日本人占领香港后，曾送面粉给陈寅恪夫妇。当时生活物质极端缺乏，据陈哲三《陈寅恪轶事及其著作》所述，“大概有日本学者写信给军部，要他们不可麻烦陈教授，军部行文香港司令，司令派宪兵队照顾陈家，送去好多袋面粉，但宪兵往屋里搬，陈先生陈师母往外拖，就是不吃敌人的面粉。”
1941年12月8日，太平洋战争爆发，日本人占领香港，陈寅恪立即辞职闲居，日本当局持日金四十万元委任他办东方文学院，他坚决拒绝。1942年春，有人奉日方之命，专程请他到已被日军侵占的上海授课。他又一次拒命。
面对民族危亡，国民党政府腐败无能，消极抗日积极反共，陈寅恪感到痛心，而桂林某些御用文人，竟发起向蒋介石献九鼎的无聊活动，劝他参加，他作《癸未春日感赋》：“九鼎铭辞争讼德，百年粗粝总伤贫”。以示讽刺。
陈寅恪任教于清华时，学人多好去日本研究中国文化，陈愤云：“国可亡，而史不可灭。”又作诗激励学生道：“群趋东邻受国史，神州大夫羞欲死。田巴鲁仲两无成，要待诸君洗斯耻。”
新中国的发展强大，陈寅恪也为之欢欣鼓舞。当原子弹试验成功时，他激动地说：“我国有了足够的自卫的能力，便可不必依赖他人的保护伞了。”
太平洋战争爆发后，陈寅恪冒险从香港回大陆，在海上吟有“万国兵戈一叶舟，故邱归死不夷犹”的诗句。
1949年，教育部长杭立武受傅斯年之托，多次派人劝说岭南大学校长陈序经动员陈寅恪赴台湾任教，陈序经始终没有答应。杭立武退而求其次，力劝陈寅恪先到香港看看情形，并说这样可以进退有余，但陈始终没有理会。到了国民党全面溃败的紧急关头，急红了眼的杭立武竟拉着“战时内阁”财政部长徐堪匆匆赶到岭南大学，向校长陈序经摊牌，要陈氏一同前往劝说陈寅恪到香港。据说当时杭立武已到了哀求的地步，对陈序经说，如果陈寅恪答应去香港，他马上可给陈寅恪10万港币及新洋房，陈序经闻听抢白道：“你给10万，我给15万，我盖新房子给他住。”见陈序经不肯合作，杭立武只好亲自带上财政部长直奔陈宅劝说，大有即时兑现之意，陈寅恪仍不为所动。“文革”期间陈寅恪在第七次交代稿中道：“当广州尚未解放时，伪中央研究院历史语言研究所长傅斯年多次来电催往台湾。我坚决不去。至于香港，是英帝国主义殖民地。殖民地的生活是我平生所鄙视的。所以我也不去香港。愿留在国内。”