陈寅恪在清华国学院时的助手、后为清华中文系代主任浦江清说：“那时候左右分明，中间人难于立足。他（陈寅恪）不反对共产主义，但他不赞成俄国式共产主义。”这个记录，与抗战时期陈寅恪在成都燕大与学生石泉所谈极其相似，此一思想观念伴随了陈氏一生。
1948年12月，当北平解放战争打响的时候，陈雪屏等人的“抢救学人”计划也开始了，当浦江清告诉陈寅恪此事时，陈仅表示已知此事。随后胡适找到北大校长办公室不挂名的秘书邓广铭，急切地询问能否找到陈寅恪，并谓昨日南京政府来电，说今日派专机抵达南苑机场，“抢救”胡与陈寅恪等著名教授离平。邓广铭在陈寅恪大嫂（陈师曾遗孀）找到陈，把胡适的嘱托向陈复述一遍，并问是否愿意与胡氏一起离平南飞。陈寅恪颇为干脆地回答：“走。前许多天，陈雪屏曾专机来接我。他是国民党的官僚，坐的是国民党的飞机，我绝不跟他走！现在跟胡先生一起走，我心安理得。”
当晚，邓广铭到东厂胡同与陈寅恪话别，陈对邓意味深长地说了下面一段话：“其实，胡先生因政治上的关系，是非走不可的；我则原可不走。但是，听说在共产党统治区大家一律吃小米，要我也吃小米可受不了。而且，我身体多病，离开美国药也不行。所以我也得走。”
1948年12月15日清晨，胡、陈两家赶至中南海，下午从勤政殿门前换乘傅作义的坐驾，顺利穿过宣武门抵达南苑机场，乘机飞离北平，抵达南京明故宫机场。当胡、陈等人及其家眷乘坐的飞机时，王世杰、朱家骅、傅斯年、杭立武、蒋经国等前往机场迎接。乱世纷纭中，陈寅恪只在南京住了一个晚上，第二天便携家眷悄然赴上海，在俞大维弟弟俞大纲家中住了下来。一个月后，陈寅恪没有踏上赴台的船板，而是转赴广州岭南大学任教，自此，终生留在了岭南这块潮湿温热的土地上。
按美籍华人学者、“国民党的同道人”（李敖语）余英时的说法，身处岭南的陈寅恪和夫人唐筼曾为去留问题发生强烈争执，唐筼执意要走，因此只身去了香港，住在“一家无招牌的私家旅馆”，后来陈序经做工作后派人迎还。陈寅恪事后深深佩服夫人的远见，后悔自己没有及早谋身远去，《柳如是别传》就是陈氏的忏悔之作云云。但据美籍华人学者汪荣祖考证，陈和夫人并无去留争执，因而余氏的结论只能属于胡言乱语一类。