9月23日，国大代表选举总事务所向各党派发出通知，要求下月初提交出席国大代表的名单。
围绕国大的召开，廖承志在南京对记者说：“内战在扩大，国方单独召开国大，事先又未经各党派协商，全部违反与推翻了政协决议，故中共如以往所声明，对此不受任何约束。”
梁漱溟在上海也发表声明：“在停战前，民盟不参加国大。”
周恩来、董必武、吴玉章、邓颖超联名致电张厉生：国方擅自召开国大，我方不能提出代表名单。
预见到国共谈判必将随着“国大”的召开而最终破裂，周恩来开始积极做转移、疏散干部的部署和准备。
中共代表团南京办事处和上海工委工作人员最多时达三四百人，为了作好撤退前的准备，保证党的公开工作和秘密工作不致因代表团撤退而受太大的影响，并把公开活动的重点逐步向香港转移。
选举总事务所通知发出的第二天，周恩来通知在南京的办公厅主任兼财委副主任钱之光和在香港的中共港粤工委连贯、杨琳赶到上海接受任务。
南京局财经委员会的主要任务，是提供南京局机关、上海工委、新华日报社、群众杂志社、国统区南方各省的地下组织以及港粤和海外党组织所需的经费，还要在经济上资助民主人士，承担这么大开支，经费来源是一个很大的问题。当时，经费的来源主要靠解放区的支持、领导筹措和做生意赚钱。财委书记由董必武兼任，秘书长是刘恕同志。南京局财委直接联系的商号在上海有两个，一个是肖林负责的华益公司，另一个是陈展负责的一家公司。另外还有刘少文负责联系，卢绪章、吴雪之负责经营进口西药的广大华行，香港联和公司等。其中，华益公司主要做棉纱、食盐生意，并负责接收从解放区运来的黄金，先后在重庆、青岛、蚌埠等地分设四五家分号，赚的钱除作经费外，还存在可靠的钱庄，用于投资和生息。接到周恩来的电报，钱之光很快赶到上海。
周恩来对钱之光说：中央估计国民党要大打内战，不久就会迫使我们代表团离开南京、上海回延安去。我们在大城市已经暴露的干部和民主人士、文化人士会遭到迫害，所以我们必须负责将他们转移到香港去。广东党组织要做好接应的准备，要千方百计把他们安置下来。
他又问钱之光：“如果干部要走，民主人士要转移，经费够不够？”
钱之光说：“筹备《新华日报》的款项基本未用，应付日常开支足够。”
“要多筹一些款，以备撤退的时候使用。”周恩来思索一下又说：知名的文化人士、民主人士大多在上海，今后，你就以中共代表团特派员名义驻上海，负责内部工作和财经安排。当天，钱之光以南京局财经委员会的名义，立即通知北平军调部的赖祖烈、南京的刘恕等来上海开会商讨。赖祖烈抵沪后，对钱之光说军调部自己有钱，撤退的经费不成问题。因此，会议确定北方的干部撤退由北平自己解决；钱之光主要解决南京上海和香港等地的撤退用款。
为防止经费不足，钱之光请示周恩来后，准备派刘恕同志到胶东去运一批物资到上海出卖。周恩来表示同意，要刘昂写了一封信给胶东区党委书记林浩，并亲自签了名。
刘恕和沈其震向外国轮船公司租了一条货船，从上海经青岛到达莱阳。在莱阳，找到胶东区党委，由于事起突然，他们没有准备，货物也来不及集中，胶东区党委设法组织了一批金元宝，交给他们带回了上海。
连贯与南京局派到香港作经济工作的博古的弟弟杨琳从香港乘飞机先去了南京梅园新村，又从南京乘火车赶到上海。连贯是中共港粤工作委员会的委员。港粤工作委员会成立于1946年6月，由南京局直接领导，港粤工作委员会的任务是：开展港粤统战、文化与侨运工作，尹林平为书记，连贯、廖沫沙、左洪涛、蒲特（饶彰风）为委员。方方以中央特派员身份指导广东区党委和港粤工作委员会的工作。港粤工作委员会与广东区党委工作完全分开。方方原为中共中央派驻在“军调部第八执行小组”的少将军衔的首席代表。1946年6月底，在完成中共东江纵队北撤任务后，留在广东。
连贯向周恩来汇报了广东党组织在华南抗日纵队（东江南北两岸，惠阳、东莞、宝安等县的东江纵队及珠江纵队、琼崖纵队、韩江纵队）北撤后的情况以及华侨工作。周恩来说：我们党估计国民党要大打内战，不久，就会迫使我们代表团离开南京、上海，回延安去。我们在大城市已暴露的干部和民主人士、文化人士会遭到迫害，所以必须将他们转移到香港去，广东党组织要做好接应的准备。这些人中，能教书的就当教员，能办报的就办报，能做别的事就找别的职业。要千方百计把他们安置下来。
为了便于上海、南京撤退人员去港后的联系，周恩来安排连贯在上海周公馆先后与党外民主人士沈钧儒、郭沫若等人及党内章汉夫、夏衍、乔冠华、龚澎、张铁生、肖贤法、胡绳等同志分别见面。
在周公馆住了一周左右，连贯与杨琳一同搭船回到香港。
回到香港，连贯立即将周恩来布置的工作向方方、尹林平作了汇报。
港粤工作委员会遵照周恩来的指示，积极做好迎接上海、南京、重庆等城市的地下党组织和民主人士转移到香港的准备。
10月2日，周恩来召集中共代表团驻沪办事处人员开会，分析谈判破裂形势，进行气节教育，动员大家准备迎接新的考验。
周恩来说：国共和谈至今1年有余，现在看来是不会有任何结果的。我们在南京、上海的日子不会多久了，因而，中央决定要分批撤退。
会后，根据组织部长钱瑛的建议，布置了干部的去留及转移工作。从事秘密工作的刘少文、吴克坚等作为第一批转移人员，陆续转入地下工作，不再与代表团发生关系。周恩来还特地叮嘱范长江，通知已暴露身份的记者陆诒离开上海，以免发生事变。
《群众》杂志实际是中共代表团的发言机关，在上海总是受到国民党特务机关的查抄，因此决定到香港创办香港版。周恩来指示上海工委副书记章汉夫带范剑涯先遣去香港，筹办《群众》杂志香港版的出版工作。
章汉夫、范剑涯原来计划乘飞机去香港，周恩来知道后，当即提出了严肃批评。他说：你们经常参加公开活动，在国民党特务的名册上是挂了号的。你去飞机场，正是自投罗网，国民党特务如果在飞机场把你们绑架，就麻烦了。一定秘密行动。最好乘外商的轮船走。
经过研究，章汉夫化装成一位金融界人士，范剑涯扮成章的秘书到港办理公务，半夜里雇了一条小船，登上停泊在黄浦江上的一艘英国货运轮船到达香港。在香港，在香港分局的饶彰风等同志的配合下，1947年1月，《群众》杂志香港版正式出刊。
不久，周恩来又派乔冠华和龚澎夫妇到香港创办《今日中国》（英文）半月刊和有利印务公司和新民主出版社。
接着，周恩来派夏衍到新加坡了解当时流散在南洋各地的文化界人士的情况，并向海外侨领传达第二次国共分裂后我党的方针政策，以后，许涤新、方卓芬、刘宁一等也先后离沪去香港。
为巩固我党在香港的建立的阵地，把香港分局建设成疏散、隐蔽的堡垒，周恩来在许涤新夫妇离沪时，亲自来到许涤新的宿舍，找到许和他的夫人，当面分配他们去香港后的工作。由于许涤新过去一直负责对工商业人士统战工作，当听到要他负责工商业统战、宣传和工委的财务管理工作时，流露出对财务工作信心不足。周恩来说：好好在工作中熟悉，相信你能完成这个任务。
突然，周恩来向许涤新提出了一个他没有想到的问题。他问许：袁雪芬的越剧你看过没有？
“我没有时间，而且也看不懂，所以没有看。”
像几年前在重庆时，他要求许涤新听梅兰芳的京剧一样，对许涤新说：越剧在上海具有浓厚的人民性，娘姨也都爱看，你是知识分子，为什么不看一看？现在时间还来的及，你同卓芬去看一场越剧后再乘船到香港。
9月27日，周恩来致电中共中央：我当尽量利用马歇尔回国之前的时机，完成疏散和工作布置。并说明：我在马走前必可回延。
由于周恩来的周密细致的安排，疏散工作有条不紊地进行，凡已经暴露，引起国民党当局注意的通过不同的途径，有的返回延安，有的转去香港，有的到东北或山东解放区。对于留下来坚持工作的同志，周恩来除了教育大家要经受得住艰险环境的考验外，更多的是以革命乐观主义精神给他们以鼓励。