1912年1月8日，南京临时参议院成立，黄侃当选为参议员。同年，黄侃出任上海《民声日报》总编辑，边办报边研究小学、经史等。旅居上海时，黄侃对辛亥革命后袁世凯的篡权进行了深刻反思，认为“……革命功成，实由民气。民气发扬，端赖数千载姬汉学术典柯不绝，历代圣哲贤豪精神流注，俾人心不死，种性不亡。是以国祚屡斩而不殊，民族屡危而复振。且以已承父师之业，将欲继绝学，存国故，植邦本，固种性。故自光复后，不欲与政事。平生兴国爱族之心，一寄于文辞。欲持此为报国自请之具。”从此弃政从文，埋头国学。这是黄侃一生的转折点。
黄侃论学问之道曰：“学问之道有五：一曰不欺人；二曰不知者不道；三曰不背所本；四曰为后世负责；五曰不窃。”又云：“治学第一当恪守师承，第二当博学多闻，第三当谨于言语。”
黄侃论学术云：“学术二字应解为‘术由师授，学自己成’。”又云，“凡古今名人学术之成，皆由辛苦，鲜由天才；其成就早者，不走错路而已。”“学问最高者，语言最简。”
黄侃言初学之病有四：一曰急于求解，一曰急于著书，一曰不能阙疑，一曰不能服善。故黄侃有一句经典名言：五十之前不著书。这句话半个世纪后还在武汉大学校园内广为流传，成为他治学严谨的证明。黄侃生前，章太炎曾多次劝他著书立说，但黄终不为所动。后因早逝，故留传于世的著作不多。章太炎在黄侃的墓志铭中写道：“（黄）尤精治古韵，始从余问，后自为家法，然不肯轻著书。余数趣之，曰：‘人轻著书，妄也；子重著书，吝也。妄不智，吝不仁。’答曰：‘年五十当著纸笔矣。’今正五十，而遂以中酒死。”
黄侃论成才云：“通一经一史，文成一体，亦可以为成人矣。”
黄侃曾言，读书前“要如一字不识人”，方能读书。黄侃读书，喜欢随手圈点。他圈点时非常认真，许多书都不止圈点了一遍。如《文选》圈点数十遍，《汉书》、《新唐书》等书三遍。《清史稿》全书一百册，七百卷，他从头到尾，一卷一卷地详加圈点，绝不跳脱。因此，他把读书时只随便翻翻，点读数篇辄止者称作“杀书头”，很不以为然。关于黄侃读书之苦，许多学者津津乐道，但他并不以为苦事。有一次，黄侃与学生陆宗达闲聊，黄问陆：“一个人什么时候最高兴？”陆不知道老师此问何意，就乱猜一通，说这个最高兴，又说那个最高兴。黄侃听后，都只是摇摇头。最后，陆问老师答案是什么，黄侃笑着说：“是一本书圈点到最后一卷还剩末一篇儿的时候最高兴。”这次谈话让陆宗达终生铭记于心。
黄侃在北京大学主讲国学之际，终日潜心“国故”，常废寝忘食。一次，友人登门拜访。进门见黄一手持馒头欲吃又止，一手捧书，知其正沉溺书中，不便打扰，即静坐恭候。忽然，“啪”的一声，友人大吃一惊，原来黄读到开心处，先在桌上猛击一掌，再将馒头蘸进朱砂和墨汁盒后放入嘴里，脸上被弄成了一个大花脸。
黄侃常对人说：“学问须从困苦中来，徒恃智慧无益也。”他以为“治学如临战阵、迎敌奋攻，岂有休时！所谓扎硬寨、打死仗，乃其正途”。每读，必正襟危坐，一丝不苟，白天不管如何劳累，晚上照常坚持鸡鸣始就寝，从不因人事、贫困或疾病而改变。有时朋友来访，与之纵谈至深夜，客人走后，他仍要坐在灯下校读，读毕才就寝。民国二年（1913年），他旅居上海时，穷困特甚。除夕之夜，街里爆竹喧喧，通宵达旦，而他却兀坐室内，一灯荧然，精心研读，不知困倦，直到晚年临终前，一面吐血，一面坚持将《唐文粹补遗》圈点批校完。
黄侃临终之际，所读《唐文粹续编》尚有一卷没有批点完，他吐着血，叹息道：“我平生骂人杀书头，毋令人骂我也。”
黄侃临终前，不断吐血，医生注射安眠止血药剂，“乃稍稍入睡，昏卧喃喃若梦呓，多涉学术语”。