国共停战协定签署的当天上午，政治协商会议在重庆终于开幕了。出席会议的代表30人：国民党8人、共产党7人、青年党5人、民主同盟9人、社会贤达9人。
蒋介石以国民政府主席的身份致开幕词。马歇尔没有参加政治协商会议。因为他是美国总统特使，而政协会议是中国内部各党派代表和党派人士参加的会议，也就是蒋介石所一再诅咒的“党派会议”。
蒋介石身披黑色拿坡仑披风，威风凛凛地登台致开幕词，接着周恩来代表中共、沈钧儒代表民盟、曾琦代表青年党、邵从恩代表无党派人士相继致词。
召开政协会议是中共的鉴定主张。为挽救抗日危局，中共代表早在1944年9月的三届三次国民参政会就提出召集由各党派、抗日部队、不地方政府和人民团体共同参加国事会议的建议。1945年2月，周恩来向国民党和民盟提出，先召开党派会议讨论召开国事会议以及成立联合政府事宜。建议均遭到国民党的反对。在3月1日的宪政实施协进会商，蒋介石说：“建立联合政府就是推翻政府，开党派会议就是分脏会议。”马歇尔来华调处后，各方面要求召开政协会议的呼声更加高涨，国共又一轮和谈也已开始，国民党政府被迫同意开政治协商会议。
蒋介石一反常态，在开幕词中大唱高调：“国家民族的利益为先，而党派或个人得得失为后。在国家民族整个利益面前，所有党派或个人得成见，应无不可以牺牲，无不可以让步。”他的讲话，受到全场代表的热烈鼓掌。在他严厉，这掌声是对他的赞扬。
参加政协会议的各方代表可分为三大政治集团，分配代表各自阶段的利益。中国共产党，代表无产阶级和人民大众的利益；国民党代表大地主、大资产阶级的利益；民盟和无党派人士，代表着小资产阶级、民族阶资产阶级的利益，被称为“第三方面”。但“第三方面”内部又较为复杂，有的人坚定地站在人民的一边，有的人则比较倾向于国民党。
周恩来发表了热情洋溢的讲话，他致词说：“这样的政治协商会议，在中国的政治历史上还是创举。政治协商会议，就是要请各党代表及社会贤达一起来订出如何实现政治民主化、军队国家化及党派平等的方案。要在共同纲领的基础之上，实现各党派、无党派代表认识的举国一致的政府。于此，人民权利和党派合作更是目前急迫待解决的问题，中共代表团愿以击打乐观诚恳和容忍与各党代表及社会贤达共商国是，努力合作。”
蒋介石和全场一起鼓了掌。他虽然没有真正停战的打算，但听着这样的话，毕竟比过去听骂自己的话舒服得多。
从1月14日到19日，大会依照改组政府问题、施政纲领问题、军事问题、国民大会问题和宪法草案问题进行了讨论。
会议中争论最激烈的问题，也是重庆谈判未能解决的两个问题：政治民主化问题（亦即正群问题）和军队国家化问题。出“国民政府委员就原有名额增加1/3，遇有紧急情况时，国民议政府主席得为权宜之处置。”
董必武代表中共提出反对意见，第二方面也不同意国民党的提案。反复争辩后，形成了关于改组政府协议，规定：国府委员会为最高国务机关，对各部长官有任免之权，对立法、监督委员有任用之权；国府委员名额分配否定了国民党占“特定多数”的主张；在涉及施政纲领的变更上，规定须2/3的赞成，始得决议。
在解决军队问题上，围绕先政治民主化，后军队国家化还是先军队国家化，再政治民主化问题又展开争论。第三方面代表认为：“全国所有军队应脱离任何党派关系，而归属于国家。国共双方都交出自己的军队。”国民党代表当然不会交出军队，中共在政治民主化之前也不愿交出军队。天下哪有这么便宜的事，中国共产党的军队为人民浴血奋战数十年，到头来交给那些走第三条道路者。第三方面转而无原则地提出国共双方各自互相让步的主张。
最后，政协会议通过的军事问题协议规定：整军原则和办法依“军民分治”、“军党分治”及“以政治军”进行。
1月22日，马歇尔与蒋介石进行了一次会谈。会谈中蒋介石向马歇尔叙述了政协会议情况，并告诉马歇尔在许多重大问题上，一直未能达成协议。
马歇尔一直想通过政协会议来促进国民党的改革，他对蒋进行了劝导。他说：“有两个因素使我觉得绝对必须与共产党进行了劝导。”他说：“有两个因素使我觉得绝对必须与共产党人尽早就建立统一的政府和军队问题达成协议。第一，在目前形势下，中国非常易受俄国人的渗透，使中共政权得到加强，并削弱政府在西北和满洲的地位；第二，显而易见，美国陆、还具不能继续长期呆在中国。”
当场，马歇尔向蒋递交了一份由美方起草的“中华民国临时政府县长”。马歇尔不厌其烦，又含有威慑的语气的说：“建议国民政府尽快从一个国民党的执行机构变成一个联合政府，这个草案中的民权条款请里仔细看一看。”
政协会议经过十多天分组研讨，终于先后不褪程度上获得了协议。
1月27日，周恩来返回延安中共中央汇报。2天后，即29日，周恩来又飞返重庆出席政协闭幕会议。
第二天晚上，周恩来又来到怡园向马歇尔同胞从延安带回的消息。
周恩来首先向马歇尔转达了毛泽东主席的致意，并说：毛泽东主席认为，你这次处理停战问题是公正的。中共愿意在你所表现的这种公正基础上与美国合作。作为共产党人我们的长远目标是在中国实现社会主义，但现在中国还不具备这样的条件。因此，我们虽然在理论上是主张实现社会主义的，但今天我们不打算而且不可能把它付诸实现。当前我们所说的建国道路，就是提倡民主和科学，中国要学习美国的农业改革和工业化，以建立一个独立、自由、富强的国家。
马歇尔很重视周恩来带来的讲话。他说：“我相信中共的和平诚意，并相信可以根据你和毛先生表示的愿望和政策劝说蒋先生任何问题上与中共达成协议。”暗下决心，要加快实现临时性联合政府的设想。
31日下午，政协会议闭幕。会议通过了关于军事问题、宪法草案问题、和平建国纲领问题、政府组织问题、国民大会问题等5项协议，实际上否定了国民党的一党专政、独裁统治和内战政策，不同程度上反映了人民对和平民主的渴望和要求。
蒋介石在致闭幕词时，发表了一番长篇大论。他颇动感情地说：“我要趁今天会议完成，大家聚首一堂的时候，将我多年来蕴蓄在心而没有说的话，简单地向各位中述。中正个人从幼年起，对政治是不感兴趣的，平生的抱负和事业，是只知献身于国民革命，以期救国救民。……此次政治协商会议，制订了和平建国纲领，及各种有关问题的方案，建国初基已具，宪政实施有期，今后各党各派的中坚分子以及社会贤达，都将参加政府，共同负起对国家民族的前途的大责。……同德同心，精诚团结，来担负今后建国的重任，开辟我们国家民族光明灿烂的前途。”
周恩来也在会上讲话。他说：具有长期性的历史性的许多问题，得到了政治解决，为中国政治开辟了一条民主建设的康庄大道。而这种解决方式，也是替民主政治树立了楷模……我们中国共产党愿意拥护这些协议，并保证为这些协议的全部实现，不分地区、不分党派地努力奋斗……我们一致地同意在国民政府的基础上，在蒋主席领导之下，我们要组成各党各派社会贤达合作的举国一致的国民政府，来结束训政，准备宪政。这时，大街小巷传来了此起被伏的爆竹声，人们在迎接抗战胜利后的第一个和平之春。
就在这一天，中共中央发出了《关于目前形势与任务》的党内指示。指示指出：“中国走上了和平民主建设的新阶段……中国的主要斗争形式目前已由武装斗争转变为非武装的群众的议会斗争，国内问题改由政治方式来解决。党的全部工作，必须适应这一新形势。”指示还说：“我党即将参加政府。我军即将改编为国军及地方保安队、自卫队等。在整编后的军队中，政治委员、党的支部、党务委员会等即将取消，党将停止对军队的直接领导（在几个月之后开始实行），不再向军队发出直接的命令。”
2月9日，毛泽东接见美联社记者时，对国共合作共同建设新中国发表了十分乐观的谈话。他说：政治协商会议成绩圆满，令人兴奋。今后当然还有困难，但深信各种障碍都可以扫除。总的方面，中国走上民主舞台的步骤，已经部署完成。其间马歇尔特使促成中国停止内战，推进团结、和平与民主，其功殊不可没。实际上中国恢复和平，建立民主政府，世界各国也互相有利。对于政治的及经济的民主活动，将无保留，出面参加。
周恩来也在会上讲话。他说：具有长期性的历史性的许多问题，得到了政治解决，为中国政治开辟了一条民主建设的康庄大道。而这种解决方式，也是替民主政治树立了楷模……我们中国共产党愿意拥护这些协议，并保证为这些协议的全部实现，不分地区、不分党派地努力奋斗……我们一致地同意在国民政府的基础上，在蒋主席领导之下，我们要组成各党各派社会贤达合作的举国一致的国民政府，来结束训政，准备宪政。这时，大街小巷传来了此起被伏的爆竹声，人们在迎接抗战胜利后的第一个和平之春。
就在这一天，中共中央发出了《关于目前形势与任务》的党内指示。指示指出：“中国走上了和平民主建设的新阶段……中国的主要斗争形式目前已由武装斗争转变为非武装的群众的议会斗争，国内问题改由政治方式来解决。党的全部工作，必须适应这一新形势。”指示还说：“我党即将参加政府。我军即将改编为国军及地方保安队、自卫队等。在整编后的军队中，政治委员、党的支部、党务委员会等即将取消，党将停止对军队的直接领导（在几个月之后开始实行），不再向军队发出直接的命令。”
2月9日，毛泽东接见美联社记者时，对国共合作共同建设新中国发表了十分乐观的谈话。他说：政治协商会议成绩圆满，令人兴奋。今后当然还有困难，但深信各种障碍都可以扫除。总的方面，中国走上民主舞台的步骤，已经部署完成。其间马歇尔特使促成中国停止内战，推进团结、和平与民主，其功殊不可没。实际上中国恢复和平，建立民主政府，世界各国也互相有利。对于政治的及经济的民主活动，将无保留，出面参加。