钱穆先生一生结了三次婚。在此之前，钱穆曾有过一个未婚妻。离钱家十里外后宅镇有一个有名乡村医生姓沈，对书香世家钱家十分敬佩，主动将自己女儿许配给钱穆。钱穆在南京钟英中学的那年暑假，忽得了伤寒症，情况十分危急，一家人无计可施。沈翁听到女婿病重的消息，忙对其他病人说，“我必先至婿家”。经过他多次细心诊治，才把钱穆从死亡线上拉了回来。然而不幸的是，未婚妻不幸因病早夭，这门婚事便结束了。
1917年秋，在长兄钱声一的主持下，钱穆第一次结婚。婚后夫妇便住在素书堂东边一间老屋里。1928年，钱穆遭受了一生中最大的打击，夏秋之际，原配夫人邹氏及新生婴儿相继去世。他的长兄钱声一先生赶回家帮助料理后事，因劳伤过度，旧病突发，不幸也病逝。两月之内，连遭三丧。长兄与他感情最厚，他的名字穆便是长兄取的。长兄去世时年仅四十，遗下妻子及两子两女。长子十六岁，跟着钱穆在苏州中学读高一，即后来著名的科学家钱伟长。
连失三位亲人，对钱穆的打击也是极为重大，在《先秦诸子系年·跋》中，钱穆写道：“儿殇妻殁，兄亦继亡，百日之内，哭骨肉之痛者三焉。椎心碎骨，几无人趣。”
第一任妻子去世后，朋友金松岑到处为他张罗。金松岑曾是《孽海花》一书最先起草人，德高望众，是钱穆最敬佩的前辈和忘年交，曾先后两次为钱穆做红娘。第一次为他介绍的是他的侄女，号称东吴大学校花，两人曾通过几封信，见面后，对方坦言：钱先生做老师很合适，做丈夫却不合适。金松岑又把钱穆推荐给自己的一个女弟子，女弟子回了一信：“钱君生肖属羊，彼属虎。羊入虎口，不宜婚配。”虽然媒未做成，钱穆对金松岑还是十分感激，所以第二次结婚时，仍请他做了介绍人，算是圆了他一个红娘梦。
1929年春，钱穆与张一贯结婚，婚后有三子一女。张一贯曾在小学当过校长。婚后第二年，钱穆只身到燕大任教，等北大工作稳定后才接妻子到北平团聚。华北告急，钱穆只身随北大南迁，1939年夏钱穆回苏州侍母时，张一贯才携子女自北平回到苏州团聚。一年后钱穆又只身返校，从此辗转大后方各地。他是有名的只顾学问不顾家的人，一心治学，与家人聚少离多。钱穆1949年离开大陆后，三子一女都是由张一贯带大。
钱穆赴港后，继配张氏与诸子女皆留在大陆。钱穆独居无侣，生活维艰。由于没有人照顾，生活缺乏规律，致使经常胃病大发。
1952年4月16日，钱穆应朱家桦邀请，到台湾为“联合国同志会”演讲，活动借用淡江文理学院新落成但尚未验收的“惊声堂”举办，聚集四百余人聆听钱穆关于唐宋史的看法。演讲完毕，在答问之际，讲台前的屋顶突然掉下大水泥块，第一排的贵宾听众、活动主持人以及钱穆均遭波及，多人受伤，应邀听演说的立委柴春霖重伤当场死亡。意外发生时，钱穆头部遭到石块重击昏厥，险遭掉落的碎石活埋，众人将他从石堆中救出，送台北中心医院急救，幸而无性命危险。蒋经国、张群、何应钦等人闻讯，立即赶赴探望。身受重伤、不便行动且须治疗，钱穆只能赴台中存德巷养病四月，直到1952年八月才返港。
讲堂塌陷意外却开启钱穆的另一场人生意外，养病期间，任职台中师范学院图书馆的新亚学生胡美琦，因为与钱有师生关系，每天下午图书馆工作结束便来护侍，晚饭后离开，星期天则陪他到公园散步，并陪同钱穆到台中各地散步、旅游，也协助钱穆搜集藏书研究，随着相互了解的加深，两人渐生感情，为日后共结连理埋下种子。
胡美琦出身名门，江西南昌人，父亲是国民政府时期的江西省主席胡家凤，与钱穆本是旧识，1950年由港赴台任国策顾问；兄长胡美琼曾担任台湾省公路局长。胡美琦对历史与教育别有研究，日后曾在文化大学任教，文笔颇佳，钱穆晚年因眼疾无法专心著述，皆由胡美琦代整理付印才能顺利出版。
胡美琦曾说，两人之间并非浪漫的爱情，她因景仰钱穆人格学养，愿意委身下嫁，照料不时为胃疾困扰的钱穆。
一九五四年师范大学毕业后，胡美琦重回香港，两人经常相见。一次钱穆胃病复发，久治不愈，为了便于照顾，钱穆向她求婚，胡美琦答应了。
1956年春，62岁的钱穆与比他小35岁的胡美琦在香港结婚，两人在九龙亚皆老街更生俱乐部举行简单的婚礼，婚礼仅邀新亚同事眷属十余人参加。新婚洞房是在九龙钻石山一个贫民窟租的一套两室一厅。虽然条件简陋，钱穆却十分高兴，亲自撰写了一副对联：“劲草不为风偃去，枯桐欣有凤来仪。”
婚后钱穆与胡美琦仍暂住九龙钻石山，虽然不富裕，但生活饶富情趣，夫妇俩每天必然偕手散步。
钱穆与胡美琦缔婚，始有安定生活。胡美琦对钱穆的起居饮食也是照料得体贴入微。伉俪情深，老而弥坚，令人赞叹。乃至武侠小说家金庸在《神雕侠侣》最新修订版的后记中，专门提到了钱胡的这段“师生恋”，指出他们的结合当时曾经受到某些香港文人的批判，但是他却亲眼见到钱穆夫妇婚后幸福的生活，对他们深为敬佩。
胡美琦曾回忆她与钱穆的婚姻生活：
我们钻石山的那个家，仅有20余平米，就养了大大小小近百盆花草，摆满在窗框上柜子上书桌上茶几上阳台上。他用栽花赏花代替一部分书房运动。他永远保持着乐观心情，使家庭中朝气充沛。他喜欢接近大自然，我们在香港时，先后两个家都可以望月，可以观海。得了空闲，他喜欢自香港山顶看海上落日，看夜景，或是到九龙乡村漫游。他对于一年四季阴晴冷暖的变化，都觉得意味无穷。他喜欢饮下午茶，也喜欢围棋。但不喜欢和人对弈，他嫌那样费时伤神，所以更喜欢摆棋谱。在我觉得心情沉闷时，他常说，我来替你摆一盘棋吧。偶然也夫妻对下，他说：只有如此，胜也好，败也好，可以不伤神。
我最爱听他吹箫。我们住在九龙沙田的那一段日子，每逢有月亮的晚上，我喜欢关掉家中所有的灯，让月光照进我们整条的长廊，我盘膝坐在廊上，静听他在月光下吹箫，四周寂静，只听箫声在空中回荡，令人尘念顿消，满心舒畅。……迁到台湾后，他的牙齿全部拔光，装上了假牙就没有兴致再吹箫了。
钱穆先生晚年著述甚多，包括：《中国思想史》、《中国思想通俗讲话》、《人生十论》、《朱子新学案》、《双溪独语》、《宋代理学三书随劄》、《晚学盲言》等。钱穆先生晚年之所以还有这么多的成果，与这次婚姻有极大的关系。
钱穆弟子何泽恒说：“大凡到过素书楼的人，无不承认钱师母对宾四师的贡献。确切地说，没有师母，便没有宾四师的晚年。”
钱穆自己在写给幼女钱辉的信中也表达了对夫人襄助照料之功的感激：“我此数年来，双目失明，但还能写稿，都由你后母先誊正再改定。若非她，我此两年亦不能再写此许多稿。”73岁大病后，他更加快了写书的计划，到1971年花了7年时间完成巨著《朱子新学案》。此书是他晚年的代表作。国际汉学批评家杨联升读了该书后，赞叹不止，说钱穆治中国学术思想史，“博大精深，举世无能出其右者”。
钱穆后来完全目盲，夫人就帮他查阅旧籍，引述成语。文章写成后，又请夫人诵读，口授订正。他的最后一部著作《晚学盲言》就是这样诞生的。而钱先生晚年的最后一篇文章，是临终前三个月口授，由夫人记录整理而成的，这正印证了刚结婚时，钱穆对胡美琦所说：“不希望她是一个只懂管理家务的主妇，希望她做一个懂得他、了解他的知己。”