1939年2月，弘一法师到永春山中蓬壶乡普济寺潜居。11月l日正是弘一法师虚岁的花甲之寿，法师在静室题联：“闭门思过，依教观心”，准备开始为期一年的闭关。而这一年，外界却正忙着为他祝寿，丰子恺的《护生画续集》完成；广洽法师请徐悲鸿为法师画半身油画像；各地的佛教刊物，均出版了法师的纪念专刊号。
1940年11月，弘一法师出关，赴南安灵应寺。南安晋江各县立小学校长与教师l0余人前来请谒。有位教师问法师，小学教员生活清苦，可否改业。法师劝告说，小学教育实为栽培人才的基础，关系于国家民族，实至关重大。小学教师目下的生活虽太清苦，但正可见其人格之高尚，当以此自勉，未可轻易转途。一席话令在座的诸人沉思良久，纷纷表示当谨从其训，克尽己职。
南安雪峰寺下院水云洞的慧田和尚请弘一法师前去看看。弘一欣然应邀。水云洞实在简陋，连法师的床都是拿两块卸下的门板来凑合的，但弘一很是喜欢，满口说好，并决定在此过年。
惠田平日散漫惯了，而弘一法师却生活严谨，每日作息极为规律。一天，惠田忘了为法师烧开水的时间，但法师并不责怪，却一定要喝生水，慧田心里很是难过。又一次，弘一法师从厨房附近捡了几个小白萝卜，告诉慧田，吃生萝卜是很补气的。慧田很是惭愧，因为这几个萝卜是他洗菜的时候，觉得太小扔掉的。他对法师说，要吃萝卜，田里有的是，说罢便要到田里去刨几个好的。法师坚持不肯，说这小的也一样好，不应该浪费。他用水把冲洗干净，放了些盐，便津津有味地吃了起来。从此惠田再也不糟蹋东西了。
次年5月，弘一法师去晋江檀林乡福林寺结夏，并寄书各地师友，暗示行将告别之意。
1942年1月，弘一法师返回福林寺度岁。他赠送给晋江乡医杜安人贵重西药l0余种。杜极为感动，他的医术很高，收费亦高，贫困者往往无力到他那里就医。与弘一法师交往后，他深受大师感召，表示今后将效仿法师慈悲之心，济世救人。
1942年2月，弘一大师应惠安县长石有纪邀请，至灵瑞山讲经，相约不迎、不送、不请斋。3月，法师回泉州，移居“温陵养老院”，停止一切活动。中秋之日，法师在温陵养老院讲《八大人觉经》和《净土法要》。他的声音较往日为弱，讲至第二日，颇感疲惫，于是退卧静养。
10月2日，弘一法师微疾，但依旧写字与晋江中学学生结缘，共写百余幅。7日下午，弘一法师嘱咐妙莲法师到室内，写下遗书：“余于未命终前、临命终时、既命终后，皆托妙莲师一人负责，他人无论何人，皆不得干预。”
10月8，弘一法师的病情家中，他再次妙莲法师后事，特别说明，火化时，带4只常用之小碗，填龛4脚，以水盛满，以免蚂蚁嗅味爬上，致焚化时损害蚂蚁生命。
10月12日黄昏，弘一大师整肃僧衣，右胁西向而卧，如狮子眠，面含微笑，一心静念佛号，妙莲等人依师遗嘱在一旁助念，七时三刻许，大师呼吸渐为短促微细，八时左右，大师安详西逝。
临终前，大师分别致函夏丏尊、刘质平，向他们告别。弘一大师致夏丐尊函曰：“丐尊居士文席：朽人已于□月□日迁化，曾赋二偈，附录于后。君子之交，其淡如水。执象而求，咫尺千里。问余何适，廓尔忘言。华枝春满，天心月圆。谨达不宣。音启。”遗书的月日，都空着，待他圆寂后，由侍疾僧补填。
遵照大师的遗嘱，在大师圆寂七天后，即1942年9月11日，下午7时，在承天寺举行火化，色身仅穿旧短裤，依律而行。火化历一小时，荼毗时，多色火焰剧烈上升。叶青眼居士记载：“举火才逾时许，众方恭敬围绕，忽尔异彩一道突从窑门燎出，炽然照耀，辟易一切，众为震动，厉声念佛，异彩须臾散去，未几已告化尽，猛捷无与伦蚍。”在一百日内，由骨灰中，拣出各色舍利一千八百粒，舍利块六百多块。舍利由妙莲法师供养。
以后，弘一法师的遗骨分别葬于泉州清源山弥陀岩和杭州虎跑定慧寺，两处皆有法师的灵塔。十年‘文革’期间被毁。