章太炎早年接受西方近代机械唯物主义和生物进化论学说，在著作中阐述了西方哲学、社会学和自然科学等方面的新思想、新内容，他《訄书》一书中，称“精气为物”，“其智虑非气”；并宣称“若夫天与上帝，则未尝有矣”，否定天命论说教。他的思想又受佛教唯识宗和西方近代主观唯心主义影响。
章太炎在台湾时，常发表文章抨击日本的治台政策。开始，由于他的行文还算和缓，当局便未深究。后来，章又撰文说“台湾总督府的官僚大多作威作福，压制人民”，台湾总督见后，将《台湾日日新报》报社社长守屋善兵卫狠狠地训斥了一番。守屋善兵卫回到报社后，立刻差人去叫章太炎。章太炎不理不睬，只写了张纸条：“何不唤守屋来？他不知士前为慕士，王前为趋势乎？”守屋善兵卫见后，勃然大怒，到章太炎的寓所，咆哮怒骂了一通，并令其离开报社。章待守屋善兵卫走后，平静地说：“礼貌衰，则去之，何用逐？”遂收拾行装离去。
章太炎在台湾结识了一位记者李书，某日，两人闲聊，章问李几岁开始读书，李说大约20岁他才延师启蒙。章听后连连摇头，嫌他读书太迟，并说自己六七岁便开始读书，到20岁差不多已经读完了。李书对章还能记得多少颇为怀疑，于是随便举出几则自己记得的经书来问，不待李说完，章就一字不漏作了答复，甚至连哪一句在哪部书的第几页都说得清清楚楚。
章太炎曾向梁启超等人出一上联：“今古三更生，中垒、北江、南海。”这里说的“三更生”第一个是汉朝刘向，本名更生，官中垒校尉；第二个是清代洪亮吉，著有《北江全集》，人称北江先生，自号更生；第三个是康有为，南海人，戊戌政变后改名更生。在座几人无人能对。20多年后，钱玄同重提此联，符鼎升沉吟良久，以“世间一长物，孔兄、墨哥、佛郎”对，始有下联。
1904年，章太炎的《訄书》出版，他好用古字古义，古奥的文辞更令不少人望而却步。连鲁迅也说“读不断”、“看不懂”。
1906年，章太炎在《民报》刊登《国学振兴社广告》，谓其国学讲授内容为：“一、诸子学；二、文史学；三、制度学；四、内典学；五、宋明理学；六、中国历史。”
北洋政府教育部1913年拟定的注音字母采自章太炎。
柳诒徵对章太炎在《诸子学略说》中“诋孔”的观点提出批评，章太炎公开表示接受批评，并对该观点表示懊悔，称“前声已放，驷不追舌”。
章太炎在成都时，有一客叙述己贫，请他向四川当局推荐。章太炎听了勃然大怒说：“你一贫已至此，若至穷时又将如何？”在座的赵熙是章的旧友，以为章太炎说错，问道：“贫与穷亦有异乎？”章答道：“异甚，所谓贫者，以其贝（古人以贝为钱）分之于人，而己身尚不致一无所有；若穷则弃家而无有，孑然一身，藏身穴内，安能与贫并论乎？”此后，赵熙对他人说：“我读书数十年，今日方才懂得贫穷两字字义啊！”
1930年，章太炎在《春秋左氏疑义答问》中称此书“为三十余年精力所聚之书，向之繁言碎辞，一切芟薙，独存此四万言而已。”
1935年7月，章太炎立下遗嘱曰：“凡人总以立身为贵，学问尚是其次。不得因富贵而骄矜，因贫困而屈节。其或出洋游学，但有资本者皆可为之，何足矜异，若因此养成傲诞，非吾子也。入官尤须清慎。若异族入主，务须洁身。余所有书籍，虽未精美，亦略足备用。其中明版书十余部，且弗轻视。两男能读则读之，不能读，亦不可任其蠹坏。当知此在今日，不过值数千金，待子孙欲得是书，虽挥斥万金而不足矣。……”
章太炎曾作《驳中国用万国新语说》一文痛骂欧人所用之铅笔、钢笔，并举《纬书》及《扬雄答刘歆书》，证明中国古代已知使用铅笔，后来才改用毛笔。他说：“展转蜕变，毫之制造愈良而铅铁遂废不用，欧洲则讫今未改，以笔言之，亦见汉土所用为已进化，而欧洲所用为未进化也。”又曰：“今观汉土羊兔诸毫，转移轻便，其纸薄者用竹，厚者用楮，皆轻利胜于欧洲，诸子在巴黎，则言铅笔之善，向若漂流区域与赤黑人相处，其不谓芦荟叶胜于竹纸者几希！”
章太炎对白话文深恶痛疾，对白话诗亦颇多嘲讽，他在江苏省教育会讲演国学时说：“凡称之为诗，都要有韵，有韵方能传达情感；现在白话诗不用韵，即使也有美感，只应归入散文，不必算诗。正如日本和尚娶妻吃肉，我曾说他们可称居士，何必称作和尚呢？”
章太炎曾在杭州昭庆寺讲经堂进行讲学，当时方丈为他设了一个讲坛，地上排了数十个蒲团。章太炎到后，命人将讲坛撤去，亦坐蒲团上，说这是汉时的讲学方式，当时不设讲坛。第一天：讲《经学源流》，大肆抨击康有为“伪经考”，听者兴高彩烈。第二天，讲《清代国学》，听者更众。第三天，讲《小学〈文字音韵学〉大义》，听者大半不懂。但学生一天比一天多，第三日竟达百余人。章讲学三天后，感染伤风，兼发胃病，遂中止讲学。
田君亮从日本留学归国，拜访章太炎，问章道：“请教先生，人生要怎样才不辜负一个我？”章答：“依我之见，哪怕是泥木石匠，当个工人、农民，只要他做的事对百姓有益处，也就不辜负一个我了。”
章太炎嫉恶如仇，凡人有不善，总是面加呵斥，不留余地。到了晚年，凡他不喜之人，绝不接见，即使见了也不多说话，嘿尔顾他，不再作灌夫骂座。他曾书曰：“少年气盛，立说好异人，由今观之，多穿凿失本意，大抵十可得五耳。假我数年，或可以无大过。”