1949年，钱穆随华侨大学迁至香港，从此，钱穆就开始了孤悬海外、与家人音讯阻隔的后半生。
钱穆的素书楼庭院里，特意种植了家乡的植物：苏州紫竹。
1949年钱穆选择离开大陆，但他对于故土一直怀着深深的眷恋。钱穆80岁时，在夫人陪同下南游，写成《八十忆双亲》，缅怀父母养育、教诲之恩及兄长扶掖、帮带之情，透露出对大陆亲人的眷怀与思念。后又写《师友杂忆》一书，对他的师友交往、著作旨趣、生活道路作了全面、平实的回顾。
钱穆晚年在《八十忆双亲·师友杂忆》中还对家乡的山水记忆犹新。1914年到1915年的一年间，钱穆每周都坐船往返于无锡梅村、荡口两镇。水乡泽国的美丽景色不仅让年轻的钱穆心情激荡，还让他读书日益精进：“余坐船头上，读《史记·李斯列传》，上下千古，恍如目前。余之读书，又获深入新境，当自读此篇始。”所以，钱穆在以后的读书写作时，必选清净自然处。
40年间，钱穆与子女也只有四次相聚，分别是1980年、1981年、1984年、1988年，每次长则月余，短则一周。地点则在香港。其情景颇让人联想到监牢探视。
1980年夏，钱穆在夫人陪同下到香港与阔别三十二年之久的在大陆的三子（拙、行、逊）一女（辉）相见，欢聚一周。钱穆相当自责对子女没尽到责任，对于幼女因他的缘故受委屈，格外感到愧疚。
未料这次团圆后一年半，长子钱拙即因淋巴癌去世，钱穆回台后又面临外界质疑他是否已返回大陆探亲。
1984年，钱穆90岁，在港门人举行寿庆活动，先生得以与二子、二女及孙（松）孙女（婉约）团聚了一个月，享受天伦之乐。
1990年6月1日，钱穆先生不满当时身为立法委员的陈水扁与台北市议员周伯伦指控他霸占政府建筑物，以九十六岁高龄之身毅然搬离素书楼，却因此心情不畅，在生命最后的3个月，素书楼庭园内的树木始终萦绕在他的脑际，清晨，他总是望着窗外问夫人：“树呢？大树怎么不见了？”
眼疾缠身的钱穆，搬家时已不太能出门，也不太肯多讲话进食，记忆力明显减退，仅希望子女能在他生前来台一聚。但天不从人愿，终于在度过九十六岁的寿诞后，也就是迁出素书楼才3个月的钱穆，魂归道山。
1990年8月30日晨，台北大风雨。9时许，钱穆在台北杭州南路寓所平静地走完了生命的最后一刻，享年96岁。他没有去西方基督教所幻想的天国，也没有到佛教所希望的涅槃的彼岸，而是魂归于祖国母亲温暖的沃土中。
9月2日，远在北京的冯友兰向台北钱穆家中发唁电一封。
钱穆故去，李登辉以台湾领导人身分亲往致哀，家属订于9月26日在台北举行公祭，没想到子女亲属奔丧却又引发风波。钱穆生有三子二女，但皆在大陆。1990年9月2日，得知父亲去世的消息，次子钱行、三子钱逊，长女钱易、幼女钱辉遂申请赴台奔丧（长子钱拙于20世纪80年代患癌症去世），参加9月26日在台北举行的公祭。但由于两岸关系的原因，遭到拒绝。台湾当局甚至以“公开宣布脱离共产党”为条件要挟钱穆的胞侄钱伟长（全国人大副委员长）。无奈之下，钱氏子侄只好赶赴香港，参加9月30日在香港新亚书院举行的公祭。
钱穆死前曾有遗嘱：如果人不能回去（指回到大陆故乡），也要葬回去。为了完成钱穆魂归故里的遗愿，钱夫人胡美琦将丈夫的灵骨一直安放在台北永明寺，等待着归葬大陆。
钱穆为江苏无锡人，他逝后，骨灰被送回家乡安葬，实现了他回归故土的遗愿。
1991年两岸关系终于开始松动。1992年1月6日，胡美琦在素书楼弟子辛意云先生和邵世光小姐（曾任钱穆的秘书）的陪同下，护送灵骨由台北经香港飞上海，于傍晚到达苏州。
1月8日，在灵岩山寺做了一天安魂法会。当晚，灵骨被运到西山入室。天气时晴时雨。
1月9日，是既定的安葬日期。天从人愿，终于放晴了。葬礼于上午11时正式开始。墓中的随葬品是一包书。钱穆一生著述54部，计1700多万字，这包书是从这些著作中选出的14种。葬仪以传统家祭礼仪举行。
参加葬礼的孙辈，除了孙女婉约外，都没有见过祖父（外祖父）。胡美琦特意安排辛意云给钱氏子孙讲述钱穆的为人与学术。
至此，钱穆先生归葬于太湖西山之俞家渡石皮山。
钱穆去世后，钱夫人及二三门人搜集、整理的一千七百万言之《钱宾四先生全集》三编（甲编：思想学术，乙编：文史学术，丙编：文化论述）五十四巨册，1994年～1997年由台北联经出版公司出版。