复试，地点在皇帝的殿廷，叫做廷试，亦称殿试。复试不过是形式，意思是由皇帝亲自主持这最高级的考试，选拔之权，出于一人。发榜分一二三甲（等），一甲只有三人：状元、榜眼、探花，赐进士及第。二甲若干人，赐进士出身。三甲若干人，赐同进士出身。民间又称乡试第一名为解元，会试第一名为会元，殿试二甲第一名为传胪。乡试由布政使司，会试由礼部主持。状元授官翰林院修撰，榜眼、探花授官翰林院编修，二三甲考选为庶吉士的都是翰林官，其他或授给事、御史、主事、中书、行人、评事、太常国子博士；或授府推官、知州、知县等官。举人、贡生多次参加会试不及格的，可以改入国子监，也可选做小京官，或做府佐和州县正官以及学校教官等。
科举各级考试，专用“四书”“五经”出题。文体略仿宋经义，但要用古人思想行文，并且只能根据几家指定的注疏发挥，绝对不许有自己的见解。格式排偶，叫作制义。这制度是朱元璋和刘基制定的。规定子午卯酉年乡试，辰戌丑未年会试，乡试在八月，会试在二月。每试分三场，初场试四书义三道，经义四道；二场试论一道，判五道，诏诰表内科（选）一道；三场试经史时务策五道。
学校和科举并行，学校是科举的阶梯，科举是生员的出路。生员通过科举做了官以后，平日不但用不着制义、也用不着书本了。中小地主阶级子弟要做官必须通过科举，中不了举人进士是不能做官的。但是在中举之前，名为生员，却不一定真要上学。后来学校制度日益松弛，生员只需参加定期考试，平时根本不在学校，学校名存实亡。这样，科举日重，学校的地位也就日轻。学校和科举都是培养和选拔官僚的制度，学习和考试的范围完全一样，都是“四书”“五经”，不但远离实际生活，并且还禁止接触现实生活、过问政治。用这种方式培养出来的人才，正如当时人宋濂所刻画的：“自贡举法行，学者知以摘经拟题为志，其所最切者唯四子一经之笺，是钻是窥，余则漫不加省。与之交谈，两目瞪然视，舌木强不能对。”学校则“稍励廉隅者不愿入学，而学行章句有闻者，未必尽出于弟子员。”到后来甚至弄到“生徒无复在学肄业，入其庭不见其人，如废寺然”。科举人才一般不读四书五经以外的书，不知时事，学校没有学生，是普遍现象。特别是这种考试制度强制盲从古人的书本，不许有新的思想，不许有和古人不同的思想，结果只能是进步的思想被扼杀了，科学的发展停滞了。在政治上，那个时代所培养的是合于统治阶级需要的驯服忠顺的官僚，在学术文化上，却长期被古代的阴魂所垄断，停留在几百年前以至千多年前的水平上，这个损失是非常巨大的。
庶民是被朱元璋叫作贱人的，“趋事执役以奉上者，庶民之事也。”这个事朱元璋也叫作“分”，即应尽的义务。洪武十五年他叫户部出榜晓谕两浙、江西之民说：“为吾民者当知其分，田赋力役出以供上者乃其分也。能安其分，则保父母妻子，家昌身裕，为忠孝仁义之民。”不然呢？“则不但国法不容，天道亦不容矣”。应该像“中原之民，唯知应役输税，无负官府”。只有如此，才能“上下相安，风俗淳美，共享太平之福”。他把东南地区的农民和中原地区的农民区别开来，要东南地区的农民也像中原地区的农民一样，“唯知应役输税，无负官府”，正说明了当时阶级斗争的不平衡情况。中原地区土地分散，阶级关系较为缓和，而东南地区则土地较为集中，阶级斗争也就日益尖锐了。
朱元璋要求人民尽应役输税的义务，定下制度，要官吏奉公守法，严惩贪污，手令面谕，告诫谆谆，期望上下相安，共享太平之福。但是封建地主阶级的官僚是决不肯照他的话办事的，地主做官只会剥削百姓，怎么肯“奉公守法”？结果许多制度命令都成为空文，官僚政治的恶果，当时便已有人明确地指出：
今之守令，以户口、钱粮、狱讼为急务。至于农桑、学校、王政之本，乃视为虚文而置之，将何以教养斯民哉！
以农桑言之，方春，州县下一白帖，里甲回申文状而已，守令未尝亲视种艺次第、旱涝戒备之道也。
以学校言之，廪膳诸生，国家资之以取人才之地也。今四方师生缺员甚多，纵使具员，守令亦鲜以礼让之实，作其成器者。
朝廷切切于社学，屡行取勘师生姓名、所习课业。乃今社镇城郭，或住置立门牌，远村僻处则又徒存其名，守令不过具文案备照刷而已。上官分部按临，亦但循习故常，依纸上照刷，未尝巡行点视也。
官僚办的是公文，公文上办的事应有尽有，和实际情形全不相干。上官按临地方检查的也是公文，上下都以公文办事，做的都是纸上文章，自然“法出而奸生，令下而诈起”了。这是洪武九年的事。十二年后，解缙奉诏上万言书，也说：
夏税一也，而茶椒有粮，果丝有税，既税于所产之地，又税于所过之津，何其夺民之利至于如此之密也！且多贫下之家，不免抛荒之咎。今日之土地无前日之生殖，而今日之征集有前日之税粮。或卖产以供税，产去而税存；或赔办以当役，役重而民困。土田之高下不均，起科之轻重无别。膏腴而税反轻，瘠卤而税反重。
道理也清楚得很，正因为是“贫下之家”，才被迫抛荒，地主负担特别轻，不但不会抛荒，而且还尽力兼并。膏腴之田是地主的，瘠卤之田是贫民的，地主阶级自己定的税额，当然是膏腴轻而瘠卤重。
为了巩固统治，朱元璋对贪官污吏用严刑惩治。洪武二年二月，元璋告谕群臣说：“从前我在民间时，见州县官吏多不恤民，往往贪财好色，饮酒废事，凡民疾苦，视之漠然，心里恨透了。如今要严立法禁，凡遇官吏贪污蠧害百姓的，决不宽恕。”四年十一月立法，凡官吏犯赃罪的不赦，下决心肃清贪污，说“此弊不革，欲成善政，终不可得”。二十五年又编醒贪简要录颁布中外。官吏贪赃到钞六十两以上的枭首示众，仍处以剥皮之刑。府州县衙门左首的土地庙，就是剥皮的刑场，也叫皮场庙。有的衙门公座旁摆着人皮，里面塞以稻草，叫做官的触目惊心，不敢做坏事。地方官上任给以路费，家属给衣料。来朝时又特别告诫以“天下新定，百姓财力困乏，像刚学飞的鸟儿和新栽的树木，拔不得毛，也碰不得根”。违法的按法处刑。从开国以来，两浙、江西、两广、福建的地方官因贪赃被杀的很多，很少人能做到任满二。严惩贪污，贪污还是不能根绝，用朱元璋自己的话来证明吧，他说：
浙西所在有司，凡征收害民之奸，甚如虎狼。且如折收秋粮，府州县发故，每米一石折钞二贯，巧立名色，取要水脚钱一百文，车脚钱三百文，口食钱一百文。库子又要辨验钱一百文，蒲蒌钱一百文，竹篓钱一百文，沿江神佛钱一百文。害民如此，罪可宥乎！
折粮原来是便民的措施，浙西运粮一石到南京，要化四石运费，百姓困苦不堪。改折为钞，可以减轻浙西农民五分之四的负担。钞是用不着很大运费和蒲、竹篓包装的，但地方官还是照运粮的办法苛敛，用种种名色加征至九百文，约合折价的百分之五十。急得朱元璋只是跺脚，说：“我欲除贪赃官吏，奈何朝杀而暮犯！今后犯赃的，不分轻重都杀了。”
洪武一朝，“无几时不变之法，无一日无过之人”，是历史上封建政权对贪污进行斗争最激烈的时期，杀戮贪官污吏最多的时期。虽然贪官污吏随杀随犯，朱元璋也下定决心，随犯随杀，这个规模巨大的统治阶级的内部斗争，一直到朱元璋死去才告一段落。但是贪污现象仍然存在，这是社会制度所决定的，朱元璋尽管是最有威权的皇帝，他能够杀人，却改变不了社会制度，改变不了社会性质。