黄侃的父亲黄云鹄，字翔云，进士出身，曾做过四川盐茶道、成都知府，后官至四川按察使，为清二品大员和著名学者，一生著述繁多。黄父一生为官清廉，人称黄青天。黄侃系庶出，其生母周氏原是黄家女仆，后被收为副室。
黄侃之父教子甚严，规定《史记》、《汉书》必须从头背到尾。黄侃天资聪明颖慧，幼承庭训，耳濡目染。5岁之际，黄侃随父诣成都武侯祠，祠壁悬楹联甚多，他一一咸默记之。归后，乃父问其一二，他当即朗声背诵，其父惊诧不已。
黄侃7岁时，黄云鹄应江南尊经书院山长之聘，留黄侃于蓉城延师授读。因家用匮乏，黄侃奉母命寄书告父，并于书末缀一诗云：“父作盐梅令（指其父曾任四川盐茶道），家存淡泊风，调和天下计，杼轴任其空。”时黄云鹄之挚友、宜昌王鼎丞自山西布政使解职后客居江宁，读小季刚诗，诧为奇才，即以其女许之，这就是黄侃的原配王夫人。黄父见到幼儿写的家书，既激动又惭愧，遂和诗一首：“昔曾司煮海，今归食无盐；惭愧七龄子，哦诗奉父廉。”
9岁的黄侃已能读《经》，日逾千言，人呼“神童”。其父以书谕之曰：“尔负圣童之誉，须时时策励自己，古人爱惜分阴，勿谓年少，转瞬即壮志矣。”十岁时，黄侃已读完四书五经。
父亲黄侃对他的教育特别重视，把自己从四川带回来的几十箱书集中在一个屋子里，作为他读书的地方，上题“归学处”三个字。黄侃正是在这间小屋里打下了坚实的国学功底。十三岁时，父亲病逝，母承父志，仍请人在“归学处”课业，上完课时常常已是深夜，母亲仍秉烛在外面等着。此时家中偏门已锁，常常要翻山从小径绕到大门回家，辛苦之极。母亲恐他有畏难情绪，问道：“汝亦知求生之道乎？”黄侃深知母亲苦心，慨然答道：“读书而已。”
黄侃13岁丧父，因系庶（妾）出，颇受歧视。丧父之后，黄侃所受刺激甚深，立志劬学以在大家庭中立足，其锐敏勤学亦绝人。
黄侃15岁考中秀才。不久清廷废科举、兴学堂，黄考入湖北文普通中学堂为第一期学员。同学中有宋教仁等人，稍后有查光佛、郑江灏、欧阳瑞骅、董用武（必武）等。这些人后来都成为著名的革命党人。