钱穆的故乡在江南水乡无锡的七房桥。父亲钱承沛考中秀才后，因体弱多病，无意科名，但对两个儿子却寄予厚望，希望他们能读书入仕。钱穆7岁入私塾读书，12岁时，41岁的父亲撒手尘世。孤儿寡母，家境贫困不堪。母亲却坚持不让孩子辍学，她说：“我当遵先夫遗志，为钱家保留几颗读书的种子……”于是钱穆得以继续就读。
少时，钱穆就读于无锡荡口镇果育学校。当时教体操的老师是21岁的钱伯圭，曾就读于上海南洋公学，思想激进，系当时的革命党人。他见钱穆聪敏早慧，就问他：“听说你能读《三国演义》？”钱穆作了肯定的回答。老师便借此教诲道：“此等书以后不要再读。此书一开首就有天下合久必分，分久必合，一治一乱之类的话，此乃中国历史走上了错路，故有此态。如今欧洲英、法诸国，合了便不再分，治了便不再乱。我们当向他们学习。”此番话给年仅十岁的钱穆以极大的震动，日后他在回忆此事时说：“此后读书，伯圭师言常在心中。东西方文化孰得孰失，孰优孰劣……余之一生亦被困在此一问题内。”
1907年，钱穆升入常州府中学堂。钱穆所在的四年级在年终大考前，全年级集体提议，请求校方对明年的课程作些改动，要求减去修身课，增加希腊文课等。学生公推钱穆等五人为代表与校长商谈，又以集体退学相要挟，结果均为校方拒绝。钱穆作为学生代表，性格倔强，于是拒考，填退学书，自动退学。在这次学潮的五位代表中，除钱穆外，还有两位后来成为中国近代史上的著名人物。一位是创办《国故》月刊的常州张寿昆；另一位是江阴的刘寿彭，即“五四”新文化运动时期大名鼎鼎的刘半农；还有两位分别是校长的三弟以及比钱穆低两个年级的瞿秋白。
钱穆因闹学潮退学，回到了七房桥老家。由于钱穆国文和历史的成绩为同学之最，年龄又是最小，所以，校长屠元博虽将他除名，但对钱穆依旧欣赏，于是他荐钱穆到南京钟英中学就读。
钱穆在南京钟英中学求学不久，辛亥革命爆发。学校停办，钱穆辍学了。他自知家贫，升学无望，虽“心中常有未能进入大学读书之憾，但并没有因此而意志消沉。矢志自学，闭门苦读。年十八，即辗转乡村，执教谋生。”十年乡教，十年苦读，十年求索，为他以后的学术研究奠定了深厚扎实的基础。这十年中，他在国学的研究方面成果也不少。后来，他又在朋友的介绍下，开始在无锡、苏州等地的中学教书著述，在刊物上发表了不少学术论著。
1913年，钱穆以没有上大学读书为憾，看到北京大学招生广告，曾准备报考北京大学，不知何故没有结果。但钱穆为准备考试勤读章学诚的《文史通义》和夏曾佑的《中国历史教科书》（前者为必考书目，后者为北京大学教科书），是钱穆自学的开始。他效法古人刚日诵经，柔日读史之例，定于每天清晨读经子难读之书，夜晚后读史籍，中间下午则读闲杂书。几年过去之后，已有博学之名。
钱穆读书常学习古人的治学与为人，及时反省自己。一次读曾国藩家书，曾说自己每读一书必认真从头读到尾。钱穆从此要求每本书都必须认真阅读，不遗一字，读完后再换一本。他从古人身上总结出一条行之有效的经验，便身体力行，规定自己早上读经子，晚上读史，中间读闲书，充分提高读书的效率（刚日诵经，柔日读史）。
钱穆说：“我把书都写好放在那里，将来一定有用。”钱穆一生著书立说，达一千七百万言之多。
晚清以来，随着社会历史条件的深刻变化和大规模的西学东渐，诸子之学的研究逐渐兴起。在这一背景下，钱穆从子学入手，研究先秦诸子思想及诸子事迹考辨，最终完成了中国近代学术史上的名作《先秦诸子系年》。这部著作对先秦诸子年代、行事及学术渊源，以及对战国史的研究，都作出了极大的贡献，深得学术界的好评。
钱穆虽然自学出身，却从不迷信权威。当时学术界正流行康有为《新学伪经考》的观点，顾颉刚也是康的拥护者。钱穆对康的观点十分怀疑，他没有因为顾颉刚于己有恩就放弃己见，而是力排众议撰写了《刘向歆父子年谱》，用事实证明康有为的观点是错误的。顾颉刚对此毫不介意，不仅将此文在《燕京学报》发表，还推荐他到燕京任教。钱穆称，“此等胸怀，万为余特所欣赏。”钱穆的文章影响极大，一扫刘歆编造群经说，在经学史上另辟了以史治经的新路子，对经学史研究具有划时代的贡献，其观点也逐渐为学术界普遍接受。各大学的课程原来都采用康有为的学说，这年新学年开学，开始停用康的学说，而采钱穆之学说。
钱穆撰写《国史大纲》，采取绵延的观点了解历史之流，坚持国人必对国史具有温情和敬意，以激发对本国历史文化爱惜保护之热情与挚意，阐扬民族文化史观，公推为中国通史最佳著作。
钱穆虽然是治史专家，却披阅广泛，发现学生手中有好书就借来一读。四十年代在西南联大时，见学生李埏有一本克鲁泡特金的《我的自传》，也颇有兴趣，并据此写了《道家与安那其主义》一文，发表后引起了读者极大兴趣。
1963年10月，港英政府集合崇基、联合、新亚三书院成立香港中文大学。钱穆早就打算从行政职务中摆脱出来。钱穆乃向董事会提出辞呈，未获通过，次年再度请辞，董事会建议休假一年后再卸任。16年来，在繁忙的学校行政事务之余，他出版了《中国思想史》、《宋明理学概述》、《庄老通辨》、《两汉经学今古文平议》、《孔子与春秋》、《论语新解》等著作。至此，钱穆再潜沉书斋，埋首研读。
自1964年开始，钱穆用七年时间完成巨著《朱子新学案》。此书得到哈佛资金协助。在书中，钱穆不仅深入论述了朱熹学术思想，而且花大功夫系统疏理了朱子思想资料，夹叙夹议，精微邃密。作者把朱熹放在整个中国思想史上考察，突出了朱熹在中国思想史后半期的重要历史地位，同时连带地解决了朱子卒后七百多年来学术思想史上争论不休、疑而未决的一些重要问题。《学案》是他研究理学的重要著作。国际汉学批评家杨联升读《学案》后，赞叹不置，说钱穆治中国学术思想史，“博大精深，并世无能出其右者”。
1967年10月，钱穆应蒋介石之邀，以归国学人的身份自港返台，筑素书楼于台北市士林区外双溪，1968年膺选中研院院士。晚年专致于讲学与着述，虽目力日弱仍随时提出新观点，赖夫人诵读整理出版，谦称为《晚学盲言》。
钱穆的夫人胡美琦回忆：他（钱穆）73岁大病后，身体尚未完全复原，两眼也患目疾，医生不让他过长时间看书，尤禁晚上看书，所以生活较前轻松，然而他白天仍然全日工作，这样直到他《朱子新学案》一书完成，那是他生命中一大志愿所寄。他自己说：以后我要减少工作时间了。但也仍保持着半日正常的工作；而一遇心里喜欢的题目，他又耐不住加倍地工作了。近几年来，有时他对我说这几天我真开心，写了一篇得意的文章。但文章写完，他总会有一场病。亲戚朋友都劝我要限制他的用功时间，他们关切地说，宾四写作了一辈子，过八十的人，也该休息休息了。
钱穆晚年目盲，展纸落笔，亦仅偶有叠字。赖夫人查阅旧籍，引述成语。稿成后，请夫人诵读，口授订正。他的最后一部著作《晚学盲言》就是这样诞生的。夫人对先生悉心照料，体贴入微。伉俪情浓，老而弥笃。钱穆先生晚年的最后一篇文章，是临终前三月口授，由夫人记录整理而成的，表达了他对中国文化的最终信念。他对儒家“天人合一”这一最高命题“专一玩味”并因自己最终“彻悟”而感到“快慰”。这是他的晚年定论和临终遗言。他生前多次指出：“天人合一是中国文化的最高信仰，文化与自然合一则是中国文化的终极理想。”
钱穆是完全靠自修苦读而在学术界确立地位的一个学者，其治学颇受清儒章学诚“六经皆史”思想的影响。对中国历史尤其是对中国历代思想家及其思想源流的研究和考辨，均自成一家之言。提出，先秦时期，儒、墨二家是后来诸子各派的发端，由此分源别派，旁通四达，互相中国古代文化的源流。此外，钱穆对宋明理学尤其是朱熹之学、对清代学术尤其是乾嘉学派等，都有很深的研究。
钱穆认为司马迁的《史记·孔子世家》真伪混杂，次序颠倒，后世传说亦不可轻信，遂详细考辨孔子的生平事迹，包括、生卒年月、父母、志学、初仕、设教、适齐、适卫、过匡、过宋、仕鲁、至陈、至蔡、及晚年居鲁等，以及孔子的政治活动和著述等，具有很高的学术价值。
钱穆重视探求中华民族文化的内在精华，并给予其以高度评价，他认为“我民族国家之前途，仍将于我先民文化所贻自身内部获其生机”。
在钱穆逝世一周年之际，其得意门生余英时著《钱穆与现代中国学术》一书，系统阐述乃师毕生之学问风骨、道德文章以及对于中国学术的巨大贡献，亦算是对其毕生繁华的盖棺论定。