1966年，文化大革命开始。在这场“史无前例”的灾难降临时，马一浮也难逃厄运。他被扣上“反动学术权威”的罪名，红卫兵洗劫了马一浮家，抄家者席卷而去之前，他恳求道：“留下一方砚台给我写写字，好不好？”红卫兵不答应，反而猛掴其面。
马一浮毕生收藏的古书名画被投进熊熊烈火，化成灰烬，他真是悲痛欲绝。幸亏当时负责花港保卫工作的同志及时报告省府领导，才省图书馆、博物馆人员赶到现场，从劫火中抢救出了一部分珍贵的藏书、文物、字画和手稿，得以妥善保存。
84岁高龄的马一浮被限期搬出蒋庄。那天晚上，他身穿单衣，久久地独自临湖而立，时而仰观星座，对天长叹，时而凝视湖面，低头沉思。当晚，他离开蒋庄避居安吉路一处陋屋，但还关心着屋外形势。
面对文革浩劫，马一浮写下：“语小焉能破，诗穷或易工。百年驹过隙，万事水东流。尚缓须臾死，因观毕竟空。栋桡方欲折，谁与问鸿蒙。”
当有人告诉马一浮，李叔同的学生潘天寿，在美院遭受非人待遇时，他连叹“斯文扫地，斯文扫地”，从此再不开口。精神上的折磨，再加上胃病加剧，马一浮抑郁成疾，一病不起。
1967年，马一浮胃部大出血，后诸病皆发，及至6月2日，胃病加剧，出血不止，经浙江医院抢救无效，溘然与世长辞，终年85岁。
去世前，马一浮在枕边写下最后一首诗《拟告别诸亲友》：
乘化吾安适，虚空任所之。
形神随聚散，视听总希夷。
沤灭全归海，花开正满枝。
临崖挥手罢，落日下崦嵫。