1927年，33岁的钱穆在苏州省立中学任教。胡适应邀到苏州女子师范、苏州中学作演讲，他来苏州的目的之一就是想见钱穆，因有人介绍“莫望一见苏州中学之钱某”。当时的钱穆正致力于《先秦诸子系年》一书的写作，并发表一部分于南京某杂志，但是有两书讨论《史记·六国年表》，始终找不到。钱穆“骤见一天下名学人”，故“不觉即出口询之。适之无以对。”尴尬的胡适不作答，以“忘带刮胡子刀”“积习非此常用刀不可”为借口，欲返沪。胡适临行前，给钱穆留一上海地址，“曰，来上海，可到此相晤。若通讯，亦照此地址。”这是两人初次见面，胡适正式与钱穆说的仅有的一句话。这也是日后钱穆与胡适不谐的原因之一。钱穆在晚年对这件事亦做了自己的反思，但更多的仍是对胡适的不理解。
钱穆反对“新文化运动”，他评“新文化运动”：“凡中国固有必遭排斥”，“厚诬古人，武断已甚”，“谴责古人往事过偏过激”。对胡适本人，钱也连带批判：“当时中病实在一辈高级知识分子身上。而犹如新文化运动诸巨子，乃群据大学中当教授，即以大学为根据地大本营”，“胡适之在北京大学明白昌言，中国之有大学必确然自北京大学始。‘二十五史’所载历代国立太学皆摈不得列于大学之林。此诚无法解说者。”对自己，则庆幸：“时余已逐月看《新青年》，新思想新潮流至涌来。而余已决心重温旧书，乃不为时代潮流挟卷而去。及今思之，亦余当年一大幸运也。”“至于当时国人群慕西化，则自惭谫陋，未敢妄议。”
钱穆与胡适二人在老子生年、《说儒》等学术问题上观点迥异，时有争辩。胡适虽对钱穆的《刘向歆父子年谱》的考据谨严，十分佩服，常常对学生们做义务的宣传；但在课堂上，他对钱穆等人的关于老子和《老子》一书的时代论争，却也慷慨陈辞，奋力抨击。钱穆在讲课中，也随时联系批评胡适的一些论点，常说：“这一点胡先生又考证错了。”
一次，商务想请胡适编一本中学国文教材，胡适认为钱穆有多年中学教书经验，希望他与自己合作主编。能与胡适一起编书，是许多人梦寐以求的事，钱穆却婉言谢绝了，认为两人对中国文学观点大相径庭，一起编不合适，最好各人编一本，让读者比较阅读。胡适没想到他会拒绝，气得拂袖而去，从此两人渐行渐远。
钱穆早年对于胡适赞誉有加，认为他“介绍西洋新史学家之方法来治国故，其影响于学术前途者甚大”。但对胡适亦有批评的。他提到胡在写作时，由于匆忙而对一些问题的处理显得潦草。但他马上又说：“要之其书（胡适《中国哲学史大纲》）足以指示学者以一种明确新鲜之方法，则其功亦非细矣”。甚至在将胡适与梁启超比较时，钱穆仍然偏好胡适。他说虽然梁的著作“精美详备”，“惟其指陈途径，开辟新蹊，则似较胡氏为逊”。钱穆对东南大学柳诒征对章太炎、梁启超、胡适的批评，不以为然，认为梁、胡等的作法，有扭转风气之功。
钱穆认为胡适“世俗之名既大，世俗之事亦扰困之无穷，不愿增其困扰者，则亦远避为事”，因此两人的再见面，已是在钱穆赴北平燕大任教时。钱穆与顾颉刚为讨论老子年代问题，赴胡适家。胡适沿袭清人的一种说法，认为老子年代早到春秋晚年，略早于孔子，并在《中国哲学史大纲》中，把那个神仙化的“老子”还原为哲学化的老子。钱穆旧作《关于老子成书年代之一种考察》，认为老子晚到战国，晚于孔子，略早于韩非。胡适坚持己说，首先受到梁启超的反对，与冯友兰、顾颉刚、钱穆的意见也都相左。钱穆似乎认为胡适的观点不值一驳。
坊间有很多关于钱穆、胡适两人争论老子问题的趣闻，于幽默之中反映了两者的尖锐分歧。据说胡适在北大讲课对于老子的年代问题和钱穆的意见不和，有一次他愤然地说道：“老子又不是我的老子，我哪会有什么成见呢？”不过他的态度还是很客观的，当一位同学问他钱先生的说法和他不同，究竟哪一个对时，胡适答道：“在大学里，各位教授将各种学说介绍给大家，同学应当自己去选择，看哪一个合乎真理。”
张中行在《红楼点滴》一文也有类似的记载：“胡书早出，自然按兵不动，于是钱起兵而攻之，胡不举白旗，钱很气愤，一次相遇于教授会，钱说：‘胡先生，老子年代晚，证据确凿，你不要再坚持了。’胡答：‘钱先生，你举的证据还不能使我心服，如果能使我心服，我连我的老子也不要了。’”这次激烈的争执以一笑结束。
胡适患病住院，有人责问钱穆：“适之尊君有加。今病，访者盈户，君宁可不去？”钱穆答，“此显属两事，君并合言之，将教余何以为人。”
钱穆深感“余自入北大，即如入了一是非场中。”当时钱穆和胡适分别讲授的课程吸引了众多的学生，原因之一是他们的观点对立，钱称“大凡余在当时北大上课，几如登辩论场”。
钱穆在北平七八年，胡适仅来访过一次。而且胡适来，仅为告诉蒙文通解聘之事。当时钱穆据理反驳，胡适自知理屈，两次“语终不已”，“两人终不欢而散”。钱穆亦从中感到了一丝凉意，似亦隐含落聘之忧，他在北平购书五万余册，尝笑语友人：一旦学校解聘，可摆一书摊，不愁生活。当然他与胡适失和，也并没有影响胡适聘他任北大教授。但是一涉及到实际问题，胡适的态度就很分明。任继愈曾回忆，有一年历史系系主任陈受颐休假，有人提议系主任是否由钱先生接替。当时胡适任文学院长，说：“钱先生刚来北大时是副教授，现在已是教授了。”没有往下说，这个建议就搁浅了。到了台湾以后，胡适任中央研究院院长，在他有生之年，钱穆一直也没能评上院士。李敖曾为此抱不平：“他（指钱穆）在古典方面的朴学成就，却更该先入选成院士。”
1958年4月，胡适赴台接任中研院长，不少钱穆的学生质疑中研院院士独缺钱穆，欠缺代表性，不过双方歧见已深，门户之争的结果，钱穆还是无缘被提名。钱穆一度动意气，1966年，虽有多名资深院士主张提名钱穆，但他断然拒绝，钱穆反问，早在1948年，中研院就提名八十多名院士，他难道不该入列？虽然弟子们反复劝说，直到两年后钱穆才愿意接受提名，并随即获得全票通过。