钱穆的《师友杂忆》一书虽记述钱穆与陈寅恪交往诸多片断，但多为日常生活中之一般人情往来，如双方结交缘由、北大任教时双方任课情况、抗战中之相遇相交，以及建国前夕钱就何去何从问题访陈未果等，但真正语及陈寅恪学术的文字却很少。究其原因，大概是因为二人对于史学的研究方法的分歧导致。
1931年，钱穆到北京大学历史系任教。次年，国民政府通令中国通史为大学必修课，北大遂分聘北平史学界“治史有专精者，分门别类，于各时代中分别讲授”，钱穆也分占一席。他在课堂上明告诸生，通史有数人分讲不能“有一条线通贯而下”。“乃有人谓，通史一课固不当分别由多人担任，但求一人独任，事也非易。或由钱某任其前半部，陈寅恪任其后半部，由彼两人合任，乃庶有当。余谓，余自问一人可独任全部，不待与别人分任”。钱穆拒绝与陈寅恪分讲通史就可以看出二者对于当日研治通史问题显有很大的思想分歧。
1933年暑假，蒙文通自河南大学来北大历史系任教。不久，文学院院长胡适访钱穆，谈蒙文通上课，“学生有不懂其语者”，因而将不续聘。钱曰，“文通所任，乃魏晋南北朝及隋唐两时期之断代史。余敢言，以余所知，果文通离职，至少在三年内，当物色不到一继任人选。其他余无可言”。此番话显然表明了钱穆对陈寅恪某种引而未发的评断。因为当时研治晋至唐史的人选，陈寅恪应是首屈一指的。所以，钱穆对胡适说若蒙文通离任则聘不到继任教员，说明钱穆并不认同陈寅恪在此领域的工作。
1960年，钱穆致函时在美国求学的高足余英时，谈对其文章的意见，信的后一半论及近代学者之文章，他对章太炎、王国维、梁启超、胡适、陈垣，均是褒多于贬，但论及陈寅恪时，钱穆说：又如陈寅恪，则文不如王（王国维），冗沓而多枝节，每一篇若能删去其十之三四方可成诵，且多临深为高，故作摇曳，此大非论学文字所宜。