领导处理员工冲突，首先必须确认哪些冲突是消极冲突，哪些冲突是非消极冲突。对于消极冲突，领导自然应该尽量使用各种手段将冲突迅速消除；但对于非消极冲突，领导需要积极地引导，以促使非消极冲突变成对组织有利的因素。
1860年，林肯当选为美国总统。有一天，有位名叫巴恩的银行家前来拜访林肯，正巧看见参议员蔡思从林肯的办公室走出来。巴恩对蔡思十分了解，于是对林肯说：“如果您要组阁，千万不要将此人选入，因为他是个自大的家伙，他甚至认为自己比您还要伟大得多。”林肯笑了：“呵呵，除了他以外，您还知道有谁认为他自己比我伟大得多的？”“不知道，”巴恩答道，“您为什么要这样问呢？”林肯说：“因为我想把他们全部选入我的内阁。”
事实上，蔡思确实是个极其自大且妒嫉心极重的家伙，他狂热地追求最高领导权，不料落败于林肯，最后，只坐了第三把交椅——财政部长。但是蔡思确实是个大能人，在财政预算与宏观调控方面很有一套。林肯一直十分器重他，并通过各种手段尽量减少与他的冲突。
后来，《纽约时报》的主编享利·雷蒙顿拜访林肯的时候，特地提醒他蔡思正在狂热地谋求总统职位。林肯以他一贯的幽默口吻对亨利说：“你不是在农村长大的吗？那你一定知道什么是马蝇了。有一次，我和我兄弟在农场里耕地。我赶马、他扶犁。偏偏那匹马很懒，老是磨洋工。但是，有一段时间它却跑得飞快，到了地头，我才发现，原来有一只很大的马蝇叮在它的身上，于是我把马蝇打落了。我的兄弟问我为什么要打掉它，我告诉他，不忍心让马被咬。我的兄弟说：哎呀，就是因为有那家伙，马才跑得那么快的呀。”
作为领导，林肯就是这样处理非消极冲突的。
对于领导来说，处理管理中的冲突并不需要太多的原则，只需要记住下面两点，所有冲突的处理都不是太难的事情。
一是要学会感激。着名成功学家安东尼指出：成功的第一步就是先存一颗感激的心，时时对自己的现状心存感激，同时也要对别人为你所做的一切怀有敬意和感激之情。如果你接受了别人的恩惠，不管是礼物、忠告或帮助，而你也够聪明的话，就应该抽出时间，向对方表达谢意。无数的事实证明，及时回报他人的善意且不嫉妒他人的成功，不仅会赢得必要而有力的支持，而且还可以避免陷入不必要的麻烦。嫉妒他人不仅难以使自己“见贤思齐”，虚心向善，而且也会影响自己的心情和外在形象，更主要的是，这会使自己失去盟友和潜在的机遇，甚至还会树立强敌——因为一般来说，被别人嫉妒的人应该不会是弱者，以“一报还一报”的心理，他也不会对你太客气。
二是一切着眼于未来。就像女孩子需要真诚地去追求一样，领导处理冲突也是需要一些耐力的。在这个意义上，宽容就是耐心，就是给第二次机会。即便有过一次背叛和冒犯，但只要不是死怨，就要以一切着眼于未来的心态，给对方改正的机会，从而有助于重新合作。事实上，这种机会往往也是给自己的，就像自己会荒唐，会短视，会无意冒犯别人一样，别人也是可以原谅的，但同样的错误只能犯一次，可以无意一次，却不可以无意二次。要学会对事不对人，在你给别人第二次机会之前，一定要告诫自己“是事错了，而不是人错了”。这样你就可以给他一个完整的机会。对于领导来说，使未来显得比现在重要，也是利于促进合作的。
对于公司领导来说，要想处理好冲突，首先必须了解公司中的刺头。这类人是引起冲突的根源，只有对他们进行充分的了解，才能够更好地解决冲突。我们可以将这些较为典型的“棘手”人物分为以下三类：
一是有背景的员工。这些员工的背景对领导来说，是一个现实的威胁。“背景”就是他的资源，可能是政府要员，可能是公司的老板，也可能是你工作中的某个具有重要意义的合作伙伴。这些背景资源不但赋予了这类员工特殊的身份，而且也为你平添了许多麻烦。这些员工在工作中常常展现他们的背景，为的是获得一些工作中的便利。即便是犯了错，某些“背景”也可能使他们免受处罚。
二是有优势的员工。这些人往往是那些具有更高学历、更强能力、更独到技艺、更丰富经验的人。正因为他们具有一些其他员工无法比拟的优势，所以能够在工作中表现不俗，其优越感也因此得到进一步的彰显。这种优越感发展到一定的程度时，直接体现为高傲、自负以及野心勃勃。他们往往不屑于和同事们做交流和沟通，独立意识很强，协作精神不足，甚至故意无条件地使唤别人以显示自己的特殊性。
三是想跳槽的员工。他们显然是一些“身在曹营心在汉”的不安分分子，这些人往往是非常现实的家伙，他们多会选择“人往高处走”。如果仅此而已，也就罢了，但偏偏有些人觉得，反正是要走的，不怕你公司拿我怎么样，就干脆摆出一副“死猪不怕开水烫”的姿态，不把公司的制度和管理规范放在眼里，工作消极，态度恶劣，甚至为了以前工作中的积怨，故意针对某些领导和同事挑起组织冲突，到最后，人虽然走了，但留下的消极影响却很长时间无法消除。
领导要区分不同的情况来对待以上三类员工，千万不能采取贸然措施将三类员工全部炒掉，以保持组织的纯洁度。因为这样的结果肯定是你得到的是一个非常听话然而却平庸无比的团队——根本无从创造更高的管理绩效。
对那些有背景的员工来说，在工作能力上，这些人不一定比其他同事强，但是，他们的心理状况一般好于他人，做人做事方面更自信，加上背景方面的优势，更能发挥出水平。对待这种人，最好的办法是若即若离，保持一定的距离。如果在工作中有上佳表现，可以适当地进行褒奖，但一定要注意尺度，否则，这些人很容易恃宠而骄，变得越来越骄横。
对于那些有优势的员工来说，他们并不畏惧更高的目标、更大的工作范畴、更有难度的任务，他们往往希望通过挑战这些来显示自己超人一等的能力以及在公司里无可替代的地位，以便为自己赢得更多的尊重。因此领导如果善于辞令、善于捕捉人心理，就可以试着找他们谈谈心、做做思想工作。如果领导并不善于辞令，那么就要注意行动。行动永远比语言更有说服力，在巧妙运用你的权力资本时，为这些高傲的家伙树立一个典范，让他们看看一个有权威的人是怎样处理问题、实现团队目标的。
对于那些想跳槽的员工，机会、权力与金钱是他们工作的主要动因。因此领导在对这些员工进行管理的过程中，要注意以下一些原则：一是不要为了留住某些人轻易做出很难实现的承诺，如果有承诺，一定要兑现，如果无法兑现，一定要给他们正面的说法。千万不要在员工面前言而无信，那样只会为将来的动荡埋下隐患；二是及时发现员工的情绪波动，特别是那些业务骨干，一定要将安抚民心的工作做在前头。
水至清无鱼，人至察无徒。这就是告诉我们，待人处事太苛薄了，结果人缘难处。作为朋友，你就不能用自己的标准去要求和衡量所有的人，不能责备别人的“另类”。如果面对下属的顶撞，领导应该如何做呢？
首先必须强调一点的是，异己的存在，可以促使你在决策时格外谨慎，力求科学严谨，以免被异己找出破绽，发现纰漏。同时他可以避免你无意识地发生错误，造成不可挽回的严重后果。可以说，下属的顶撞，就是竞争对手的存在，就是监督者的存在，他可以促使双方更加勤勉。
美国前海军司令麦锡肯去看望陆军司令马歇尔时说：“我的海军一直被公认为世界上最勇敢的部队，希望你的陆军也一样。”马歇尔不肯示弱，说：“我的陆军也是最勇敢的。”麦锡肯问他有没有办法证实一下。“有！”马歇尔满怀信心地说。他随便叫住一个士兵，命令道：“你给我过去，用身体去撞那辆开动的坦克。”“你疯了？”士兵大叫，“我才不那么傻呢！”
此时，在这种关乎自己的面子和威望的非常时刻，自己的下属公然顶撞自己，领导一般都会勃然大怒。然而，马歇尔没有这样做，他笑了笑，然后满意地对麦锡肯说：“看见了吧，只有最勇敢的士兵才会这样同将军说话。”
马歇尔把士兵公然顶撞自己的行为，视为勇敢的举动，这正是大将军的气魄与胸怀！这就是成大事者的独特认识。试想一下，假如马歇尔将军视那个士兵为异己，并且一味地去扼杀，他必定会置士兵于死地。最终，他不仅失去了一个士兵，而且损害了自己的威望，挫伤了所有士兵的勇气。