1869年，章太炎出生于浙江余杭的书香门第，祖父留下的藏书多达5000卷。到章太炎父亲时，因太平天国战乱，家势开始衰微，因此章父非常注重对子女的教育，冀望能够重振门楣。章父立下《家训》，要求子女们不得对清廷卑躬相事，并希望子女们精研经史。1890年，章父弥留之际，一再叮嘱家人：“吾家入清已七八世，殁皆用深衣敛，吾虽得职事官，未尝诣吏部，吾即死，不敢违家教，无加清时章服。”所谓“深衣”，就是士大夫平时闲居在家时所穿的衣服，上衣和下衣裳相连。章太炎的祖辈，入清以来已经历七八代了，但去世时从不穿戴清朝的衣服入殓，而是采“深衣敛”。
章太炎少时，受外祖父朱有虔启导。其十一二岁时，朱为其讲《东华录》，说“夷夏之防不可不严”。章问：“以前的人有谈过这种话没有？”朱答：“王船山、顾亭林已经谈过，尤其是王氏的话，真够透彻，说道‘历代亡国，无足轻重；只有南宋之亡，则衣冠文物亦与之俱亡了’。”章说：“明亡于清，反不如亡于李闯。”朱回答道：“现在不必作此说。如果李闯得了明的天下，闯虽不是好人，他的子孙却未必都是不好的人，但现在不必作此说。”
章太炎曾作《逐满歌》：
莫打鼓，莫敲锣。
听我唱这逐满歌。
如今皇帝非汉人，满洲清妖老猢狲。
辫子拖长尺八寸，猪尾摇来满地滚。
头戴红樱真狗帽，顶挂朝珠如鼠套。
他的老祖努而哈，带领兵丁到我家。
龙虎将军曾归化，却被汉人骑胯下。
后来叛逆作皇帝，天命天聪放狗屁。
他的孙子叫福临，趁着狗运坐燕京。
改元顺治号世祖，摄政亲王他叔父。
叔嫂通奸娶太后。
遍赐狗官尝喜酒。
可怜我等汉家人，却同羊猪进屠门。
扬州屠城有十日，嘉定广州都杀毕。
福建又遇康亲王，淫掠良家象宿娼。
驻防清妖更无赖，不用耕田和种菜。
菜来伸手饭张口。
南粮甲米归他有。
汉人有时欺满人，斩绞流徙任意行。
满人若把汉人欺，三次杀人方论抵。
滑头最是康熙皇，一条鞭法定钱粮。
名为永远不加赋，平余火耗仍无数。
名为永远免丁瑶，各项当差着力敲。
开科诓骗念书人，更要开捐驱富民。
人人多道做官好，礼仪廉耻忘记了。
地狱沉沉二百年，忽遇天王洪秀全；满人逃往热河边，曾国藩来做汉奸。
洪家杀尽汉家亡，依旧猢狲作帝王；我今苦口劝兄弟，要把死仇心里记。
当初清妖破南京，尔父被杀母被淫。
人人多说恨洋人，那晓满人仇更深。
兄弟你是汉家种，不杀仇人不算勇。
莫听康梁诳尔言，第一仇人在眼前。
光绪皇帝名载湉。
1904年，慈禧70大寿，章太炎写下一副对联以示讽刺，传诵一时：“今日到南苑，明日到北海，何日再到古长安？叹黎民膏血全枯，只为一人歌庆有；五十割琉球，六十割台湾，而今又割东三省，痛赤县邦圻益蹙，每逢万寿祝疆无。”
《苏报》案发生后，邹容被捕并死于狱中。章太炎做诗纪念义弟，曰：“邹容吾小弟，被发下瀛洲，快剪刀除辫，干牛肉作糇。英雄一入狱，天地亦悲秋。临命须掺手，乾坤只两头。”
1906年7月15日，出狱后的章太炎来到日本。孙中山与东京留学生为其开欢迎会，到会者两千多人，由于地方太小，许多人只能挤在屋檐下或爬在窗台上，以求一睹章太炎的风采。章在会上致辞说：“兄弟小的时候，因读蒋氏《东华录》，其中有戴名世、曾静、查嗣庭诸人的案件，便心中发愤，觉得异种乱华，是我们心里第一恨事。后来读郑所南、王船山两先生的书，全是那些保卫汉种的话，民族思想渐渐发达。”
1898年，由《时务报》夏曾佑推荐，章太炎被张之洞招入帐下。章太炎想通过“依靠汉族督抚改变现状”，欣然前往，并担任《正学报》的编辑，撰文批驳康有为的今文经学理论。但不久他便发现，张之洞的“中体西用”只是为了在清朝体制下稳健变法，而张也只是利用他与康有为等人的分歧，打压维新派时，章太炎径直离去。
章太炎主张排满，直呼满清皇帝名讳，语气十分蔑视，梁鼎芬的弟子朱强甫问章道：“你的祖宗不也有人作过清朝的官吗？”章太炎答道：“那是为强暴所污，不得以而为之！”
1899年，章太炎第一次流亡日本期间，结识孙中山。此次见面，章太炎被孙中山“当今中国不流血就不能推翻满清王朝”的议论深深打动，连连叫好，称其为“卓识”。1901年，章太炎割发明志，并撰《剪辫发说》一文，寄给孙中山，此文随后发表在《中国旬报》上。
章太炎在东吴大学讲授中文课程，但他好对学生讲民族大义，给学生出的论文是“李自成胡林翼论”，意思是灭亡了大明的李自成，也胜过苦心孤诣维护异族江山的胡林翼。
章太炎在日本发起纪念支那亡国会，清朝驻日公使蔡均得知后，大为惊恐，请东京警察部门下令解散此会。日本警察便传讯章太炎等人，章等人“如约偕行，时着华服者只太炎和陈桃痴二人。太炎长衣大袖，手摇羽扇，颇为路人所注目”。日本警察问章等人是清国何省人？章回答：“我们是支那人，非清国人。”日本警察吃惊：“你在国内什么阶层？士族还是平民？”章回答：“遗民。”警察无奈，只好让他回去了。（此处章太炎所谓“支那人”，乃是故意针对大清国的一种说法，和后来日本对我国的蔑称不是一个意思；而他自称“遗民”，则是指叛逆满清统治的大汉遗民。）
中华民国成立前，曾开会商讨国旗一事。孙中山提出用晴天白日旗，黄兴主张用井字旗，袁世凯主张用龙旗，章太炎提议用首先光复南京的江浙联军的军旗五色旗。章说：“红、黄、蓝、白、黑五色，代表我国汉、满、蒙、回、藏五个民族，寓意五族共和。”于是，五色旗成为中华民国国旗，直至民国十六年改用青天白日旗。
民国建立后，章太炎强烈感受到南京临时政府的软弱无力，他提出的种种主张和方案不被采纳。此事，他更希望尽早结束南北分裂的局面，共御外辱。最后，为了实现自己的政治抱负，权衡对比后，他将希望寄托在袁世凯身上。于是章太炎开始摇动手中的笔，为袁世凯摇旗呐喊，攻击同盟会的革命党人，骂他们是“鼠窃狗偷”的“群盗”。但当袁世凯如愿上台，并开始密谋称帝时，梁启超和章太炎等人才如梦方醒，悔之莫及。此时，章才认识到革命党人必须重新联合起来，于是主动找到孙中山、黄兴等人，开始商讨如何对付袁世凯的阴谋。
袁世凯上台后，给了章太炎一个虚职：“东三省筹边使”，并拨给他1万元费用。章踌躇满志，到吉林赴任，发表了《筹边使告东北父老书》和《筹边使四策》等文告。没想到刚到东北便受冷遇，无人迎接不说，召见吉林西南道孟宪彝和长春知府德养源，二人竟不理会。章气愤不已，找到吉林都督陈昭常说：“本使是国家堂堂官吏，他们被传不到，就是目无本使，就是目无共和国家！”陈昭常知袁的用心，并不和章计较，对章恭敬如仪，好吃好喝招待，最终将章礼送出境了事。至此，章才若有所悟，对袁颇为失望。
当孙中山、黄兴等人发动“二次革命”讨伐袁世凯的时，章太炎已经和他们分道扬镳了。在民国成立的初期，章太炎虽为革命元老，但他的意见得不到采纳，故对原先的革命同志孙中山、黄兴颇有不满，他一直站在先是同盟会、后为国民党的对立面。但出人意料的是，他对那个被造反的新军士兵从床底下拖出来的黎元洪，一直都心生好感，无论政治风云如何变换，他都鼎力支持黎，以至于有报社记者说：“章太炎先生的政见，无外乎‘总统非黎公不可’。”
章太炎在为刘成禺的《洪宪纪事诗》作序时，将袁世凯的洪宪解释为：“袁世凯以明太祖建号洪武。满清以太平军为劲敌，其主洪也。武昌倡议者黎元洪，欲用其名以厌胜之，是以建元曰洪宪。”
章太炎到唐继尧处游说唐，发现唐没有出兵诚意，而且唐治下秩序混乱，乌烟瘴气，颇为失望。于是，他在白昼手提灯笼，漫步街市，灯笼上书“大元帅府秘书章”的字样，引起围观如堵。有人问他为何，他道：“此地种鸦片，漆黑一片，不照明何以举步？”也有说法称章在门口点着红灯笼，别人问起，他答：“四海茫茫，到处黑暗。”
1920年，章太炎由最初的反对军阀割据转变为赞成军阀割据，提出“联省自治，虚置政府议”的主张。次年，黎元洪就任总统，章太炎受勋一枚，到处宣讲“联省自治”，还主张首都“南迁武汉”。
1923年9月，《华国月刊》在上海创刊，章太炎任社长，该刊宗旨为发扬“国故”，挽救“人心”。
1924年，中国国民党第一次全国代表大会召开，发表宣言，实现国共合作。在国民党右派冯自由、居正等人的怂恿下，章太炎公开发表言论，反对国共和作。章太炎说蒋介石执行的三民主义是“卖国主义、党治主义与民不聊生主义。”
1925年3月，孙中山病逝，灵柩运到南京，奉安中山陵。章太炎专程来到南京吊唁，参加奉安大典。章太炎到南京后，达官贵人们设宴为他接风洗尘。席间，有人请章题字留念。章想起沿途见闻，深感许多革命党人已腐化变质，有感而发，挥笔写下对联一副：“诸君鼠窃狗跳，斯君痛哭；此地龙盘虎踞，古之虚言。”众人见了，面面相觑。
章太炎曾作一联挽孙中山：“举国尽苏联，赤化不如陈独秀；满朝皆义子，碧云应继魏忠贤。”因为碧云寺，明天启年间由太监魏忠贤扩建，并在此建坟，准备死后葬此。魏忠贤自缢后，他的党羽葛九思于1644年随清军入京，在此建魏的衣冠冢。1925年，孙中山在京逝世后，曾在该寺的后殿停过灵柩，因而此殿后改为名为中山堂。后又在该寺金刚宝座塔下建孙中山衣冠冢。章太炎反对共产党，对国共合作不满，于是以此联骂那些尊崇孙中山的人尽是魏忠贤的义子。
1927年，章太炎被国民党上海市党部临时执委会点名称为第一号学阀，呈请国民党中央加以通缉。
1935年，国民政府代表何应钦与日本梅津美治郎签订《何梅协定》，章太炎对此丧权辱国的协定十分愤慨，当即作诗寄于友人，曰：“淮上无坚守，江心尚苟安。怜君未穷巧，更试出蓝看。”讽刺国民政府在淮河一带不设防坚守，竟把中原轻易丢掉，而仍无动于衷。