抗战时期，钱穆在西南联大讲授中国通史。他上课时时常结合历史与现实串讲，激励学生的爱国之情，上课时每每座无虚席。当时刚迁至西南联大不久，大家因时局失利情绪低落，在上历史课时，钱穆经常联系中国历史，充满信心地说，统一和光明是中国历史的主流，分裂和黑暗是暂时的，是中国历史的逆流，胜利一定会到来，给师生很大的鼓舞。
正值抗战最艰苦的时期，同事陈梦家建议他根据讲义，撰写一本《国史大纲》，振奋民族精神。书生报国惟有笔，钱穆当即接受建议，决定撰写一部新的《国史大纲》，为全民抗战尽自己的一份力量。他把自己关在远离昆明七十公里的宜良县岩泉寺里，每天笔耕不辍，用了一年时间才大致完成书稿，并于1940年出版。《国史大纲·引论》中指出，“惟藉过去乃可认识现在，亦惟对现实有真实之认识，乃能对现在有真实之改进。”“故欲其国民对国家有浓厚之爱情，必先须使其国民对国家已经之历史有深厚之认识。”“此种新通史，其最主要之任务，尤在将国史真态传播于国人之前，使晓然了解于我先民对于国家民族所已尽之责任，而油然生其慨想，奋发爱惜保护之挚意也。”
1935年，日本阴谋“华北自治”，10月，有感于爱国之情与民族大义，钱穆与姚从吾、顾颉刚、钱玄同、胡适、孟森等百余名大学教授发起一项抗日活动，联名反对日本干涉内政，敦促国民党政府早定抗日大计。鉴于钱穆的抗日态度和学术影响，一九四二年秋，蒋介石在成都两次召见钱穆，请他到重庆机关讲中国历史，谈宋明理学。一次蒋介石在报上看到钱穆的一篇讲话，很赏识，又打电话又是写信约他相见，钱穆以距离太远借故推脱了。后来见面时，他甚至当面劝蒋为了全体国人利益于抗战胜利后功成身退。
1944年10月，应有关部门要求，钱穆专门撰写了一篇《中国历史上青年从军先例》，号召青年从军，在青年学生中产生了积极的影响。
1950年秋，“新亚书院”在香港成立，钱穆出任院长。“新亚”之名，据钱穆所言，希望借提倡“新亚洲”，为在香港的中国人争取稍微光明的未来。钱穆之子女指出，钱穆看到生活在香港的中国人失去精神支柱，希望借由在百年殖民之地上办校，倡导中国文化，让流亡者别忘了要做中国人。
钱穆对国家和传统文化的认识是一贯的，即使到了晚年，他仍然主张国家应该统一。1986年2月，他以九十二岁高龄发表《丙寅新春看时局》一文，认为“和平统一是国家的出路”，而“历史传统和文化精神的民族性，是中国统一的基础”。
钱穆认为，中国国家的完整与持久统一性，是中国固有传统；改朝换代只是国内政府改组，而非中国人征服中国人。因此未来中国走向和平统一目标，才符合历史传统文化的民族性；不同政治意见都必须在同一个国家的框架下，由中国人来领导中国。
为了大批在香港攻读中文的中学学生升学需要，香港政府决定在主要提供英国学生就读的香港大学外，合并由美国人支持的崇基、新亚、联合三家书院，催生一所新大学。当时取名又成了创校难题，校名争议难下，有人主张“九龙大学”，也有人认为“中山大学”为佳，钱穆提议，在香港这个特殊地区，使用“中文”作为新大学名称，具有一定象征意义，并符合筹设时英文直译的背景，终将名称定案。也由于钱穆坚持国家民族立场，向英国政府极力争取，中文大学首任校长由中国人李卓敏出任。