魏晋南北朝时期，是我国目录学发展的一个十分重要的阶段。在这个时期不仅有了综合性藏书目录，还有了专业性藏书目录。
如前所述，荀勖的《中经新簿》是反映西晋藏书的综合性总书目，他的著录方法是只登录书名、卷数、作者，并加以简要说明。在简要说明中，他未像刘向父子那样对图书内容加以叙述和评论，但是记载了图书的存亡情况，这种目录对后代考查、辨伪是十分重要的。特别是对我们这样一个历史悠久、典籍丰富的文明古国是非常有用的。
在魏晋南北朝时期，也出现了私人编制的目录。最著名的私人编目是南朝刘宋王俭的《七志》和梁朝阮孝绪的《七录》。《七志》改刘歆《七略》六分法为七分法，即将各类中的图谱集中在一起构成第七类图谱。它开创了我国私人编目活动。阮孝绪则是梁朝的“处士”，他在过去目录的基础上编制了《七录》。《七录》分内外两篇：内篇有经典、纪传、子兵、文集、术技；外篇有仙道、佛法。共收书6188种，44521卷。这个目录现已佚亡，只能从《广弘明集·七录序》及其他记载中了解一二。阮孝绪编制目录时很穷，住在寺庙里。他对“遗文隐记，颇好搜集”，使天下遗书和以前未见之书能在他的《七录》中看到。他的艰苦卓绝的奋斗精神甚为感人。以致有一个叫刘杳的人得知阮孝绪在整理目录，便主动把自己收集的材料送给了他。
这时编的专业书目，主要是佛经和道藏总目。魏晋南北朝时期，佛经译著大量问世。在此情况下，东晋孝武帝宁康二年(公元374年)，高僧道安编制了中国第一部通录古今的佛经分类总录——《综理众经目录》，简称《安录》。道安之前的佛经目录，只列经名，不著录名类与年代。这个目录则根据当时流传的佛经分门别类，并标明年代与译者，便于辨别和整理。《高僧传·释道安传》说“安乃总集名目，表其时人，诠(鉴别)品(评定)新旧，撰为经录。众经有据，实由其功。”不过这个《安录》早已佚失，原来的题目不详，《综理众经目录》只不过是后人给定的名字。梁朝的僧祐见过道安的目录，他的《出三藏记集》中的第二部分“经论本录”就是在吸收道安目录的基础上增补、扩大而成的。因此，僧祐撰的《出三藏记集》成为现在保存下来的最古的佛经总目。这个时期还产生了我国第一部佛家人物传记——梁朝慧皎撰的《高僧传》，收录了自东汉至梁450余名著名僧人传记。
魏晋南北朝时期，道教也有很大的发展，道教书籍很多，南朝宋文帝元嘉十四年(公元437年)道士陆修静编制了道藏的第一个总目录——《灵宝经目》，包括经书、药方、咒、符、图等目录，总共2228卷。