明清两代，宋元时期的理学受到了统治阶级的重视和提倡。明成祖朱棣编成了《理学大全》，清康熙帝也编成了《理性精义》刊行，以教化人民，为自己的统治利益服务。
明代的主要哲学家是王守仁(1472～1528)，即王阳明。他发展了南宋陆九渊的主观唯心主义学说，提出了“致良知”和“知行合一”的思想。王守仁的著作由他的门人编成《王文成公全书》，其中《传习录》和《大学问》是他的主要哲学著作。另一位重要哲学家是王夫之(1619～1692)，又叫王船山，生长于明清之交，在极其艰苦的流亡生活中，共写成哲学、政治、历史、文学著作一百多种，四百多卷，后编为《船山遗书》。其中重要哲学著作有《张子正蒙注》、《读四书大全说》、《周易外传》、《尚书引义》、《老子衍》、《庄子通》、《思问录》等。他继承和弘扬了我国二千多年来的唯物主义传统，对各种唯心主义和神学理论进行了深入的、有力的批判，成为明清之际最主要的唯物主义思想家和时代思潮的哲学代表。他的哲学达到了我国古代朴素唯物主义的最高峰。还有著名的黄宗羲(1610～1695)和他的《明夷待访录》，揭露了君主封建专制的毒害，表现了民主主义的思想。顾炎武(1613～1682)和他的《日知录》，宣传了“天下兴亡，匹夫有责”的爱国主义思想，和治学方面的“经世致用”，提倡实事求是，踏实钻研的学风。
《日知录》书影
明清史学也取得了很大成就，除了官修的《元史》、《明史》、《大明一统志》以及“续三通”、“清三通”以外，私人著作也颇为兴盛，如章学诚的《湖北通志》、《常德府志》、《和州志》、《永清县志》等地方志名志。同时章学诚又著《文史通义》，对史学提出了自己的创见。学术史名著有黄宗羲的《明儒学案》，黄宗羲、全祖望的《宋元学案》等。学术史的编纂是明清学者在史学上的重大贡献。随着乾嘉时期考据学的盛行，在写作上也有反映。钱大昕(1728～1804)的《廿二史考异》，赵翼(1727～1814)的《廿二史札记》，王鸣盛(1722～1797)的《十七史商榷》是三部考史名著。
清代考据学的对象以经书为主，故在文字、音韵、名物、训诂和校勘、辑佚等方面颇有成就。如阎若璩(1636～1704)著《古文尚书疏证》，戴震(1723～1777)的《孟子字义疏证》、《声韵考》、《声类表》，段玉裁(1735～1815)的《说文解字注》，王引之(1766～1834)的《经义述闻》等，都具有极高的学术价值。
明清两代在文学上表现得最为辉煌的是小说和戏剧，涌现了大批杰出的作家和不朽的名著。
《水浒传》是元末明初的施耐庵的杰出创作。作为一部描写农民起义的小说，它真实地描写了皇权专制社会农民起义发生、发展的全过程。书中创造的人物栩栩如生，有高度的思想性和艺术性，深受广大人民群众的喜爱，历数百年而不衰。
《三国演义》是一部为群众喜闻乐见的小说，明代罗贯中著。书中以三国时期魏、蜀、吴之间错综复杂的军事和政治斗争为题材，创造了许多杰出的政治家、军事家、外交家的形象，是我国第一部讲史小说。
明代后期随着城市经济的发展，出现了许多反映市民生活的小说、戏曲。这时期著名的小说有《西游记》、《金瓶梅》、《东周列国志》、《封神演义》、《杨家将》、《英烈传》和所谓的“三言”、“二拍”，即《喻世明言》、《警世通言》、《醒世恒言》、《初刻拍案惊奇》、《二刻拍案惊奇》等话本小说，代表了明代小说的辉煌成就。以徐渭《四声猿》为代表的杂剧和以汤显祖“四梦”即《邯郸记》、《南柯记》、《紫钗记》和《还魂记》(又名《牡丹亭》)为代表的传奇剧目是我国戏剧史上的重要篇章。
清代的短篇小说有蒲松龄(1640～1715)的《聊斋志异》，以妖狐鬼怪的故事，揭露了社会的黑暗，发泄了他愤世嫉俗的感情。
长篇小说《红楼梦》是乾隆时期杰出的现实主义文学家曹雪芹的不朽著作。它以一个皇亲贵族家庭的盛衰和青年男女的爱情故事，反映了社会各阶层的生活和当时社会的全貌。它的思想内容和艺术造诣达到了我国古典现实主义文学的高峰。另外，继《红楼梦》以后的《儒林外史》和《镜花缘》都是重要的现实主义文学作品。
清代戏剧也颇有成就，有著名的洪升(1645～1704)的《长生殿》和孔尚任(1648～1718)的《桃花扇》。
明清时期的科技著作在我国科学发展史上具有十分重要的地位。著名的有：
李时珍像
《本草纲目》是明代著名的药物学家李时珍(1518～1593)所著。书中对前人鉴定的一千五百十八种药物，重新作了精密审查，又增添了三百七十四种新药；并且对药物进行了科学分类，将药物名称、形态、性质、功能和制作方法都作了详细解释，并绘制成图。它在世界药物学和植物分类学方面作出了重要贡献。
《农政全书》是徐光启(1562～1633)所著的一部杰出的农业科学著作，是我国古代五大农书之一。
《天工开物》是科学家宋应星(1587～？)编写的，记录了明代中叶以后农业、手工业生产技术状况，是我国为数不多的科学史专著。
《徐霞客游记》是徐弘祖(1587～1641)所著，是我国一部地理学专著，记录了作者二十一年中考察十六省尤其是云、贵、川、广等地理状况的成果，具有十分重要的学术价值。
清代初期康熙帝组织撰写了《数理精蕴》，介绍1685年以后传入中国的西洋数学。梅文鼎(1633～1721)的《古今历法通考》，对回历、西洋历作了许多研究。乾隆时官修的《医宗金鉴》是一部集我国医学大成，介绍中医临床经验的名著。
明清两代出现了许多翻译过来的西方的书，除了宣传西方基督教义的《圣教实录》以外，还有大量西方科学著作的翻译书籍，如明代有《几何原本》、《泰西水法》、《万国舆图》、《人体图说》等。清代前期则有《矿物探原》、《狮子说》、《天文会进》、《坤舆图说》、《眼科解剖》等。
明清时期还编著了不少大部头的丛书和工具书。这些书的编修是我国学术史上的大事，对我国文化学术的发展，具有十分重要的意义。
《永乐大典》是明代官修的类书，是明成祖永乐元年(1403)下令解缙主修的一部大型类书。永乐三年(1405)姚广孝、解缙等组织两千多人重新编修，至永乐六年(1408)完成。这部书辑录古书原文照抄，依《洪武正韵》的一百零六个韵目，整部整篇或整段编次。全书共二万二千八百七十七卷，另外目录六十卷，装订成一万一千零九十五册，约三亿七千万字。据不完全统计，辑入的图书包括经、史、子、集、释藏、道经、北剧、南戏、平话、工技、农艺、医学等七八千种。由于卷帙过多而未能刊印，到明嘉靖末年重录一副本。后来陆续散失，特别是近代史上英法联军和八国联军入侵中国，几经洗劫，几乎丧失殆尽。解放后经多方搜集，国内仅存二百十七册，加上国外征集部分复制本，共得七百九十五卷，现珍藏于国家图书馆。
《古今图书集成》书影
《古今图书集成》是我国继《永乐大典》以后清代官修的又一部类书。初时康熙帝命陈梦雷编纂，名叫《汇编》，成书后未刊印。雍正时又命蒋廷锡等重新增订。全书一万卷，目录四十卷，分六汇编，三十二典，六千一百九十部，还附有许多精美的插图。它所辑录的材料也往往是原书整部、整篇或整段地录入，故保存了不少古籍。雍正四年(1726)第一次以铜活字排印。《古今图书集成》是我国现存类书中规模最大、用处最广、体例也最完善的一部。国外称为《康熙百科全书》，居世界百科全书之冠。
《四库全书》是我国最大的一部丛书，是清代乾隆年间编辑的。全书共收录书三千五百七十八种，七万九千三百三十七卷，包括经、史、子、集四大部类。该书的来源有六条渠道：一是敕撰本，自清初至乾隆钦命编纂的，计一百四十七种；二是内府本，自康熙以来宫廷收藏的，计存书三百二十六部，存目三百六十七部；三是从《永乐大典》中辑出的各书，计存书三百八十五种，存目百余种；四是由各省搜求缴进的采进本，计一万二千一百五十四种；五是私人进献本；六是社会上流行的通行本。经过审阅、整理、删改，收入《全书》。《四库全书》当时没有刻本，只有写本。最初只写了四套，分藏于故宫文渊阁、圆明园文源阁、盛京(沈阳)文溯阁、热河避暑山庄文津阁。后又抄三份藏于扬州大观堂文汇阁、镇江金山寺文宗阁、杭州圣因寺文澜阁，即所谓的北四阁和江南三阁。“全书”之外又撰了《四库全书总目提要》(即《四库全书总目》)，由纪昀等编，共二百卷，其著录的书收入《四库全书》中的有三千四百六十一种，七万九千三百零九卷；存目的有六千七百九十三种，九万三千五百五十卷。后又删存目和提要，编为《四库全书简明目录》。这两部目录，在我国目录学史上也是很有影响的。