当时段祺瑞乘坐的是“楚育舰”，一部分随员乘坐的是“楚材舰”。在行至汉口刘家庙附近时，适值招商局的“江宽号”客轮开来。“楚育舰”速度快，已经开过去了，“楚材舰”则与“江宽号”撞个正着，前者的船头碰着了后者的船腰，两船都几乎沉没。
当年袁世凯复辟帝制时，段祺瑞的义子罗凤阁曾被人收买，欲行刺段，后又中途悔悟并离开了段公馆。袁世凯死后，段祺瑞原谅了他，他也重新到陆军部办公，这次随段南下，他正好就坐在“楚材舰”上。
发现兵舰可能要沉没，罗凤阁和一个姓杨的团长急忙坐上救生船，之后他拔出佩刀，要砍断救生船的缆索。可是没想到忙中出错，只砍了一边的缆索，救生船直吊起来，把罗、杨抛入江中，二人都因此被淹死了。
对义子死于非命，段祺瑞极为惋惜，难过伤心了好几天。不过这次“南巡”确实成果不小，除了暂时安抚住李纯等人外，段祺瑞还在汉口召集督军会议，对作战行动重新做出部署。
会议决定对广东、四川只预定作战方案，如果西南“再肆反抗”，才发动进攻。湖南则成为北军需要肃清的重点，曹锟、张怀芝、张敬尧被责成共同作战，以克复衡阳、衡山。
会议一结束，吴佩孚即率部沿铁路直趋长沙，南方联军望风披靡，纷纷向湘南撤退。随后，吴佩孚与张敬尧会师于长沙，张怀芝进入醴陵，包括奉军在内的其他部队也都相继开入了湖南。南方联军总司令谭浩明见势不妙，赶紧逃往广西桂林。南方联军自行瓦解，其中的粤、桂军各回本省，湘军则退集粤桂边境。
虽然在汉口会议上宣布要放弃“攻粤、入川”计划，但段祺瑞内心里其实并没有放弃这一目标，因为只有“攻粤、入川”，才能最终完成他的统一设想。回京后，段祺瑞在向冯国璋详述南下经过时，仍强调：“北军应以攻粤为优先。”
接到攻湘胜利的消息，段祺瑞喜不自胜，他当即给曹锟发去急电，要曹锟转令吴佩孚继续追击湘军，直捣“两粤”（即两广）。按照这一电令，吴佩孚率部相继攻克衡阳、衡山，但随后却按兵不动，不再向南进攻。
事情还得先从吴佩孚的上司曹锟身上讲起。徐树铮引奉军入关，奉军首先进入的地域是直隶，而直隶又是曹锟的地盘，这就已经让曹锟感到了不安。接着冯国璋又暗地通知他，说段祺瑞、徐树铮要升他为两湖检阅使兼湖南督军，徐树铮自己则出任直隶督军。曹锟听后，认为段、徐是在对他施行明升暗降、调虎离山之计，于是慌忙从武汉跑回保定。等徐树铮闻讯赶到武汉向他做解释时，已经迟了一步，曹锟在当天上午就动身北上了。
徐树铮对此很不高兴，慨叹：“曹三（曹锟在家排行第三）目光短浅，放着大功（指在南北战争中建功）不就，真是坐失良机！”曹锟却仍对徐树铮那不知真假的“夺位之举”耿耿于怀，说：“这小子太损了，要把我这摊连锅端哪。”
曹锟是北洋督军中的第一号实力人物，又是主战派大将。他若有个风吹草动，将对主战派造成极大打击。段、徐只能做出让步，段祺瑞为此还请求总统府特授曹锟勋一位，授一等大绶宝光嘉禾章。
可是段祺瑞的这一笼络手段并未让曹锟感到满足，后者仍然一个劲儿地请辞和请假，这又反过来令段祺瑞和徐树铮感到对方有了异心。奉段祺瑞之命，徐树铮亲自到汉口劝阻曹锟不要辞职或请假，他同时在汉口做出新的部署，把南下奉军的两个旅编为一个支队开往前线，名为增援，听候曹锟的调遣，实际是对曹锟所部的行动进行监视。
正是由于不再信任曹锟、吴佩孚，段祺瑞在给曹锟发急电，要求吴佩孚继续追击湘军的同时，又任命皖系的张敬尧为湖南督军兼省长。
曹锟本身是直隶督军，他当然可以不在乎一个湖南督军，吴佩孚则不然。就实际情况而言，攻湘最卖力气、战功最大的是吴佩孚，张敬尧在湘东曾多次败给湘军，这个败军之将能够进入长沙只不过是借了吴佩孚的光。如果论功行赏，新任湘督应该是吴佩孚，而不是张敬尧。
看到湘督居然落到了他很看不起的张敬尧头上，吴佩孚极为愤慨，认为段祺瑞只是把自己当成了一个为他卖命的走狗，常说：“做走狗，也不是这样做法！”段祺瑞催促他乘胜前进，直捣粤桂，他就偏偏置之不理，按兵不动。
另外，吴佩孚和冯国璋还有一段渊源。曹锟早在率部南征之前，就任命吴佩孚为第三师师长。当时有人也想夺这一职位，便向总统府写匿名信控告吴佩孚。冯国璋先找人打听了一下吴佩孚的品行，然后就表示谁也不能撤吴佩孚，要坚决保住他的师长位置。
吴佩孚得知后自然对冯国璋感恩戴德，现在见段祺瑞这样“不辨贤愚”，就更增加了对冯国璋的好感。冯国璋主和，这是尽人皆知的事，于是吴佩孚也拥护冯国璋的主张，不但不再向南进攻，还与湘军往来接洽，商定南北两军各守原有阵地，互不侵犯。
发现湖南战场陷入停滞，段祺瑞马上明白自己出了昏招。他赶紧设法补救，派徐树铮赴湘南前线，对吴佩孚重点拉拢。孰料此举非但没有收到预期效果，反而适得其反，曹锟闻讯后认为徐树铮是在收买自己的部下、拆自己的台，对此极为不满。在未经段祺瑞批准的情况下，他就又擅自跑到天津“养疴”去了，临走时还带走了司令部的全部人马。
至于吴佩孚，到底是个品行经过冯国璋考查的人。他毕生所坚持的军人品质之一，就是在任何情况下都不背叛有恩于自己的上司，无论是冯国璋还是曹锟。徐树铮在他身上同样一无所获。