中共一再让步，是为了和平。然而，却不符合蒋介石的心意。
1946年2月，国内政局却朝着与中共愿望相反的方向发展。
还在政协开会期间，1月16日晚，“陪都各界协进会”在沧白堂邀请政协代表郭沫若、张东荪讲演时，国民党CC派特务就在台下起哄，高呼“拥护国民党，打倒异党”的口号，使讲演会不得不中途散会。17、18、19日，捣乱进一步升级：特务先在会场上狂呼乱叫，捣乱后成群结队呼啸而去。
2月10日上午，重庆各界举行庆祝政协会议成功大会。较场口广场上，人山人海，彩旗飞舞，嘹亮的歌声、口号声响彻古老的山城。9时许，大会总指挥李公朴邀请公推出来的主席团成员郭沫若、李德全、沈钧儒、马寅初、施复亮、章乃器、史良等走上主席台。突然，台下跳出六七个人，强行登上主席台夺过扩音器，自称总主席，宣布开会。总指挥李公朴见状，急忙上前劝阻。这时，混在群众中的特务暴徒蜂拥而上，把李公朴推倒在台下，拳脚交加，打得他头破血流。郭沫若、施复亮、马寅初以及新闻记者等60余人被毒打致伤。
周恩来闻讯，立即赶到会场。他见状十分气愤，大声说道：“特务们站出来，让大家看清楚！”特务们见势不妙，一声口哨，一窝蜂似地退走了。接着，周恩来、陆定一、邓颖超和刚被国民党释放的廖承志一起赶往医院，慰问较场口事件的受害者。
当晚，政协代表召开紧急会议，到会代表联名给蒋介石写抗议信，要求国民党当局严惩凶手。
2月20日，北平国民党特务又以河北难民还乡请愿为名，纠集地痞流氓千余人，举行反共示威，大闹军调部中共方面的办公室，侮辱殴打工作人员。
22日，国民党特务操纵部分学生，在重庆举行反苏反共游行，并捣毁《新华日报》和民盟机关报《民主报》营业部，打伤工作人员多名。
周恩来怒不可遏，当天即在记者招待会上发表声明，并致函蒋介石，提出严正抗议。
中共代表团仍然以极大的克制态度，继续同国民党代表进行谈判，努力寻求和平解决争端的途径。
2月25日，国共及美国特使在重庆上清寺尧庐举行了《关于军队整编及统编中共部队为国军之基本方案》（简称“整军方案”）签字仪式。
反共20多年的蒋介石对整编军队一事相当积极。通过整编将中共领导的部队“编”过去，是蒋耿耿于怀的梦想。他深知，解放区是中共及其军队生存、发展的根据地和出发点。第五次反“围剿”时，中央苏区只有20几个县的地方，就同100多万国民党军激战那么久，最终还是路线错误才被自己打破。现在中共拥有的解放区已占全国面积的1/4，不能不成为蒋的心腹之患。特别是，中共军队虽然装备较差，但士气旺盛，作战的战略战术灵活，这一点在解放区的自卫战中已充分显示了威力。由此缘故，马歇尔来华后，蒋介石要求马歇尔调处的第一个问题不是停战，而是整编军队。
当张治中、周恩来和马歇尔三人握手问好走进会议室时，桌上已放着中、英两种文字书写的一份“整军方案”。
方案共八条：第一条，统帅权；第二条，职责与权限；第三条，编组；第四条，复员；第五条，整编及配置；第六条，保安部队；第七条，特别规定；第八条，一般规定。每一条内，都有详尽的细节，兵力的人数，军官的配备，完成的时间，都写得清清楚楚。
按照这个方案，中共部队在18个月内编成10个师，为国民党部队50个师的1/5。
马歇尔、张治中、周恩来三人端坐在各自的位置上，谁也没有去看面前的方案，甚至连扫一眼也没有。其内容他们早就烂熟于心，而今天的签字，只不过是个形式，一种必不可少的形式。
尽管这样，马歇尔还是异常高兴。来到中国才二个多月，搞成了停战令，接着又搞出一个整军方案，这简直就是奇迹！中共为什么同意了后来的方案呢？周恩来在这年年底的延安干部会上是这样说的：“整军方案是使中国人民的武装受束缚的，但也受保障的，这有它的两面性。在数目上，50比10，对我们是一个束缚，但也还不是主要的，主要的是规定要经过美国装备，我们的10个师也包括在内……整军方案还有它好的一面，这就是地方自治。人民的武装是地方自治的东西，60个师只是用在国防上的。地方自治要依靠人民的武装的自卫，我们这里已经自治了，不再需要国家的军队来防匪了，这样就保障了我们解放区人民自己的武装不受国家军队的干涉。”
签署协定后，张治中高兴地对周恩来说：“本人代表政府签此方案，并百分之百保证其执行，使达成军队国家化之目的。”
周恩来也面对出席仪式的记者们说：“我代表中国共产党，向诸位，向全国人民，向全世界友邦保证：凡我们签订的文件，特别要包含这次签订的整军基本方案，我们都要使它百分之百的实现。”
马歇尔用诗一样的语言说：“此协议为中国之希望。吾相信其将不为少数顽固分子所污损，盖此少数顽固分子，自私自利，即摧毁中国大多数人民所渴望之和平及繁荣生存权利而不顾也。”
按照协议，北平军调部又多了一项职能，除监督停战外，又成为整军方案的执行机构，担负起监督国民党军队、共产党军队的复员、配置和整编任务。
当所有这些文件送到北平军调部，送到郑介民、叶剑英和饶伯森面前的时候，他们的心里，几乎同时画了一个大大的问号：能够实现吗？
他们的担心不是多余的。在这前后，派往全国各地的30多个执行小组调查的情况纷纷报来：军事冲突没有停止，铁路交通没有恢复，各地军队频频调动。这哪里是整军，分明是在调兵遣将！
为了掌握各地对停战协议的执行情况和解决整编工作中的问题，马歇尔、张治中和周恩来一起，于2月28日从重庆起飞，前往各地视察。
从第二天开始，三位和平使者即在空中飞来飞去，先后到张家口、集宁、济南、徐州、新乡、太原、归绥、延安、汉口等地视察。所到之处，受到国共双方的热烈欢迎。
3月1日至17日，国民党召开了六届二中全会。
这是政治协商会议后国民党举行的第一次中央全会，十分引人注目。
反复无常的蒋介石在国民党右派和好战分子何应钦、白崇禧、陈诚、陈立夫、顾祝同等人的鼓动支持下，在会前就为这次会议定了基调，称这次会议“不仅关系到本党成败，而且关系到国家存亡”，要抛开国家的民主化来讨论“军令与政令的统一”，对政协会议通过的宪草修改原则“就其荦荦大端，妥筹补救”。
会议根据这个调子，通过了一系列推翻政协决议案的决议。
国民党以中央全会的方式公然否定政协决议，进一步证实了此前发生的一系列反共行为并不是孤立的事件，而是国民党最高当局决策的先行步骤。
《解放日报》发表社论《评国民党二中全会》，指出：国民党二中全会的决议，推翻了政协所决定的为全国人民所一致拥护的国会制、内阁制、省自治制的民主原则，而继续坚持独裁原则。
中共代表团团长周恩来也举行中外记者招待会，谴责蒋介石出尔反尔的行径。他说：两个会议的决议既如此相反，却都是在蒋主席的主持和领导之下通过的……国民党总裁蒋先生既未曾制止反动派于阴谋破坏活动初起之时，又未曾坚持政协决议于全会会堂之上，反而亲临主持反对政协要案之通过，以致二中全会全部动摇了也是蒋先生亲自主持起草通过的政协决议。
周恩来警告说：“我觉得政协的一切决议不能动摇或修改。这是由五方面代表起立通过的，应成为中国的民主契约。谁要破坏，谁就是破坏今天中国的民主和平团结统一。”
这时，马歇尔不在中国。他在视察之后，胸有成竹地应杜鲁门总统之召，回国述职去了。
在国民党军队向解放区的一系列的大举进攻面前，毛泽东等中共中央主要领导人进一步认清了蒋介石。
3月15日和18日，中共中央先后发出了两份关于目前时局和对策的党内指示，指出：苏军已从沈阳及其附近撤退，国共两军在东北的冲突即将展开。在国民党二中全会中，CC系和何应钦等军人派，正企图破坏停战整军，借口东北问题，实行各地军事接收，想在马歇尔离华期间造成新的内战局面。……为了对付国民党内反动派的阴谋挑衅，除开审慎应付东北问题外，华北、华中各地应即提起警觉，密切注意顽方动态，并在军事上作必要准备，加强整训，加强侦察，严防反动派突然袭击。如果反动派发动进攻时，必须能够在运动中坚决、彻底、干净、全部消灭之。
3月16日，毛泽东致电周恩来：最近时期一切事实证明，蒋介石反苏反共反民主的反动方针一时不会改变。只有经过严重斗争，使其知难而退，才能作某些较有利于民主的妥协之可能。第二天，又致电周恩来：国民党二中全会决议很坏，我们应展开批评攻势，针锋相对，寸土必争……我党国府名单及国大代表名单暂勿提出。
3月以后，时局的焦点转移到了东北，出现了“关内小打，关外大打”的局面。
鉴于蒋介石坚持不同意在条约中限制国民党接收范围，21日毛泽东明令周恩来：“我们不签含有重大危险之协议，宁可战而失地，不可在谈判中失地。”
4月1日，蒋介石在国民参政会上说：“我们中央对于东北的职责，现在只有接收领土，恢复主权行政的完整……军事冲突的调处，只在不影响政府接收主权、行使国家行政权力的前提之下进行。”
周恩来当即从重庆致电东北局：我们不如以消灭蒋军为主，守城为次，这样较易争取主动，打得蒋痛，以利谈判。又致电中共中央，建议：东北应准备大打，决勿幻想国方能让步。关内，国方重在蚕食封锁与破坏，我拟进一步揭穿之，将关内问题与东北问题联起来解决。
东北境内的冲突在迅速蔓延。
抗日战争的胜利，改变了重庆作为“战时首都”的地位。4月23日，国民政府发布命令，各中央党政军机关陆续迁往南京，同时重庆成立联合办事处，负责办理在渝事宜。5月5日国民政府将还都南京。
国民政府还都使国共两党斗争的重心发生转移。
经中共中央批准，5月初，周恩来、董必武同志将率领中共代表团和南方局人员飞赴南京。