吴宓原名吴玉衡，乳名秃子。“玉衡”为北斗七星之一。由于吴宓自小体弱，1901年，祖母大宴宾客，请吴宓的姑父、诗人陈伯澜为孙子更名，以破除不祥，增强体质。不知是否酒后糊涂，陈伯澜挥笔写下“陀曼”二字，从此，吴玉衡也就变成了吴陀曼。
“吴宓”之名是吴宓1910年报考清华学校时自己所取。当时他随手翻《康熙字典》，闭目一指，得一“宓”字，遂自称“吴宓”。1912年春，清华学校因清廷倒台，民国改制而暂时休学，吴宓转入上海圣约翰大学读书。当时，圣约翰的一些同学嘲笑吴陀曼为北方“乡下人”，他们趁吴陀曼课间外出，在黑板上写下“糊涂men”（谐音吴陀曼）几个字。从此，吴宓决定以后在发表言论的场合，使用“吴宓”，而不再用“吴陀曼”。
吴宓被同学嘲弄之事传开后，一日的国文考试课上，国文老师庞先生提出要为“吴陀曼”改名。庞先生问，“陀曼”二字是否出自“曼陀罗”？吴宓回答，是。庞先生说，“曼陀罗”语出佛典，是名词译音，指的是“红莲花”。“曼陀”二字万不可前后倒置。说罢，庞先生径自在试卷上将“吴陀曼”改成了“吴曼陀”。课堂上，吴陀曼并未否决老师的建议，点头称是。但他的名字是祖母之命，姑父所取，得到了全家人的同意，弟妹都以“曼”字排行，怎敢轻易改动？所以，在以后的岁月里，吴宓不论走到哪里，总是对人说起，他原名“吴陀曼”。
在哈佛大学读书期间，吴宓结识了陈寅恪。陈告诉吴宓，“曼陀罗华”（Mandara）本是梵文名词译音，“曼陀”二字正如“威廉”、“亨利”，决不可颠倒为“廉威”、“利亨”，所以“陀曼”一名实在不通。
吴宓字“雨僧”，世人多认为此应出自蒋捷那首沉郁感人的《虞美人·听雨》：“而今听雨僧庐下，鬓已星星也！”一句。