证明责任一般可以分为说服责任与提出证据责任，前者指在刑事诉讼中由主张一方提出证据说服审判者己方主张为真的责任，而后者指刑事诉讼的当事人提出证据使自己的主张成为争议点的责任。证明责任不仅是一个程序问题，它更是一个实体问题。不少国家学界都是在实体法中对证明责任进行讨论。
当前，关于证明责任分配的原则主要有以下两种。
1．犯罪构成标准
这是以犯罪构成作为证明责任分配的标准，它主要盛行于普通法系尤其是美国。普通法系的犯罪构成理论是一种双层结构，包括本体要件与辩护要件，前者包括行为和意图，后者包括各种辩护事由，如未成年、错误、精神病、醉态、胁迫、警察圈套、安乐死等。这种犯罪构成理论是一种入罪与出罪的二元对立模式，其最突出的特点就是充分利用民间司法资源对抗国家的刑罚权，发挥被告人及其辩护人的积极性，在动态中实现国家权力和个人自由的平衡。
学界普遍认为，公诉机关对于本体要件必须承担两种证明责任。首先，公诉机关必须对本体要件的每个要素提出相应的证据；其次，为了达到对被告人的定罪的目的，其证明标准还应达到超出合理怀疑的程度。对于辩护理由，普遍认为应当由被告人承担提出证据责任，他必须先行提出存在辩护理由，并提供相应的证据，如证明自己是精神病人、行为是正当防卫等。如果他不提出相应的证据而仅提出申请，法官就不会将此主张提交陪审团裁决。当然，公诉机关也可提出存在辩护理由的一些证据，在此情况下，辩护理由直接成为一个争讼要点，被告人可以不用提出任何证据，而仅是支持这种辩护理由存在即可。但是对于辩护理由的说服责任，存在较大争论。一种观点认为，被告人要提出优势证据证明这些辩护理由。另一种观点认为，一旦被告人履行了提出责任，他没有必要再承担说服责任。相反，公诉机关必须超出合理怀疑地说服司法者不存在这种辩护理由。当前，美国大部分司法区倾向于第一种立场。
2．无罪推定标准
无罪推定是刑事诉讼中的基本原则原则，其基本含义是指任何人未经法定程序并依实体法被确定有罪以前，都应当被推定为无罪。当前，许多国家都将无罪推定规定为宪法原则，许多近现代的国际公约也规定了该原则，如《欧洲人权公约》第6条第2项的规定，“直到罪责被法定证据证实前，被告将被推定无罪”。
根据无罪推定原则，控方必须承担被告人有罪的证明责任，控方应当证明被告人道德上可谴责性的所有要素。无罪推定原则反对明确区分犯罪构成要素和辩护理由，因为有些辩护理由与犯意和道德上可谴责性的关系十分密切，要求被告人承担说服责任会违反无罪推定原则。
无罪推定标准在欧洲比较普遍。比如德国，其犯罪构成由构成要件该当性、违法性和有责性三个依次递进的结构组成。控方不仅对构成要件的该当性负有提出责任和说服责任，同时如果由该当性推定成立的违法性和有责性出现疑问时，不论这种疑问的产生是因被告人的主张和举证而引起还是因控诉方提出的证据而引起，都应当由控方承担说服责任，如果控方不能排除这些疑问，法官应做出有利于被告人的判决。
无罪推定标准与犯罪构成标准的主要区别在于由谁来承担辩护理由的说服责任。如果借用普通法系的本体要素和辩护要素二分法的犯罪论体系，两种标准都认为控方必须承担本体要素的提出责任与说服责任。但是，对于辩护理由，无罪推定标准认为，辩方只要承担提出责任即可，说服辩护理由不存在的责任由控方承担，而犯罪构成标准却坚持辩方不仅要承担辩护理由的提出责任，同时还要承担辩护理由的说服责任。
英联邦国家也逐渐从犯罪构成标准走向无罪推定标准。当前，英国的做法是由控方对本体要件负有提出责任（evidential burden）和说服责任（legal burden）。对于辩护理由辩方只负有提出责任，只要提出证据证明辩护理由可能存在，比如辩方提出基于正当防卫而杀人，那么提出责任又转到控方，同时，控方必须超出合理怀疑的证明辩护理由并不存在。加拿大最高法院在1988年的Whyte 案中也指出：无罪推定原则是一个至关重要的原则，不应该将犯罪人为的区分为本体要素和辩护要素，来规避这个原则。
两种标准孰是孰非，这是一个需要审慎对待的问题。从各国的司法经验来看，两种标准都有缺陷。
首先是犯罪构成标准，它最大的困境来源于本体要件与辩护理由的界分并不清晰，导致证明责任在分配上的困惑。从表面上看，本体要件是肯定性的入罪要件，辩护理由是否定性的出罪要件，黑白之间，泾渭分明。然而，在具体操作时两者往往存在中间地带。
美国联邦最高法院两个互相冲突的判例直接反映了这种争议。
第一个案件是马拉尼诉威尔伯案（Mullaney v.Wilbur）。该案被告被控谋杀，其辩护理由是对方挑衅（provocation）。按照缅因州的法律，故意预谋非法杀害他人是谋杀，刑罚为终身监禁。而基于对方挑衅的激情杀人可按过失杀人罪处理，其刑罚最高不超过20年。根据这个法律，缅因州的法院对陪审团进行了如下指示：“如果公诉人证明了被告出于故意而非法杀人，那么就足以推定被告人存在预谋的恶意，除非被告人能够提出优势证据证明自己是在挑衅状态下实施的行为”。于是被告被判谋杀罪成立。被告旋即向缅因州最高法院上诉，认为挑衅状态可以否定预谋故意，而预谋故意是犯罪的本体要件，法院让其承担证明犯罪本体要件的责任有违正当程序条款，缅因州最高法院驳回了被告的上诉。此案后被上诉到联邦最高法院。最高法院认为，初审法院的指示在宪法上是存在问题的，根据正当程序规则，在上述案件中，公诉机关必须超出合理怀疑的证明，不存在基于挑衅而导致的激情状态。在最高法院看来，挑衅下的激情状态是否存在，这种事实是构成普通法杀人罪的前提，作为犯罪的本体要件，必须由公诉机关最终承担证明这些事实的责任。
然而，仅在马拉尼案两年后，在帕特森诉纽约案（Patterson v. New York），最高法院却认为极端情感偏差的肯定性辩护理由的证明责任必须由被告人承担。该案与马拉尼案很相似，被告被控谋杀，但其辩护理由为受到极端感情干扰。纽约州刑法对于谋杀的规定只有两个要素：其一，主观上意图导致他人死亡；其二，客观上造成了该人或第三人死亡。在初审法院，陪审团被告知，被告人必须承担证明自己处于极端感情干扰的证明责任，后被告被判有罪。被告后提出上诉，认为初审法院对陪审团关于证明责任的指示违背正当程序条款，案件最终被上诉到联邦最高法院，最高法院维持了原判。
从表面上看，这两个案件的区别在于法律规定本身的不同，在马拉尼案中，缅因州的刑法明确将“预谋”作为犯罪的实体要素，而在后案中，纽约州的刑法并未将“预谋”作为犯罪的实体要素，因此在后案中，法院将“极端情感干扰”视为辩护理由，而在前案中，法院却将其作为实体要素的扩张。
然而，有许多学者认为，上述两个案件存在明显的矛盾，不可能协调一致。事实上，最高法院在后案中之所以如此行为，一个很重要的原因是基于现实的考虑。因为如果公诉机关必须承担证明积极辩护理由不存在的证明责任，而经验事实又表明公诉机关很难履行这种证明责任，那么立法者可能干脆不规定这些辩护理由。这正如法院所说到的，“正当程序条款不能让国家置于这样的选择：或者抛弃这些辩护理由，或者为了取得有罪判决而反证辩护理由不存在。”
可见，在当前美国的证明责任理论中，其最大困境在于：只要在法律中关于某罪的定义中没有明确排除某个要素，立法者就可任意分配说服责任。比如立法者可以将谋杀简单地定义为造成他人死亡，于是让被告人承担证明他没有主观心态的辩护理由。
美国最高法院这两个无法调和的案件所集中反映的正是美国犯罪构成理论本身的不足。从表面上看，本体要件包括行为和意图，是积极方面的入罪要素，而辩护要件是消极方面的否定要素。但是，本体要件和辩护要件的界限并不清晰，比如被告人不在场，这似乎是对本体要件的否定事由，那它是本体要件，还是辩护要件？又如认识错误，这将导致犯罪故意的排除，这是本体要件，还是辩护要件，这也不无争议。因此，立法者完全有可能将本体要件贴上辩护理由的标签来任意分配证明责任。比如，立法者既可以将强奸罪中“被害人的不同意”作为本体要件，从而由公诉机关承担超出合理怀疑的说服责任，也可以将其视为辩护理由，而由辩方必须提供优势证据对此加以证明。
其次是无罪推定标准。采纳这种标准的国家，往往都有举证责任倒置的大量例外。比如英国的法定强奸罪，有关同意年龄就采取举证责任倒置，辩方必须不仅负有提出责任，还有说服责任，必须提供优势证据说服陪审团他认为女方年龄已经达到同意年龄。欧洲法院在1982年的林根斯诉奥地利案（Lengens v. Austria）中认为，举证责任倒置并不必然违背欧洲人权公约。如果综合考虑所保护的利益与被告人的权利，在合理的限度内，无罪推定原则并不排斥在法律中明确规定由被告人承担说服责任。又如1988年的撒拉巴库诉法国案（Salabiaku v. France）。被告人D携带一个绿色的名牌提包，在巴黎机场被捕，警方发现包内有毒品，被告人被控走私毒品罪，该罪最高刑是终身监禁。按照法国法律规定，如果被告人不能令人满意地向法庭说明他不知道包内的物体，在此情况下，只要在其包内发现毒品，就可推定其构成走私。欧洲法院认为法国法律中明示的举证责任倒置条款并不违背无罪推定原则。
加拿大最高法院在此问题上的判断，更是摇摆不定。在1986年的奥克斯案（Oakes）中，最高法院认为，无罪推定原则是刑事法核心价值中最重要的部分，它是保护个体生命、自由和安全不可或缺的原则。此案的焦点问题是，根据《加拿大麻醉剂控制法》规定，在贩卖毒品罪中，控方只要证明被告人拥有毒品，被告人就必须证明“他并非基于贩卖的目的拥有毒品”，也就是说，被告人不仅要承担提出责任，还要承担说服责任。最高法院认为，这种举证责任倒置的做法是违反无罪推定原则。如果被告人能够提出一个让人产生合理怀疑的证据（提出责任），但却没有达到优势证据的程度，让被告人承担不利后果是违反宪法的，除非有合理之限制。然而，何谓“合理限制”，最高法院并未说明。正是这个尾巴，导致加拿大最高法院在此问题上不断摇摆。在1988年的霍姆斯案（Holmes）中，该案被告人被控窝赃罪，按照法律规定，被告人必须承担证明有正当理由获得此赃物的说服责任。最高法院以微弱多数（3比2）认为法律的规定并不违反无罪推定原则。然而，就在此案宣判后的两个月后，在怀特案（Whyte）中，该案被告人被控危险驾驶罪。被告人当时处于酒醉状态，坐在驾驶室内，身体靠在汽车的方向盘上。车停在路边，仪表盘的灯亮着，钥匙插在引擎点火器中，但引擎并未发动。根据法律规定，控方只要证明被告人处于机动车驾驶员的座位上，就被认为操控着机动车，除非被告人可以证明他处于该位置没有发动汽车的目的。在此案件中，控方认为，“没有发动汽车之目的”并非危险驾驶罪的本体要素，因此由辩方来承担说服责任并不违反无罪推定原则。但最高法院的法官却一致认为，无罪推定原则是一个至关重要的原则，不应该将犯罪人为地区分为本体要素和辩护要素，来规避这个原则。但是，1991年的克葛斯特案（Keegstra）中，最高法院的立场又有所变化。在一个有关煽动种族仇视的案件中，最高法院认为，让被告人承担辩护理由（言论是真实的）这是对无罪推定原则的合理限制。该案主审法院迪克森认为，考虑到这种言论所造成的实际损害，无论此言论是否真实，它都已经造成实际损害，而且让被告人承担证明其言论真实性，是非常容易的。1991年的乔克案（Chaulk），最高法院认为由被告人承担证明其精神不正常的说服责任是违反无罪推定原则的。但在1994年的戴维尔特案（Daviaut）中，最高法院又认为辩方应当承担自动化、醉态、精神病这些辩护理由的说服责任。
由上观之，在各国的司法实践中，没有哪个国家采取绝对的犯罪构成标准，或者绝对的无罪推定标准。
采取犯罪构成标准的国家为了规避无罪推定原则，往往取消某罪的辩护理由。比如在法定强奸罪中，不知幼女未达同意年龄本是一种辩护理由，但有些地方干脆废除了这种辩护理由，将此罪视为严格责任，只要和幼女发生性行为就构成犯罪。再如同意原本是强奸罪的辩护理由，但有些地方却将性侵犯罪视为暴力犯罪，只要采取暴力发生性关系，即便女方同意，也可认定为性侵犯罪。这样就无须在由谁承担同意的说服责任这个问题上大费周章。因此，表面上是为了更好的保护被告人的无罪推定原则反而恶化了被告人的权利。
至于无罪推定原则，由于它经常导致控诉机关打击犯罪的窘境，因此立法机关又往往在原则外增加例外规则，对于控诉机关很难证明，而被告人比较容易证明的事项上，采取举证责任倒置，由被告人承担提出责任和说服责任。大量存在的举证责任倒置也让无罪推定原则无比尴尬。
这两种标准的争论让我们清楚地看到，没有任何一种标准是绝对完美的，任何一种理论都不可能绝对周延。这正如霍姆斯大法官在《普通法》中所说的：法官们修正法律，很少依靠抽象的逻辑推演，更多依靠对“时代需求、主流道德和政治理论的感知，和对公共政策的直觉……”。证明责任的分配说到底是一个立法者的利益权衡问题，法律如果更多地倾向于对被害人利益的保护，它就可以分配给被告人更多的证明责任，反之，则可分配较少的证明责任。既然，这两种标准都不完美，那么为什么我们不可以撇开争议，求同存异。对于“同意要素”的证明责任，如果能够寻找出这两种标准都共同认可的分配方式，那应该是一个不错的选择。
性侵犯罪是一种独特的犯罪，法律在保护被害人权益的同时也不能忽视刑事审判对被告人权利的总体保护，无论如何保护被害人权利，都不能突破“无罪推定”这个基本的宪法原则。因此，不能完全由被告人承担证明被害人同意的证明责任。从法律对性侵犯罪（强奸罪、强制猥亵侮辱妇女罪）的规定来看，不同意是构成要件本身的核心要素（1984司法解释甚至指出强奸罪必须在违背妇女意志的情况下实施的），立法者显然也分配给了检控机关相应的证明责任。上文也已分析，同意是一种构成要件本身的排除事由，而非违法阻却事由，因此它属于本体要件，而非辩护理由。《刑事诉讼法》第32条规定：“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。”收集被告人有罪无罪的各种证据，不仅是侦查、检察、审判人员的职权，也是他们的责任。因此，无论是按照犯罪构成标准，还是无罪推定标准，都应该由控方承担被害人同意与否的提出责任与说服责任。
所以，对于性侵犯罪，检控机关首先应该提供“排出合理怀疑的证据”证明下列事项：⑴性行为的发生；⑵性行为是被告人所为；⑶被害人不同意性行为。如果检控机关无法提出相应的证据或者证据未达“排除合理怀疑”的程度，则要承担败诉的责任。被告人无须主动提出证据证明被害人是同意的，更无须承担说服责任。如果检控机关提出了上述证据并达到了“排除合理怀疑”的程度，那么为了避免不利地位，被告人就必须承担提出责任，比如他可以提出被害人没有任何反抗，其证明标准只要达到“合理怀疑”即可。如果他提出了这种证据，审判人员就有义务进行调查，证明责任（提出责任和说服责任）同时再一次转移到检控机关，检控机关必须提出证据来否定被告人的主张，如检控机关必须证明被害人达到了“合理反抗的程度”、行为人的误解缺乏合理性等，当然其证明标准也必须达到“排除合理怀疑”的程度。
以最高人民法院刑事审判业务部门编写的《刑事审判参考》中登载的陈某强奸案为例，我们可以分析一下强奸案件证明责任的分配。
被告人陈某与被害人同为某银行职员。公诉机关指控：2004年11月1日中午，陈某与被害人在本单位举办的宴请活动结束后，随其余同事一道进入某酒店XX号房间收拾礼品准备离去。被害人也打电话让男友接送。陈某闻听被害人男友有事不能即刻前来之后，趁其余同事离去之机，产生与被害人发生性关系的念头，并不顾被害人的哀求与挣扎，强行剥扯其衣服，与其发生性关系。当日13时36分许，被害人男友与服务员进入XX号房间后，陈某逃离了作案现场。被害人男友征得被害人同意后报警，将陈某抓获。
一审法院认为，被告人陈某违背妇女意志，以暴力手段强奸妇女，其行为已构成强奸罪。被害人是否有激烈的反抗行为并非构罪的必要条件。虽然在本案中有多位证人证言及辩护人提供的照片、录像证明陈某与被害人在共同参与的集体活动中，相互之间曾有一些开玩笑及亲热的举动，但这与是否愿意发生性关系之间并无必然联系。案发当日，被害人与其他同事一起进入XX号房间后随即电话告知并督促其男友马上来接，说明其当时并无与陈某发生性关系的意愿。即使被害人的先行行为使陈某产生了两厢情愿的误解，但当其他同事离去、陈某欲与被害人发生性关系，遭到被害人语言拒绝、行为抗拒的情况下，仍不顾被害人的躲避及哀求，强行与其发生性关系并致性行为成功，主观上具有强奸的故意，其行为应当认定为违背了妇女意志。法院认定陈某构成强奸罪，判处有期徒刑三年。
宣判后，陈某不服，以没有对被害人实施暴力，双方系自愿发生性关系为由提出上诉。
二审法院认为原判事实不清，证据不足，发回重审。原审法院经重新审理后，作出了与原判决相同的事实认定及判决。被告人陈某再次提起上诉，请求二审法院宣告无罪。
二审法院经审理查明：诉人陈某与被害人同系某银行某分行工作人员，分属不同部门。在案发之前，两人之间在本单位组织的几次业务、外出旅游等有关活动中有过几次接触。辩护人提供的书证显示两人行为亲昵。2004年11月1日中午，上诉人和被害人以及其他同事在单位组织的“授信”活动结束以后，与客户一起在某酒店就餐。席间，上诉人陈某与被害人言行、神情亲密。有在场证人证言以及辩护人提供的书证和视听资料证实。在场证人并均证实两人当日均没有喝醉的迹象。至下午12：50时左右就餐结束。上诉人和被害人及其他几位同事即来到本单位订来用于存放礼品的某酒店XX号房间。公安机关提取的视听资料显示，两人于12：54—12：56时手挽手出入电梯。进入房间后，其他同事将多余的礼品搬出房间后先后离开。期间被害人打电话让其男友来接送，电话中并将其所在的房间号码告知了其男友（通话时间显示为13：09时）。在其他同事离去之后，房间内仅留下陈某及被害人两人。陈某即将房门关上。之后，同事周某某因忘了拿衣服，又折回XX号房间并敲门。周某某证实陈某出来开门，面部表情较为尴尬，被害人坐在床上。周说了声“对不起，打搅了”就离去。陈某随即又把房门关上。再之后，上诉人与被害人在房间内发生了性关系。期间，被害人男友到达酒店，并打酒店总机电话。因总机服务员告诉其XX号房间的电话一直是忙音，无法接人，其就到XX号房间门口按门铃并敲门，见里面没有反应，就让酒店服务员开门（开门时间为13：36时）。上诉人和被害人听到门铃声后，两人即将被子盖在身上并保持安静。被害人男友进去后，发现两人裸体躺在床上，即与上诉人争执并扭打。上诉人逃离现场。后被害人男友责问被害人并欲离开，被害人用手去拉，被害人男友用力将被害人推倒在床上后离去。后由被害人男友打“110”报案。本案遂案发。
在此案件中，公诉机关比较容易证明的是两人之间发生了性行为。但性行为是否得到女方同意就成为证明的关键。显然，女方不同意的提出责任与说服责任应当首先由公诉机关承担。公诉机关的主要证据应该是“被害人陈述”，被害人主张她是出于被迫与陈某发生关系。如果公诉机关提出此种证据，陈某保持沉默，那他可能就要承担对其不利的后果。因此，如果陈某想取得有利的结论判决，他必须提出相应的证据证明女方是同意的（提出责任），其证明标准不需要达到“优势证据”的程度，只要让人产生“合理怀疑”即可。比如陈某可以提出两人关系很亲密，曾手挽手进入电梯，女方没有喝醉，身体上没有伤痕证明她有过合理的反抗。当陈某提出了这些证据，就会产生性行为可能是在女方同意情况下发生的“合理怀疑”。此时，证明责任（提出责任和说服责任）就应转移到控方，控方必须再次组织证据并超越合理怀疑地说服法官女方进行了合理反抗或者基于合理原因无法进行反抗。显然，在此案中，控方的无法达到“超越合理怀疑”的说服责任。相反，还有大量的证据让人怀疑女方是否拒绝了性行为的发生。所以，最后二审法院撤销了一审判决，宣布陈某无罪。