陈寅恪在日本留学，就读于东京弘文学院，此时鲁迅也在该学院就读。但陈寅恪一生留下的诗文与回忆文章，几乎看不到他与鲁迅的交往经历，倒是在鲁迅的日记中可看到“赠陈寅恪《域外小说》第一、第二集，《炭画》各一册，齐寿山《炭画》一册”等记载。据陈自己晚年透露，因为鲁迅的名气越来越大，最后以“民族魂”的大旗覆棺盖椁，继尔成为“先知先觉”和“全知全觉”的圣人，他怕言及此事被国人误认为自己像鲁迅所说的那样成为“谬托知己”的“无聊之徒”，然后“是非蜂起，既以自炫，又以卖钱，连死尸也成了他们的沽名获利之具”。
陈寅恪在北京时，与蔡锷有过往来。后来，陈寅恪受湖南省长兼督军谭延闿延聘，担任湖南交涉使署交涉股长一职，当年留日同学林伯渠任总务科长。此段经历，陈寅恪很少向外人说起，偶尔提及，也是出于总结经验教训及教学需要。
年轻时，陈寅恪在欧洲留学，当时欧洲的留学生很多，傅斯年、罗家伦、金岳霖、宗白华等。有一天晚上，陈寅恪走进柏林一家华侨开的饭馆，无意中和周恩来与曹谷冰等几人相遇，打过招呼，同在一桌吃饭。由于政见不同，彼此争论起来。周恩来颇为雄辩，曹氏等人都说不过他，于恼羞成怒中放下面包，抡拳便打，顺便把陈寅恪也抡了几拳。周恩来自感力不能敌，与陈寅恪撒腿便跑，情急之中竟误入了老板娘的房间。多亏老板娘此时正在外面张罗客人饭菜，未闹出更大的乱子。周与陈二人急忙把门关上，并用肩膀拼命抵住，任凭外面如何叫阵捶打，就是置之不理，直到曹氏等人自感无趣退走后方才出来。为此，陈寅恪曾笑着对石泉说道：“没想到他们竟把我也当作了共产党，其实我那天什么也没有讲，只听他们辩论。”此段逸闻，陈寅恪只是躺在病床上寂寞之时，当做一个笑话偶尔说起。当周恩来官至总理时，陈寅恪再也没有提起这件陈年旧事。其理与鲁迅的交往一样，怕被误认为“谬托知己”。不过当“文革”爆发，陈寅恪落难岭南之际，周恩来曾经对从广州中山大学串联进京的造反派们说过“陈寅恪教授还是善于古为今用的”等话，意在对陈给予保护。