马一浮认为：“国学者，六艺之学也。”这里的“六艺”是指诗、书、礼、乐、易、春秋，也就是“六经”。但马一浮更喜欢用“六艺”这一名称，因为它不仅是呆板地指六部经典，而是广义地指六类或六个部门的文化学术或教化。他认为：“此（六艺）是孔子之教，吾国二千余年来普遍承认，一切学术之原皆出于此，其余都是六艺之支流。故六艺可以该摄诸学，诸学不能该摄六艺。”
马一浮还认为，“六艺”也可统摄西来的一切学术。简而言之，“自然科学可统于易，社会科学（或人文科学）可统于春秋”，“文学艺术统于诗乐，政治法律经济统于书礼”。换一角度说，西方学术文化无非统摄于真、善、美三种价值，这也都包含于六艺之中。“诗书是至善，礼乐是至美，易春秋是至真。”总而言之，“全部人类之心灵，其所表现者不能离乎六艺也；全部人类之生活，其所演变者不能外乎六艺也”。
马一浮推崇中国文化，他说：“今人舍弃自己无上之家珍而拾人之土苴绪余以为宝，自居于下劣而奉西洋人为神圣，岂非至愚而可哀！”
马一浮反复声说：“一切道术皆统摄于六艺，而六艺实统摄于一心，即是一心之全体大用也。”又说：“天下万事万物不能外于六艺，六艺之道不能外于自心”，“六艺之本，即是吾人自心所具之义理”。因此，在文化、学术上如果“不知反求自心之义理，终无入头处”。
马一浮认为，只要“天地一日不毁，此心一日不亡，六艺之道亦一日不绝。人类如欲拔出黑暗而趋光明之途，舍此无由也”。更说：“国家生命所系，实系于文化，而文化根本则在思想。”
马一浮十分推崇《论语》一书。他认为，《论语》一书，其大义“无往而非六艺之要”。他说：“《论语》有三大问目：一问仁，一问政，一问孝。凡答问仁者，皆诗教义也；答问政者，皆书教义也；答问孝者，皆礼乐义也”。而“易为礼乐之原，言礼乐则易在其中”；“春秋为诗书之用，言诗书则春秋在其中”。又，他举出《论语》中的“朝闻道，夕死可矣”章为“明生死之故”；“子在川上曰：逝者如斯夫”章为“于迁流中见不迁，于变易中见不易”；“予欲无言”章为“显性体本寂而神用不穷”等，为“易教之大义”。“正名”则为“春秋大用”之要。
马一浮说：“六艺之旨，散在《论语》，而总在《孝经》。”因此，他也十分推崇《孝经》一书。他认为，“六艺皆为德教所作，而《孝经》实为之本；六艺皆为显性之书，而《孝经》特明其要。故曰，一言而可以该性德之全者曰仁，一言而可以该行仁之道者曰孝。此所以为六艺之根本，亦为六艺之总会也。”
马一浮认为心、思想是一切文化学术之根本，“不知反求自心之义理，终无入头处”。因此，他反复强调中国文化的根本精神即在于“发明自心之义理”，而且说：“须知教相多门，各有分齐，语其宗极，唯是一心。从上圣贤，唯有指归自己一路是真血脉。”
马一浮不仅主张破除程朱陆王的门户之见，而且主张破除儒佛、儒道、佛道，以及儒、佛、道内部的种种门户之争。他认为，“末流之争，皆与其所从出者了无干涉”。一些人所以斤斤于派别门户之争，都是由于他自己的“局而不通之过也”。他对于儒释道的融会，可说是已达到了“圆融无碍”的境地。他能“随意拈取老、庄、释典以阐扬儒家宗旨，不惟不陷于牵强附会，且能严格判别实理玄言，不致流荡而无归宿”。
马一浮的教育宗旨是“复性”。“复性”，是唐代李翱作为修养论提出的。马一浮继承了这一思想，并上升为教育的宗旨，还用“复性”来命名其创办的书院——复性书院，足见“复性”之重要。
马一浮认为要挽救儒家道德和人心，挽救国家，作为儒生只有通过研究儒术，讲述和弘扬儒术去达到。1905年底，马一浮从镇江回到杭州后，在给其舅父何稚逸先生的信中就谈了这个宏伟的誓愿：“窃惟王迹中迈，九洲云拢。群鹿竞逐，黔首愁苦。将欲雍容决策，咄嗟树义，却虎狼于西土，驱狐鼠于中原，使功高泰山，国重九鼎，斯非常之烈，魁桀之事，非介夫素士所能预……甥虽不敏，窃有志于二宗。欲为儒宗著秦汉以来学术之流派。为文宗纪羲画以降文艺之盛衰。将以汇纳众流，昭苏群惑。悬艺海之北辰，示儒术之总龟，振斯道于陵夷，继危害于将绝。体制草创，篇帙未具，并力缀辑，皓首为期。贮以铁函，藏诸石匮，亦经甘樵苏之弃，未敢希国门之悬耳。”
马一浮十分重视读书的方法，他的《读书法》是他教育思想的重要组成部分。马一浮在复性书院开讲时，专门讲了《读书法》一讲。在《读书法》中，他不仅阐发了格物致知的理学思想，还着重论述和总结了读书的方法和经验。马一浮认为，读书须先调心，也就是要定心，要集中精力。他说：“欲读书，先须调心。心气安定，自易领会。若以散心读书，博而寡要，劳而少功，必不能入。以定心读书，事半功倍。随事察识，语语销归自性。然后读得一书，自有一书之用，不是泛泛读过。”马一浮在《读书法》中，不仅谈了读书须先调心，还反复谈了读书一定要穷理、穷理要切己用力。他说：“学必资于读书，而但凭读书，实不足以为学。学有闻见之知和德性之知。闻见之知，亦有浅深、小大、邪是不同，然俱不是真知。德性之知，方是真知。”
马一浮认为，读书之道应该从四个方面去努力：一曰，通而不局；二曰，精而不杂；三曰，密而不烦；四曰，专而不固。他说：“通，则曲畅旁通而无门户之见。精，则幽徽洞彻而无肤廓之言。密，则条理谨严而无疏略之玻专，则宗趣明确而无泛滥之失。不局，不杂，知类也。不烦，不固，知要也。类者，辨其流别，博之事也。要者，综其指归，约之事也。读书之道，尽于此矣。”