明代的藏书工作较之过去是较为逊色的，政府对图书只重视收藏，不重视保管，更少有校书活动。特别是到了明代后期更为明显。
早在灭元之初，明太祖朱元璋就命令部队注意收集散于各地的图书。灭元以后，将集于大都的宋、金、元三朝旧藏，尽载南京，建立文渊阁、大本堂收藏。洪武三年(1370)三月，明承袭元秘书监制度，使主管内府书籍，初步奠定了明政府藏书体系。明成祖即位后，常到便殿阅览图书，发现国家书库中古籍不全时，便命令选派熟悉典籍的官员，到各地购求典籍，并指示他们，凡遇好书，可高价收购。因此，从民间收集了许多图书。成祖永乐六年(1408)《永乐大典》编成，贮于文渊阁。永乐十九年(1421)随都迁到北京。明仁宗以后，皇帝藏馆续有扩建，有广寒殿、清暑殿、琼花岛、通集库、皇史宬等用以藏书。到宣宗时，秘阁藏书达二万余部，近百万卷。正统年间，杨士奇整理、编成《文渊阁书目》，计当时文渊阁藏书达四万三千二百册。
《永乐大典》书页
但以后由于不注重保管，更没有整理，有些图书往往被馆阁官员借没；藏书损失、虫蛀、霉烂也无人过问，以至藏书散失严重。因此，到万历年间张萱等编《内阁藏书目录》，对照《文渊阁书目》“十无二三”，所增加的仅是当时文集、地志，而其他唐宋时代的，基本上已没有，损失惨重。
明代私人藏书非常兴盛。据叶昌炽《藏书纪事诗》和吴晗《江浙藏书家考略》统计，明代知名藏书家达四百二十七人。明私家藏书首推明室诸藩，如晋庄王、宁献王等都在藩府积累藏书，数量都在万卷以上。除了藩王外，大量的是官僚、重臣，以至士大夫阶层和乡村地主豪绅都有私家藏书。如明初宋濂(1310～1381)藏书数万卷。嘉靖以后，由于社会经济进一步繁荣，出现了私人藏书楼。
嘉靖年间建于宁波的“天一阁”，是明兵部右侍郎范钦的藏书楼。他购置了浙江丰氏“万卷楼”的藏书，广泛购抄，罗致海内奇书，注意当时各地出版的地方志和明代文献，藏书达七万卷以上，成为浙东第一藏书家。
明万历以后，各地私家藏书更为普遍。最为著名的有毛晋的汲古阁和祁承的澹生堂。
汲古阁是明末毛晋(1599～1659)的藏书楼，位于江苏常熟。毛晋是乡村地主，嗜好图书，遇有好书不惜重金购买。他收书达八万四千多册，构筑汲古阁和目耕楼收藏。毛晋还影钞宋版书，世称“毛钞本”，还曾刻《十三经》、《十七史》等并编成《津逮秘书》等。毛晋的藏书还对外开放，允许别人借阅，当时看书人颇多。
澹生堂是山阴(浙江绍兴)祁承㸁的藏书楼。祁承㸁是明万历进士，历任大官，喜好收藏图书，亲手抄录古今图书千卷之多。澹生堂最终积累了八万卷之多，为防止图书散失，祁承与儿孙亲自编目、插架。他认为聚书是为了读书，他说：“世有勤于聚而俭于读者，即所聚天下书，尤之聚也。”他的这种观点是很有见地的。
另外，还有一些有名的藏书楼，有赵琦美的“脉空馆”，胡应麟的“二酉山房”，何良俊的“消森阁”等。
明代私人藏书楼的发展，促进了我国目录学的进步，出现了一批质量很高的书目。例如黄虞稷的《千顷堂书目》，著录图书万卷，按经、史、子、集编排，其所收图书以自己所见、所藏的明代著作为主。在每类明代著作之后，附录《宋史·艺文志》未载的和辽、金、元三代的图书。各书除卷数外，还有作者的简历介绍，是一部查考明代著作的工具书。又如晁瑮的《晁氏宝文堂书目》在子杂、乐府二门中所收的元、明话本、小说、杂剧、传奇等著作之多，为明代书目所仅见，其著录图书，常于书名下注明版刻，由此又可考见明代版本的源流。
清王朝建国以后，为了维护其统治秩序，除了在政治上、军事上残酷镇压汉族人民的反抗外，在思想文化上采取更为严密的控制，大兴文字狱，大肆屠戮知识分子，强化和巩固集权专制统治。与此同时，提倡封建理学，举博学鸿儒，网罗明代遗臣，纂辑各种图籍，以加强思想控制。清政府除了接受原明代的国家藏书外，还不断下令征集图书。当时收藏政府文献的有“内阁”、“翰林院”、“国子监”、“皇史宬”等处。康熙二十五年(1686)下令各省征集图书。乾隆三十七年(1772)确定编修《四库全书》时，更进一步下诏大肆搜罗。《四库全书》于乾隆五十二年(1787)编成，抄成复本，分藏七处，即所谓“四库七阁”。
清代前期私人藏书家比历代都多，承前明遗风，各地藏书家颇不乏人，特别是明末江南各地。据叶昌炽的《藏书纪事诗》中不完全统计，清代有四百九十七人。著名的有钱谦益、钱曾、朱彝尊、曹溶、阮元、孙星衍、黄丕烈、孙庆增、卢文弨、鲍廷博等。通过他们对图书的搜藏，客观上起到了保存文献的作用。
同时，清代私人藏书家普遍重视利用藏书进行学术研究，特别是在有关图书校勘、目录、版本、藏书管理等领域作出了很大贡献。明末清初的常熟人钱曾(1629～1701)筑有“述古堂”、“也是园”藏书，嗜好宋代版本，总结出以版本的行款、刀法和纸墨的颜色等鉴别印本年代的规律，再从祖本、翻刻或原版、修版来确定版本的价值。他的《读书敏求记》的提要，是我国第一部版本目录。乾隆年间的卢文的卢文弨是清代最有名的校勘学家。他以家藏图书，亲手校勘，精审无误。他的校勘成果，后来刻成《群书拾补》一书。他所校的《荀子》、《逸周书》成为后代校勘的范本。苏州人黄丕烈的“百宋一廛”是最负盛名的宋版藏书楼。作为版本学家，他将其版本鉴别记录汇成《士礼居藏书题跋记》及续编多种，又刊印《士礼居丛书》，故受到了文化学术界的重视。
在我国目录学史上的另外一个重要人物是清代章学诚(1738～1801)。章学诚是嘉庆年间著名的史学家，他曾写过不少书。而《史籍考》、《校雠通义》反映了他的目录学见解。《史籍考》已佚。在《校雠通义》中，他提出了目录学“辨章学术，考镜源流”的任务。他总结了我国历代目录著录内容和方法的经验，特别是在“互见”、“别裁”、“索引”等方面发展了目录著录方法。他对目录学的贡献是巨大的。