按照紧急会议的决议，由段祺瑞领衔发出呈文，请总统徐世昌下令对曹锟、曹瑛（曹锟的弟弟，亦为直军将领）、吴佩孚革职拿办。
段祺瑞拿着呈文再赴总统府。徐世昌见对方动了真格的，急忙说：“老大哥何必这样生气，又铮的筹边使本来和筹边署办有些叠床架屋，罢免他不过是掩人耳目罢了。等到风头过去，就可以另行安插。请他在总统府委屈一下，闲散一两个月，似乎也没有什么妨碍。”
徐世昌已经把屁股挪到了直系一边，说一千道一万就是不肯罢免曹、吴。他说：“曹、吴克复长沙，久戍湘南，全国舆论都加以称赞。如果有功不赏，还免除他二人的职务，恐怕会遭到全国舆论的反对，而且可能引起曹、吴等人的巨变，那就小不忍则乱大谋了。”
要说功，徐树铮收复外蒙古之功是当时没有人能与之相比的，连孙中山都致电祝贺，你免他的职，怎么就知道全国舆论不会反对？段祺瑞当然不服。
至于曹、吴巨变，此前两天，段祺瑞已对西北军第一、第三两师及陆军第十五师发出动员令，让各部开往保定，准备对吴佩孚作战——要打就打，谁怕谁来？
段祺瑞愤愤退出总统府，返回团河。由于过分激动，有人看到他“两颧发红，精神颇有错乱之象”。他随后派人告诉徐世昌，说徐树铮被免职一事，他可以不再过问，但曹、吴擅自撤防北返之罪，不能不问。如果徐世昌依然故我，他段祺瑞为维护国家纲纪，“必兴问罪之师”。
迫于压力，徐世昌只得下达明令：吴佩孚撤职，交陆军部依法惩办，其第三师原系中央直辖军队，由陆军部接收整顿；曹锟督率无方，革职留任，以观后效。
自吴佩孚擅自北返而可以不受政府任何制裁之后，北京政府的权威和命令都已大大贬值。曹、吴对政府的免职令丝毫不予理会，吴佩孚则不仅不交卸军队，反而继续统兵北进，而段祺瑞也已改边防军为定国军，自任总司令，做出了“讨伐”的姿态。
7月12日，曹锟联络张作霖、李纯、王占元等人联名发出通电，说段祺瑞是在“施一网打尽之计”，表示“迫不得已，唯有秣马厉兵”。第二天，张作霖又另外发通电进行响应，决定“派兵入关，扶危定乱”。
徐世昌引吴部北上，是要利用直皖矛盾巩固权位，他没料到挑起的火会越烧越大，最终呈蔓延之势。眼看着自己不但不能左右逢源，而且连总统宝座都可能保不住了，徐世昌赶紧又发布一道命令，要各军一律退驻原防。可是这道命令为时过晚，在戏幕已经完全拉开之后，还要不要演、如何演，都跟他没有任何关系了。
按照先前在团河会议上的部署，在正面作战的皖军分为东西两路，东路在京奉铁路沿线，总指挥为徐树铮，对面直军为曹瑛所部。
归徐树铮指挥的是原驻廊坊的西北军第二混成旅。徐树铮练兵，本来就比较重视实战训练，第二旅的旅长宋子扬及以下一批军官均来自冯玉祥的第十六混成旅，而冯玉祥的练兵方式又与徐树铮比较像，所以该旅对演习、射击和体力训练就抓得更紧一些，在西北军的四个旅中，第二旅的声誉也最好。
徐树铮到前线指挥，问宋子扬对战事有没有信心，宋子扬当即表示：“这没问题，司令下命令，开步走也走到天津了。”
直皖战争在7月14日正式打响。东路开始相当顺利，第二旅于黎明起对直军所驻守的杨村发动进攻，不到两个小时，即将杨村攻下。接着又向前追击，部队在玉米地中捡得军衣，军衣上系着白领章，另外还捡到了两支三八式步枪。这都是奉军的军装样式和他们惯用的枪支，徐树铮这才知道，奉军也已经加入了对他们的作战，为谨慎起见，遂命令第二旅暂时停止前进。
段祺瑞在派徐树铮指挥东路的同时，另授命段芝贵指挥西路作战。可是这一任命实际上是段祺瑞不善用将的一个典型佐证。
段芝贵更确切地说，只是一个以应酬见长的官僚，而非合格的战将。他虽然也毕业于天津武备学堂，但在校的学习成绩非常一般，以后又长期混迹于宦海，精力主要都用在对付人上面了，他对于军事学简直可以说是完全不懂，并且严重缺乏带兵经验。
水平不高，倘若认真一些，没准还勤能补拙。可段芝贵又不是一个对自己有要求的人，他平日最注重的便是“享受”二字。
据说段芝贵每天都要更换衣服数次，出门时副官一定要随身带着一大包衣裳备用，而他的副官也以衣饰华丽著称。与穿衣服相比，更讲究的是，段芝贵到哪儿都得带着他的御用厨师，非这位御用厨师做的菜就入不了口。
御用厨师姓李，老被段芝贵这么“惯”着，脾气便上来了。有一次段芝贵在屋内骂他，他也回骂。段芝贵气得将他逐出了段府，可是李厨师一走，段芝贵就因此吃不饱了，于是又将李厨师请回。如是者三，以后段芝贵在屋内小声骂，李厨师就在院内毫不客气地大声回骂，段芝贵还拿他没有办法。
别的总指挥上阵，随其左右的都是幕僚卫队。段芝贵当然也带着幕僚卫队，但对他而言，李御厨和拎着一大包备用衣服的副官或许更让他挂心。为此，他还特地准备了配有餐车及头、二、三等俱全的七节专车一列，上面满载洋酒、罐头、火腿、板鸭、纸烟。知道的明白他是去指挥打仗，不知道的还以为他是到哪里去度假呢。