曾在中央研究院史语所工作过的著名历史学家何兹全曾作过这样一个评价：“傅先生是20世纪中国史学界、国学界大师级人物。如果用‘最好的’、‘最有创始性、突破性’作标准，20世纪前半纪史学、国学方面的学者，称得起大师级的人物的，在我看来也就是梁启超、王国维、胡适、陈寅恪、郭沫若、傅斯年、顾颉刚、陶希圣、钱穆等几个吧。”
美籍华人、哈佛大学教授、世界著名考古学家张光直，仍称赞傅斯年之《夷夏东西说》是20世纪中国学术界“最好的”、“最有创始性、突破性”、“能够使用创始性和突破性这种超级词汇来描写的”伟大的学术篇章。
胡适在北大教书的时候说，现在学生里面有人比老师学问还大，说的就是傅斯年。
胡适对傅斯年的品性和才能曾有如下一段评论，他说：“孟真（傅斯年的字）是人间最希有的天才。他的记忆力最强，理解力也最强。他能作最细密的绣花针工夫，他又有最有胆的大刀阔斧本领。他是最能做学问的学人，同时他又是最能办事，最有组织才干的天生领袖人物。他的情感是最有热力，往往带有爆炸性的；同时他又是最温柔、最富于理智、最有条理的一个可爱可亲的人。这都是人世最难得合并在一个人身上的才性，而我们的孟真确能一身兼有这些最难兼有的品性与才能。”
胡适满怀激情地称颂傅斯年：“他这样的人，无论在什么地方都能发挥其领袖才干。”“我总感觉，能够继续他的路子做学问的人，在朋友当中也有；能够继续他某一方面工作的人，在朋友中也有；但是像他这样一个到处成为道义力量的人还没有。”
罗家伦以“纵横天岸马，俊奇人中龙”来形容傅的才气与风格。罗家伦说：傅斯年是元气淋漓的人。
罗家伦在《元气淋漓的傅孟真》里写道：“孟真的号召力和攻击精神，则与伏台尔（Voltare）相似。他们都愿意为自由和开明而奋斗。对于黑暗和顽固有强大的摧毁力，而且爱打抱不平，也是相似之处。不过伏台尔不免刻薄，而孟真则坦白率真。”
傅斯年的学生刘绍鸣借用小说说起了傅先生：“傅校长，虽然我在大洋这边的美国也拿了个什么博士，但我最骄傲的，还是杜鹃花城的那个学位。”
有学者说：“台大校史上，孟真（傅斯年）先生虽非创校校长，但在常规及制度之设立上，恐无人能出其右。”
学者袁良骏教授曾写有一篇题为《不必为贤者傅斯年先生讳！》的文章，议论傅先生某些过头的事，举出了两点：“一曰提倡‘全盘欧化’，对西方文化崇拜得过了头”，“二曰对中国传统文化否定过了头”。文中举出了若干例证，也确是傅先生青年时期的一些过激言论；但袁先生并未忘记人物所处的历史氛围而做出分析说：“傅先生当时正是一名年轻气盛的大学生，有比较大的偏激情绪，并不为怪。成熟后，很多观点便修改了。”这就给历史人物一个比较公允的评论。
蒋廷黻曾经回忆说，傅斯年论政之作，篇篇都“好像集合了四千年的历史经验”。
朱宗震评价傅斯年：回顾四十年来史学创伤……与一些过眼烟云的流派相比，傅先生脚踏实地的史料学派自有其存在的价值。
曾任中央研究院院士的台大考古人类学系主任李济教授，以自己的亲身体会说：“无论是办研究所或大学，傅斯年总是像一个设计的总建筑师经营一个伟大的建筑一样，有一套完整的蓝图，并且与他的工程师充分地合作，按部就班，一段一段地完成他的计划。困难总是有的，并且常常地遭遇到很大的困难，但他总有法子度过去，他真是克难英雄中的第一把手。”
章士钊曾说傅斯年是全中国最懂弗氏理论学说的人。
赵元任极佩服傅斯年，赵元任夫妇游历欧洲时，赵元任和傅斯年最投缘。杨步伟说：“元任总和我说此人不但学问广博，而办事才干和见解也深切得很，将来必有大用，所以以后凡有机会人家想到元任的，元任总推荐他，因元任自知不如也。可惜世事变迁，不幸促其早死，今也则亡矣。”几年后，赵元任应傅斯年之邀担任史语所的语言组组长，大概也是出于对傅斯年的佩服。
程沧波评价傅斯年：“他对政治，喜欢谈论，而容易厌倦。偶然奋不顾身的一击，并不是对政治有兴趣，而是激发于士大夫的责任感。”
蒋梦麟认为傅斯年为世间少有的通才与天才，他说：“孟真之学，是通学，其才则天才，古今为学，专学易，通学难，所谓通学就是古今所说之通才。”
蒋还说：“孟真为学办事议论三件事，大之如江河滔滔，小之则不遗涓滴，真天下之奇才也。”
傅斯年为北大二年级学生时，有人评价：“傅孟真这个人才气非凡！”
劳幹说：“二十年来的历史研究，国内几个好的大学及研究机关，虽然都有他们的贡献，但孟真（傅斯年）主持的中央研究院历史语言研究所以及北京大学文科研究所，的确能做到中心地位。”
有人发出这样的感叹：“傅斯年是中国历史上最有学问、最有志气、最有血性和最有修养的伟大知识分子中的一个典范，在这个伟大知识分子几近绝迹的世界上，也许不会有人知道，我是多么深沉而热烈地怀念着他们中间的每一个人。”而有关蒋、傅之间的谈话，人们评价：“这样的君臣对话，如此之豪杰气，当今之士，且不说有过，又可曾梦想过？”