据参与直皖战争的人说，这场战争其实打得非常简单，就像举行一场秋操一样，只有西路最初一战和高碑店一战比较激烈一些。可就这样，战争也暴露出了其残酷的一面。除了王兴文等官兵阵亡外，西路皖军在溃退时又发生过惨剧——因为山洪暴发，第十五师及琉璃河车站的溃兵聚集桥上，拥挤难行，正好段芝贵的专车倒行过桥，桥上的很多士兵不是被专车轧死，就是掉进河里淹死。
可想而知，当段祺瑞知道这些情况后，不可能无动于衷。就在他犹豫不决之际，傅良佐奉徐世昌之命前来对他进行劝说，让他主动通电下野，并下令皖军停止作战。
傅良佐虽然还在段祺瑞左右，但和张志潭一样，早已经成了靳云鹏的人。段派嫡系军人多对靳云鹏不屑，傅良佐原本也站在徐树铮一边，他到湖南做督军，就是出自徐树铮的推荐。及至傅良佐擅离职守，从湖南逃回，徐树铮每次与他见面，都要数落他：“不中用，太丢人。”傅良佐因羞转恨，便也转附了靳云鹏。
徐世昌、靳云鹏一体，傅良佐实际上就是他们的说客。只是让段下野的话，如果直接出自徐、靳之口，段祺瑞未必会听，出自傅良佐这个“贤侄”之口，效果就不一样了。
通过傅良佐，徐世昌给段祺瑞传达了一个信息：你的定国军总司令系各军拥戴，和你本人无关，只要你肯通电下野，我作为总统，可以保证你本人和部下的安全。
有了徐世昌的这一保证，段祺瑞决定以自己下野的方式，为直皖战争画上句号。1920年7月19日，他发表通电，声明辞去本兼各职，同时解除定国军名义，命令前方各将领即刻停止进攻，并立即退归原防。
因为这一个通电，事前大张旗鼓的直皖大战，不出五天就以直系的胜利结束了。可是段祺瑞想的又实在太理想化了，他的对手不是西方绅士，即便老段已经放下了枪，他们也没有半点要罢手的意思。
在直军占领琉璃河车站之后，王士珍等北洋元老前去求见吴佩孚，打算替双方和解。吴佩孚表面上对这些元老极尽恭维谦和之态，说：“让元老们屈尊前来，怎么办，怎么好？我一定尊重元老们的意见。”
他的部下们则在一旁气势汹汹地大骂段祺瑞，说段祺瑞“扣押直军兵饷，借债卖国扩军”。这些人还说：“我们是回防，并没有侵犯别人，他（指段祺瑞）却派队伍来打我们。现在打败了，派几位来了，早干什么去了！那不行。边防军一个也不能留，都得缴械，非把老段抓着，讲讲理不行。”
其实这就是吴佩孚事前布置好的一出戏，意在表示不是他吴佩孚得势不饶人，而是段祺瑞已犯了直军将士的众怒，不打不行。王士珍等人见状只好辞去，临上火车时，他们还恳求吴佩孚：“等两天吧，不要前进了。我们一定有办法，让你们消得下气去。”
王士珍等人所乘的火车刚刚开走，吴佩孚立即下令所有部队继续追击，只以暂时不入北京为限。
在段祺瑞发出下野通电后，皖军各部都已受命停止作战，徐树铮、曾毓隽、段芝贵等将领幕僚也已先后逃回北京。他们在京唯一能躲的地方也就是东交民巷的外国使馆区了。公使团曾经公开表示不干涉中国内政，不收留亡命徒，但日本使馆顾念段祺瑞执政期间与日本政府的关系一直较好，所以还是破例为他们提供了藏身之处。
段祺瑞也可以去东交民巷，但他不愿在这个时候乞求日本人庇护，从而进一步坐实曹、吴等人对他“卖国”的指控，于是便坚持不肯离开府学胡同的住宅一步。
见直军仍不肯罢手，段祺瑞只得又引咎自劾，写了一篇呈文，然后拿着呈文去见徐世昌，表示愿一人承当战争责任。
虽然直奉大战也不在徐世昌的期望范围之内，可是看到曾经不可一世的老段居然落到如此地步，徐世昌还是从里到外地觉得畅快。看完段祺瑞的呈文后，他付之一笑，末了不忘奚落对方一句：“早知如此，何必当初！”
徐世昌随后派靳云鹏、张怀芝赴津与曹、吴商议如何了局。双方见面后，曹、吴对于段祺瑞、徐树铮尚有余愤，说一定要将二人处死，以绝后患。靳云鹏自然巴不得徐树铮人头落地，但对自己的老师毕竟还是有感情的，因此竭力替段祺瑞说情。
曹、吴也知道段祺瑞在北洋的威望，若真的对段下手，难免引起非议，对直系本身也不利。吴佩孚于是笑一笑说：“老段不肯逃走，还像是一个人，就饶他一条命吧！”
曹锟、张作霖和吴佩孚商量下来，向徐世昌提了一大堆条件，除战前的那些以外，又加上了惩办以段祺瑞、徐树铮为首的安福系成员、取消边防军和西北边防军以及直奉军永驻京畿等更为苛刻的条款。
对这些条件，徐世昌都表示基本同意，只有对于严办段祺瑞一项，他密电曹、张、吴，要求加以通融。