马一浮曾改名“一佛”，努力读三藏十二部经典，杭州的“文渊阁”就在西湖边，那里珍藏《四库全书》，马一浮也经常到那里去阅读，被人称为“无书不读”的人。他以儒家的“理事双融”与佛家华严宗的“四法界”相融合，提出“儒佛互摄”说，认为“圣教所兴，同依性具，但以化议异应，声句殊施”，“故六艺之言，显于此土；三藏之奥，演自彼天，法界一如，心源列二”。
马一浮发起在家居士，成立“般若学会”，广交高僧大德，相互切磋佛理，杭州各大丛林的方丈都成了他的座上客。
马一浮德高望重，许多佛教人士都有请他写传记、塔铭，如《虎跑寺五百应真造像石刻后记》、《楞严正脉科会序》、《唐高僧鉴真法师赞》、《重刻莲池大师戒杀放生文序》等。他的佛学专著《法数钩玄》，内容丰富，阐释精当，影响深远。
20世纪之初，李叔同在上海南洋公学就读，与在上海游学的马一浮相识。10余年后，李叔同来到杭州第一师范任教。由于两人都是书法名家，又喜好中西音乐的原因，李叔同常去杭州城内的延定巷，向正在那里住着的远谢时缘专研佛学的马一浮请教。李叔同从马一浮那里请了不少经书回来阅读，后来又发心开始素食，在住房里供起佛像，屋内终日青烟袅袅。李叔同跑到虎跑寺山里断食，回来后更加深研佛法，仍然跟马一浮谈佛论道。
李叔同的弟子丰子恺在《陋巷》一文中曾写过李叔同与马一浮的交往：“我的艺术科教师李先生，似乎嫌艺术的道力薄弱，过不来他的精神生活的瘾，把图画音乐的书籍用具送给我们，自己到山区去断了17天食，回来又研究佛法预备出家了。在出家前的某天，他带我到这陋巷里去访问马先生。我跟着李先生走进这陋巷的一间老屋，就看见一位身材矮胖而满面须髯的中年男子从里面走出来应接我们。我被介绍，向这位先生一鞠躬，就坐在一把椅子上听他们谈话。我其实全然听不懂他的话，只是片断地听到什么‘楞严’‘圆觉’等名词……”
马一浮得知李叔同将在七月落发后，准备九月受比丘戒的消息时，马一浮亲自介绍并陪送弘一到灵隐寺去受戒，并向弘一赠送明代藕益大师《灵峰毗尼事义集要》、清代见月律师《宝华传戒正范》两本书。弘一后来在《四分律比丘戒相表记》自序中说：“马一浮居士贻以《灵峰毗尼事义集要》、《宝华传戒正范》被玩周环，悲欣交集，因发学戒之愿焉。”可见马一浮对后来深研戒律的弘一法师的深刻影响。
1928年，弘一将撰写的《五戒相经笺要》30部寄给马一浮。马一浮以为“垂诱之切，敬谢无量，曩时奉对”。弘一曾向马一浮表示，希望得到一部《清凉疏钞》，马一浮多方打听，寻求后，立即予以奉赠。他在通信中常有“俗中忧忧不可言，伏维道体安隐，少病少恼”之语，相互间的关切心神交会。
1930年夏，弘一法师自感“手颤、眼花、神昏、臂痛不易举”，以为“皆老之相”，决定正式闭关，不再与世人往来。但他仍不忘马一浮，托夏丏尊转交石图章一包，“向马一浮致诀别之意，说今后不再通信及晤面矣。”马一浮理解弘一法师专心念佛，愿早生西方心情，连称难得。
抗战期间，马一浮在逃难途中，忽接弘一法师来信，知道弘一殉教的意志，感慨万千。他将来信抄示友人，称赞“此老为法忘身，真有古德风范，不愧为吾老友！”值弘一法师六十初度时，马一浮写诗致贺：世寿迅如朝霞，腊高不涉春秋。宝掌千年犹驻，赵州百岁能留。遍界何曾相隔，时寒珍重调柔。深入慈心三昧，红莲化尽戈矛。
李叔同与丰子恺师徒曾做《护生画集》，出版时，师徒二人都想到请马一浮写序言，马一浮在序言中提出“护生即护心”的观点。1938年2月，丰子十岂作护生画二二集时，马一浮指点说：“务望尽力发挥非战文学，为世界人道留一线生机。目睹战祸之烈，身经离乱之苦，发为文字，必益加亲切，易感动人。”
1942年，弘一法师圆寂，在中国文化界弓起极大震动，马一浮挽诗：高行头陀重，遗风艺苑思。自知心是佛，常以戒为师。三界犹星翳，全身总律仪。祗今无缝塔，可有不萌枝。
1954年1月10日，弘一法师舍利塔在虎跑寺落成，马一浮为塔身题写了“弘一大师之塔”六个篆字。并作《虎跑礼塔诗》曰：
昔年亲见披衣地，今日空余绕塔行。