1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。时台大中文系教授黄得时仰慕傅的声名，请其写几个字作为留念。傅斯年挥毫写下了“归骨于田横之岛”短幅相赠。众人见之，顿生凄怆之感，更想不到竟一语成谶。
1950年夏天，傅斯年身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一周，但台大的事务纷乱如麻，根本无法办到。对此，随国民党赴台的朱家骅曾以十分伤感的心情回忆道：“在他（傅斯年）去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲断送在台大了。’当时我只以为他因感觉办事的辛苦，而出此苦语。不意数日之后，便成谶言。”
俞大綵回忆丈夫傅斯年去世前的一个冬夜：“一九五○年十二月十九日，他去世的前夕，是一个寒冷的冬夜，我为他在小书室中升炭盆取暖。他穿着一件厚棉袍伏案写作。我坐在对面，缝补他的衣袜。因为他次日要参加两个会议，我催他早些休息，他搁下笔抬头对我说，他正在为董作宾先生刊行的《大陆杂志》赶写文章，想急于拿到稿费，做一条棉裤。他又说：‘你不对我哭穷，我也深知你的困苦，稿费到手后，你快去买几尺粗布，一捆棉花，为我缝一条棉裤，我的腿怕冷，西装裤太薄，不足以御寒。’我一阵心酸，欲哭无泪。”
傅斯年到台大后，生活较为清苦，儿子傅仁轨在美国读书，他和时任台大英语系副教授的夫人俞大綵两个人的收入，仅能维持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一笔报刊文章的稿费，想托卫生署的官员刘瑞恒出差到香港时买一套现成的西服，但把稿费和家里的存款加起来一算，只能买一件上衣。傅斯年只好说：“幸亏我还有没破的裤子，那就只买件上衣吧。”
这天晚上，傅斯年指着壁上的书架对俞大綵说：“这些书，还有存于史语所一房间的书，我死后留给儿子。我要请董作宾先生制一颗图章，上刻孟真遗子之书几个字。”言毕，长叹一声，一反常态地对俞大綵说道：“你嫁给我这个穷书生，十余年来，没有过几天舒服的日子，而我死后，竟无半文钱留给你们母子，我对不起你们。”
后来俞大綵回忆这个夜晚时说：“我一向不迷信，难道这几句话就是他的遗言？夜深了，窗外吹起一阵寒风，室内盆中的炭已化成灰，我猛然感到一阵透骨的寒冷。”
不数日，当董作宾含泪把稿费送到傅家时，俞大綵双手捧着装钱的信封，悲痛欲绝，泣不成声。用心血换取的稿费到了，但此时的傅斯年已命归黄泉，不再需要为自己的双腿做御寒的棉裤了。