章太炎投身革命，其师俞樾甚是反对。后章到苏州东吴大学任教，前去拜望老师，俞樾大怒，怒斥章道：“闻而游台湾，尔好隐，不事科举，好隐，则为梁鸿、韩康可也。今入异域，背父母陵墓，不孝；讼言索虏之祸毒敷诸夏，与人书指斥乘舆，不忠。不孝不忠，非人类也，小子鸣鼓而攻之可也！”章不服，对曰：“弟子以治经侍先生，今之经学，渊源在顾宁人。顾公为此，正欲使人推寻国性，识汉虏之别耳，岂以刘殷、崔浩期后生也？”遂写《谢本师》一文，表示从此与俞樾断绝师生之谊。刘禺生在《世载堂杂记》中记载：“章太炎创革命排满之说，其本师德清俞曲园先生大不为然，曰：曲园无是弟子，逐之门墙之外，永绝师生关系。太炎集中，有《谢本师》文。”
虽因政见不合，章太炎与本师闹翻，但他内心对老师依然十分尊重。章很喜月旦人物，并且少所嘉许，但终生对老师俞曲园和谭仲修二人极尊敬。曾国藩曾说俞樾只是个“闻人”，章闻之勃然大怒，驳斥道：“先生虽广涉群书，先务自有所在，与夫泛滥记诵无所归宿者固殊矣！”
金性尧曾记录章太炎对老师俞樾的维护：“有一次在西湖的某处，跟梁启超等在一起，梁氏看见前面挂的一副俞氏所撰楹联，就讥讽地说：‘喔，原来是一对鹁鸪！’章就闻而恚甚，动起武来了。”
俞樾去世后，章太炎亲撰《俞先生传》，虽不无微词，但通篇充满敬意，曰：“浙江朴学晚至……昌自先生。”章太炎自定《太炎文录初编》，并没有收录他的《谢本师》，倒收了晚年写的《俞先生传》。对此，李肖聃在《星庐笔记》中对章太炎尊师之举予以表扬。也有人据此称章太炎谢本师是为在政治上保护老师。
章太炎晚年游杭州，晨起特地穿上长衫马褂，又要学生陈存仁和章次公也同样穿戴，并命他们带着香烛水果，到“曲楼”凭吊老师俞樾的故居。到曲楼前，一位老妪前来应门，章抬腿就往里面走，老妪问他是谁，双方一语不合，老妪便举起扫帚逐客。三人无奈，只好在门口等着。大约等了两个时辰，曲楼才开门，出来一位姓陆的中年人，章太炎说明来意后，陆某告知曲楼早已易主，并让他们进楼祭拜。到春在堂前，章命陈登点起香烛，行三跪九叩之礼，对俞樾尊敬如故。陆某在旁看得呆了。章本想留下几个字，但因主人有笔无纸，章便在墙上题诗两首，黯然离去。
章太炎曾作《谢本师》一文与老师俞樾断绝关系。后来章太炎依附孙传芳，他的学生周作人亦作《谢本师》一篇，与章断绝关系。抗战中，周作人附逆，下水当了汉奸，他在北大的学生沈启无亦作《谢本师》，与他绝交。
据许广平回忆，因章太炎提倡复古，鲁迅对其很不以为然。但鲁迅提到章时，依然非常尊崇，总是称呼“太炎先生”。而对章太炎晚年的行为，也能作出公允的评价——既有批评，但不改敬意。1936年6月14日，章太炎逝世；当时也已经病重的鲁迅，于10月6日和10月17日连续写了两篇文章《关于太炎先生二三事》、《因太炎先生而想起的二三事》。两天后的10月19日，鲁迅去世。在这两篇文章中，鲁迅对太炎先生曾经给予他的积极影响表示感激，对太炎先生在革命史上的意义表示赞赏。
1933年6月18日，鲁迅在给曹聚仁的信中提到章太炎时说道：“古之师道，实在也太尊，我对此颇有反感。我以为师如荒谬，不妨叛之，但师如非罪而遭冤，却不可乘机下石，以图快敌人之意而自救。太炎先生曾教我小学，后来因为我主张白话，不敢再去见他了，后来他主张投壶，心窃非之，但当国民党要没收他的几间破屋，我实不能向当局作媚笑。以后如相见，仍当执礼甚恭（而太炎先生对于弟子，向来也绝无傲态，和蔼若朋友然），自以为师弟之道，如此已可矣。”
已经93岁高龄的姚奠中一提起乃师章太炎，立即显得肃严。姚说章太炎老师对其学生要求甚严，一丝不苟，这也为姚老以后治学授业打下良好扎实的学风基础。当谈到章太炎老师的晚年，他讲到章太炎老师在1936年6月14日上午正在讲解《尚书》时，实感胸闷，萎顿于教室之中，俄尔即仙去。此时姚已黯然泪下，哀叹嘘余，豁然起身，直至书案提笔写下：“以正己为本，以从义为怀，以博学为知，以勇决为行，以用世为归。”他接着说道：“这就是我老师章太炎先生一生的写照，也是我的座右铭。”