1927年6月1日中午，因为又到了一届学生毕业的时间，所以定在这一天举行师生的告别会。姚名达负责这次集会。宴会一共有四桌，师生间不拘形迹，欢笑声洋溢在整个工字厅中。但姚名达发现，王国维所在的那一桌却寂然无声，姚名达心下微有疑惑：“不知先生之有所感而不乐欤？抑是席同学适皆不善辞令欤？”
但也有记载说，王国维在宴会中为同学们侃侃而谈蒙古杂事。王国维自从1925年接受清华教职以后，改攻西北地理和元史，两年来著作颇丰。王国维是浙江海宁人，一直以来乡音不改，别人不大好理解他的话，所以大家听得聚精会神。平时十分缄默的王国维，此时似乎兴致非凡，学生们很受感染，觉得老师正当盛年，学养深厚，治学兴趣如此之高，日后如能继续受教，定当收益良多。席间有个别学生有感时局动乱而发叹息，但并没有影响到整个聚会的氛围。
在宴会将要结束的时候，梁启超站起身来向大家致辞，历述国学研究院诸位同学所取得的优异成绩后，满意地说：“吾院苟继续努力，必成国学重镇无疑。”大家静静地听着，王国维听后也频频点头。
当梁启超发表演讲后又说：“党军已到郑州，我要赶到天津去，以后我们几时见面，就很难说了！”另外据刘大希《一代畸人王静安》记梁启超的讲话是：“刚才接到电话，张子良兵败，北京快有变化，我马上要到天津去。”梁启超说完，大家都相惊失色。王国维正好和卫聚贤坐在一张桌子上，他又想起了前几天的话题，于是问卫聚贤：“山西怎样？”卫答：“山西很好。”
清华国学研究院所举行的第二届学生毕业典礼和师生叙别会就这样结束了。散会后，王国维与诸位同学一一道别。散会后，王国维随陈寅恪到了南院的陈家，畅谈至傍晚才起身向自己的家中走去。他们此次谈了什么，不得而知，但恐怕离不开北伐以及何去何从的问题。
散会后的不久，姚名达与同学朱广福、冯国瑞同游于朗润园中。在回来的路上，朱广福忽然说道，王先生的家住在哪里，我还没有去过呢，一起去看看怎么样？到了王国维的家中时，书房中阆然无人，他们叫仆人打电话到南院，问王国维是否在陈寅恪家。回答是肯定的，而且快要回到自己的书房中了。当王国维回来后，他们三人坐在他的书房中，提了许多问题，王国维的回答照例是精炼的。时间在不知不觉中过了一个小时，王家已经将晚餐摆好了，他们起身告辞，王国维像往常一样，将他们送到院子中。
晚上，柏生与谢国桢前去王国维的住宅，向王国维询问阴阳五行的起源问题，并论到某位日本学者在研究干支时的得失。在谈话的间隙，涉及到时局，王国维立刻呈现出黯然的神色，向他们表达了避乱移居的想法。他们谁也没有想到，这是王国维最后一次和同学们的谈话了。
偏在此时，有人恶作剧地在北京《世界日报》上戏拟了一份北伐军入城之后要处理的一批人的名单，其中就赫然有王国维的名字！而竟不知是谁，将这份报纸送给王国维看过了！
蒋复璁《追念逝世五十年的王静安先生》还提到，王国维认为梁启超的消息是最为灵通的，由梁启超口中说出革命军就要到北京了，这个消息是不会错的。研究院的学生何士骥此时从城中赶来，带了北京大学沈兼士、马衡的口信，劝王国维入城，住到他们的家，北京大学的同人们可以保护他，而且特意提出要请王国维将头上的辫子剪去，研究院的学生们也大多劝王国维进城暂避，但是王国维却说：“我自有办法。”大概此时的王国维已经打定了自杀的主意。
第二天，天色微亮，王国维照常起床，潘氏夫人为他仔细梳发辫并编结起来，服侍他洗漱之后，和当时在家的三子贞明、女儿东明共进早餐。餐毕，去书房整理了一会后，一人独自出门，往研究院公事房去了。
八时许，王国维到公事房，看到研究院办公处同事侯厚培先生已在那里，这时他才发现已经批改完的学生成绩本没带，就让院里的听差去家里拿。然后，就和侯厚培商谈下学期招生的事情。谈完之后王国维请求侯借给他两元钱，候身上没有零钱，就随手给了他一张5元的钞票。王国维一向不理财，当时清华给他的薪水是每月400元，已经算是高薪阶层了，不过他领到工资之后就直接交给潘氏夫人分配使用，平时身上从不带钱，只有去买书的时候才会向夫人取用。
上午十一点多，陆侃如来找卫聚贤一同去王国维的办公室去看先生，请王国维为他题签。他们一同去了，但却没有找到王国维。他们认为王国维可能去厕所了，等了好久还不见他的回来，此时已是午饭时间，他们离开办公室去吃午饭。午饭毕，王国维的家中打电话到办公室，问王国维怎么还没有回到家中去吃饭？这时，人们才着急起来，赵万里立即问门口的人是否见到了王国维，有一个黄包车车夫说：“王先生坐车往西走了。”赵万里立刻又向西追去，卫聚贤也一同赶去。到了颐和园的门口后，颐和园的门房说：“一位老人跳湖自杀。”
赵万里和卫聚贤进去，见到王国维的尸体已经放在了湖边的亭子下。一位扫亭子的人说：“这位老人，在石船上坐了许久，吸纸烟不停，到湖边，走来走去，我扫地没有留意，听见扑通一声，不见了人。我跑到湖边，见他跳下水去，我也跳下去，抱他上来，已经死了。”
水深，不过二尺，但王国维扑下去时，是头先入了水，以致口、鼻都被泥土所塞，虽然园丁很快将王国维救了上来，但因为他不懂急救术，王国维还是窒息而亡。此时，他穿在里面的衣服还没有湿呢。
1927年6月2日（旧历五月初三），王国维自沉于颐和园的昆明湖中，学界为之震惊！
王国维的三儿子王贞明在给他的二兄高明的信中，也记述了王国维自杀的过程：“……父亲大人于前日八时至公事室，如平时无异，至九时许，忽与旁人借洋三元，但此人身无现洋，故即借一五元之纸币。后即自雇一洋车，直到颐和园，购票入内，至佛香阁排云殿下之昆明湖旁，即投水。时约离四丈处有一清道夫，见有人投水，即刻亦跳入水，即救上岸。但虽未喝水，然已无气。入水中至多一分钟，亦未喝水，因年岁关系，故无救。……及至三时，尚未见回，弟即去找，后闻一洋车夫言，乘车至颐和。弟于五时许即乘洋车亦至该园，于途中即遇早去之洋车（弟乘之洋车夫认识此车夫），上乘一巡警，弟一见此，知非佳兆。然固不出所料。巡警问弟姓名后，即领弟至内认明，复至警察局立案。此消息至校，已七时许。”
当天下午，国学研究院的同学中已经隐约有王国维失踪的消息，但没有人往别处想，只认为他可能去避难了。到了傍晚，浙江同学会欢送毕业同学，他们请了王国维，因为平时他就不大愿意参加校里的交际宴会，即使不来，也不会引起别人的任何怀疑。大宴会将散的时候，有一个人进来将曹云祥请到外面私语。过了一会儿，曹云祥返身进来，向众人宣布说：“顷闻同乡王静安先生自沉颐和园昆明湖，盖先生与清室关系甚深也。”听到这样的话，没有人不大惊失色的。柏生和吴其昌立即奔出宴会厅到四处去打探消息，途中遇到赵万里，从赵万里这里，他们证实了王国维的死讯，吴其昌不由失声恸哭。
此时，校里几乎所有的人都已经知道了王国维的死讯，校长、教务长及研究院的教授、助教诸人，率同学三十多人，坐了一辆汽车赶往颐和园察视遗体。这时已经是夜里十点左右，因为正是戒严时期，看护颐和园的警察不让他们进入，争执了许久，园警才允许校长、教职员和校警四人进到里面。王国维的遗体并没有立即被拉回清华，园警说要等法院的裁决。其他同学不得已，哭着返回了学校。
在回去的车中，研究院办公室的侯厚培对他们说：“先生今早八时即到校，命院中听差往其私第取诸君成绩稿本，且共谈下学期招生事甚久，言下，欲借洋二元，予即与以五元钞票一，即出办公室。至下午二时许，其家人遣人问先生何以未归，予即询之听差，据云：先生上午命雇洋车一辆，不知何往。车为校中挂号第三十五。于是予即至校门口问车夫辈：三十五车何往？皆云：赴颐和园，迄今未返。予即乘自行车往探。时其三世兄贞明闻该车夫云：上午十点钟许，先生命拉往颐和园，及门，给洋五毫，命在门外候。直至下午三点钟后，尚未出，门者问何故留此不去，予答云尚有一老先生在园，是以不敢去也。门者询以年貌里址，云此人现已投湖死，即引予入视，属实，并速予返校报告，而于此遇君。贞明闻讯，即乘该车驰往省视，时已打捞上岸，停鱼藻轩中。”
国学研究院的同学们来到王家，连夜帮潘氏夫人布置灵堂，并给在天津的罗振玉发了一封电报：“师今晨在颐和园自沉，乞请代奏。”这里所谓的“代奏”，即为转告在张园里的溥仪。
第二天的下午一点钟，国学研究院的全体同学都去了颐和园，入门后由园丁引至鱼藻轩，王国维的遗体仍然停在那里，上面盖了一张芦席，席角压了四块砖。众人的脸上无不呈现惨淡的神色，默然许久，才让园丁将席子掀开，再看一看王国维的遗容。当园丁将席子打开的一瞬间，人们再也控制不住自己的情绪，立刻哭声大作。这时的王国维已经死了二十多个小时了，脸呈紫胀，四肢蜷曲，匍匐于地上，其状至惨不忍睹。
此时，王国维的家属和校中的办事人员已经全部来齐，其中包括陈寅恪、吴宓、梅贻琦、梁漱溟、陈达，北京大学和马衡，燕京大学的容庚等人也来了。只是检查官迟迟未到。天气渐渐地闷热起来，布满了阴云，也听到了一阵紧似一阵的雷声，好在雨并没有下来。下午四点多，法官才领着检验人员来到现场，略作查问后，就开始对尸体进行检验，大家围在一旁。从王国维的衣袋中，找出了一封遗书，外书“西院十八号王贞明先生收启”，内容如下：“五十之年，只欠一死。经此事变，义无再辱。我死后当草草棺殓，即行藁葬于清华茔地。汝等不能南归，亦可暂移城内居住。汝兄亦不必奔丧。因道路不通，渠又不曾出门故也。书籍可托陈、吴二先生处理。穷人自有人料理，必不至于不能南归。我虽无财产分文遗汝等，然苟谨慎勤俭，亦不必至饿死也。”
这是头一天晚上，王国维事先写好放在口袋中的。念完遗嘱，校中的人员就将王国维的遗体移放在一个绷布架上，由同学们扶护着，抬至颐和园西北角门外旧内庭太监下处三间小屋中，以前清冠服入殓。当钉子叮叮当当钉死了灵柩的盖子后，王国维永远地辞别了在他的词中曾反反复复出现和咏叹着的人间。
傍晚约七八点钟，研究院同仁及学生们执着素灯，又将王国维的灵柩移到校南成府之刚果庙停灵。停放既妥，即设祭。
面对王国维的遗体，当其他人都行鞠躬礼时，陈寅恪却行旧式的跪拜礼，吴宓、研究院的同学们也纷纷效仿。
七月十七日申刻，王国维在清华园东二里七间房之原下葬。这一天，天下着雨，道路泥泞。送葬的有校长以下数十人，研究院的同学绝大部分已经离校，因此只有何士骥、姜寅清（亮夫）、王力、毕相辉、柏生等数人前去送行。
王国维的墓地在麦陇中的稍高处，圹深六七尺，宽只有三四尺，长约丈余，棺材放入穴中后，上面盖了石板，然后填土成坟——一代学术大师，永远长眠于地下了。
在接到王国维的死讯后，罗振玉代替王国维作了一道“临终遗折”，并为王国维请谥赐祭。因为按照清代的则例，二品大臣，身后进爵一品，读诔赐谥。王国维不过是食五品俸的南书房行走，即使在他身后进爵到了四品，爵也不过上大夫，是没有资格称“公”的。在民国八九年以后，爱新觉罗皇族，为了死后能得到一个谥，每天都有人往紫禁城跑，或者从遥远的地方寄来奏折。因为伸手要谥法的人太多了，有损于“朝廷”的尊严，因此做了一项规定，三品京堂以下的，不予赐谥。
溥仪后来在《我的前半生》一书中回忆道，在接到王国维的死讯，以及罗振玉所代拟的“临终奏折”后，“我看了这篇充满孤臣孽子情调的临终忠谏的文字，大受感动，和师傅们商议了一下，发了一道‘上谕’说，王国维‘孤忠耿耿，深堪恻悯’……加恩谥予忠悫，派贝子溥伒即日前往奠缀，赏给陀罗经被并洋二千元……”3个月前，康有为猝死青岛，门生们曾向溥仪申请谥号“仁忠”，但遭拒绝。可见溥仪对王国维的“殉清”相当看重。
《吴宓日记》1927年6月6日记，这一天的下午四点钟，罗振玉到了清华西院十八号王国维宅中，并邀吴宓和陈寅恪往见：“……罗先生出见，须发俱白，似极精明而长于办事者。谈王静安先生身后事，约半时许，即归。寅恪邀至其宅中晚饭。罗振玉先生坐车来回拜，略谈即去。”
1927年6月17日（旧历五月十七日），旅京同乡旧友，假座于北京下斜街全浙会馆，为王国维举行了悼念大会。坛中置王国维遗照，并陈遗嘱，王氏的亲属列于左右，四壁挂满了挽联。罗振玉专从天津赶来，赵万里等人前后奔忙。吊客中有逊清皇帝溥仪派来的使者，也前清的遗老，有新旧学者教授、官吏，有日本和欧洲的友人，可谓极一时之盛。
有一份吊客名单，尽管并不完全，但从中也可窥见王国维在学界的影响和交往：顾振权、金梁、霍晋寿、罗振玉、苏宝德、沈王桢、王滨、姚汉章、赵元任、姜寅清（亮夫）、容庚、张荫麟、周之潮、袁励准、袁行宽、冯恕、刘景福、福开森、姚云亭、董学全、费行简、郝更生、李济之、杨宗翰、庄肇一、孔昭炎、黄节、松浦嘉三郎、陈杭、陈达、贺嗣章、董济川、朱益藩、赵椿年、胡先春、郭曾、桥川时雄、陈桂荪、谭祖任、庄严、吴其昌、谢国桢、罗述韦、陆哀、衡永、载润、西田耕一、有野学、溥儒、耆龄、范兆昌、阚铎、曹经元、张维勤、沈兼士、高步瀛、朱大年、文准、周寿麟、胡维德、王式通、金兆蕃、黄立猷、杨懿、林世焘、吴道晋、关同寅、梅贻琦、陈寅恪、朱文炳、吴忠本、曹云祥、杨忠羲、彬熙、张劲先、张智扬、方贤起、钱浚、袁金铠、宝熙、世杰、谢介石、姚贵、陈汉第、戴家祥、蒋尊韦、蒋锡韩、曾克端、刘子植、马衡、杜宴、伦鸾、范迪襄、王祖纲、张鹤、廖世纶、陈任中、周作民、中岛比多吉、小平总治、徐鸿宝、冯国瑞、吴山立、周汉章、林开誉、张文祁、赵万里。
本月19日，罗振玉又在天津日租界公会堂，为王国维举行了另一次追悼会，参与者也非常之多。溥仪写道，罗振玉一面广邀中日名流、学者，在日租界日本花园里为“忠悫公”设灵公祭，宣传王国维的“完节”和“恩遇之隆，为振古所未有”。罗振玉挽王国维的联语是这样的：“至诚格天，遨数百载所无旷典；孤忠盖代，系三千年垂绝纲常。”
在这次追悼会上，罗振玉声泪俱下，令在场的遗老遗少也不觉为之动容。
同月的25日，日本友人狩野直喜、内藤虎次郎、铃木虎雄等人，在京都的袋中庵，招僧佐氏读经，为王国维开了一次追悼会。
但溥仪显然后来感觉是受了罗振玉的骗，说罗振玉“一面更在一篇祭文里宣称他相信自己将和死者‘九泉相见，谅亦匪遥’。其实那个表现着‘孤忠耿耿’的遗折，却是假的，它的编造者正是要和死者‘九泉相见’的罗振玉。”这一点，已经被人们所证实。
两年后，清华研究院同仁请陈寅恪为王国维撰写碑文。陈为王国维写下墓志铭：“先生之著述，或有时而不章；先生之学说，或有时而可商，惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀与天壤同久，共三光而永光。”