章太炎说袁世凯之所以失败，关键原因在于以三人反对三人：其一，梁任公（启超）反对杨皙子（度）；其二，张仲仁（一麐）反对夏午诒；其三，雷震春反对蔡松坡（锷）。章此言当时广为流传。
民国初年，章太炎进京，见到当时参谋次长陈宦，便惊谓陈为“中国第一人物”，同时称：“他日亡民国者，必此人也”。后果然陈襄助袁上台，并称帝。章太炎去世后，陈宦称世无知音，并云他是真知太炎者。陈说：“章氏一语，足定天下安危。”
坊间传言袁世凯欲称帝，章太炎对袁道：“夫非能安内攘外者，妄而称帝，适以覆其宗族，前史所载则然矣。法之拿破仑，雄略冠世，克戡大敌，是以国人乐推。今中国积弱，俄日横于东北，诚能战胜一国，则大号自归；民间焉有异议？特患公无称帝之能耳。”
章太炎将民国的历届元首分为三类，一类“枭鸷”，如袁世凯，于国于民有“威福自专之患”；一类“仁柔”，如黎元洪，一旦“将相上逼”，无法安于其位；一类“狂妄”，代表人物是孙中山，“势稍强则与枭鸷者同，势稍弱又与仁柔者同”；而在这三类人之间，有枭鸷者时，仁柔者狂妄者“又必不能与争”。
黄侃曾记录章太炎语：“师前日说今学者之蔽：一、好尚新奇；二、专恃智慧；三、倚赖他人；四、偏听偏信。”
章太炎将中国与印度对比后，认为中国人患有六种精神痼疾：诈伪无耻，缩肉畏死，贪叨图利，偷惰废学，浮华相竞，猜疑相贼。
章太炎尝云：“大国手门下，只能出二国手；二国手门下，却能出大国手。因大国手的门生，往往恪遵师意，不敢独立思考，故不能大成，如顾炎武门下，高者不过潘耒之辈；而二国手的门生，在老师的基础上，不断前进，往往能青出于蓝。如江永的门下，就有戴震这样的高足。”后人以为，黄侃在音韵学方面，已较乃师章太炎为高，亦是实例之一。
章太炎坚持要弘扬国学，国学是面对西方挑战之际精神动力，他在《国学讲习会序》中说：“夫国学者，国家所以成立之源泉也。吾闻处竞争之世，徒持国学固不足以立国矣。而吾未闻国学不兴而国能自立者也。”
章太炎曾批评当时的欧化主义风潮道：“近来有一种醉心欧化的人，总说中国人比西洋人所差甚远，所以自甘暴弃，说中国必定灭亡，黄种必定剿绝，因为他不晓得中国的长处，见得别无可爱，就把爱国爱种的心，一日衰薄一日。”他告知当时的留学生要弘扬国学：“上天以国粹付余，……怀未得遂，……至于支那闳硕壮美之学，而遂斩其统序，国故民纪，绝于余手，是则余之罪也。”
章太炎说：“盖凡百学术，如哲学、如政治、如科学，无不可与人相通，而中国历史，断然为我华夏民族之历史，无可以与人相通之理。”
章太炎的治学之法被称为“地上派”，其治学有四言：不以全文疑群经，不以赝品校古史，不以甲文黜许书，不以臆说诬诸子。