十六七世纪，葡萄牙和西班牙传教士在中国沿海传教时，要求领洗的中国教徒必须采用西方的姓名，接受西方的生活习惯，因而中国人民将入教视为归顺外国殖民者，加以抵制，致使西方传教士长期无法在内地立足。利玛窦入华后，极力调和基督教教义与中国传统习俗的矛盾，以减少传教的阻力。他引征儒家经典中天和上帝的概念，作为基督教至上神天主存在的依据，并对祀天、祭孔、拜祖等传统礼仪和社会习俗持宽容态度，从而获得成效。这些顺从中国习俗的方法本属有利传教的权宜之计，但仍有部分在华传教士反对。如利玛窦的继任人龙华民，一开始就反对这种天主教中国化的方针，他继任会长后便禁止教徒祭孔拜祖和称天主为“天”或“上帝”。1627年12月至1628年1月，在华耶稣会教士由阳玛诺主持在嘉定召开会议，在关于天主译名的问题上虽然未能取得一致意见，但对于祭孔和拜祖等中国传统习俗，则认为不宜于干涉。汤若望没有参加会议，但赞同大多数人的这一意见，使天主教尽量适合中国人的生活。在华耶稣会教士中，支持利玛窦的有闵明我、卫匡国、高一志、徐日昇、张诚等，赞成龙华民的有庞迪我、利类思、傅泛际等。当时，西班牙、法国等国的宗教势力尚未深入中国，罗马教廷也因东方教区属于开创阶段，传教方法让教士自由决定，无意多加干涉，所以在华耶稣会教士内部虽有意见分歧，但还未发生激烈的争论。
1630年以后，西班牙多明我会、方济各会教士先后从菲律宾来到福建传教。他们为了打击葡萄牙势力，夺取对华传教的控制权，对耶稣会容忍教徒祭孔拜祖大张挞伐。马尼拉大主教根据西班牙传教士的报告，1635年诉请教皇乌尔班八世注意在华耶稣会士对于中国偶像崇拜和迷信行为的过分宽容，但后来他又撤回原来的上诉。1643年，多明我会教士黎玉范专程赴罗马教廷传信部，对中国耶稣会传教会提出17条指控，在教廷挑起一场争论。教廷传信部为打破葡萄牙对中国传教的垄断权，同年任命黎玉范和方济各会士栗安当为葡萄牙保教权之外的中国传教区监牧。两年后，教皇英诺森十世批准多明我会的指控，禁止中国教徒祭孔拜祖。在华耶稣会教士闻讯后，特派正在布鲁塞尔的卫匡国到罗马向教皇报告教务，阐明礼仪问题。卫匡国在1654年向教廷圣职部提出有关礼仪问题的建议，要求把敬拜祖先的仪式与民间迷信活动分开，说明根据中国的实际，拜祖只是敬死如生，并非视死者为神灵，因此不是偶像崇拜。还提出祭孔礼仪作为民间尊师的礼节，已成为知识分子的社会习俗。祭孔拜祖纯属中国文化制度的问题，不具宗教性质。经过五个多月的辩论，耶稣会在罗马终于获胜。1656年，教皇亚历山大七世重作裁决，同意耶稣会在华的传教方针，并批准卫匡国的建议，发布“按所叙实况，教徒在不妨害根本信仰的情况下，可以自由参加中国礼仪”的指令。
多明我会对于这一决定极为不满，教士鲍郎高责问圣职部，要求教廷答复1645年的禁令是否仍然有效。1669年11月，教皇克莱芒特九世批准圣职部发出第三项指令，宣布1645年和1656年的两项指令均属有效，具体情况由传教士自行判断，并将此案交异端裁判所继续审议。尽管争论双方仍然各行其是，利玛窦以来的耶稣会传教方针实际上已取得教廷的认可。钦天监教案发生后，耶稣会、多明我会、方济各会、奥斯定会的在华传教士齐集广州，讨论一个多月，于1668年1月26日作出一个42款的决议，其中有“恪遵1656年法令”的条款，参加者均签押认可。在礼仪问题上，方济各会、奥斯定会与耶稣会持相同观点，西班牙多明我会教士纳瓦雷特却逃到澳门返回西班牙。1676年，他在马德里出版《中国历史政治宗教论集》第一卷，公开抨击耶稣会在华传教方针，着重攻击有关礼仪的问题。三年后又出版第二卷，使有关中国礼仪的争论趋于激化。
1658年，罗马教廷在中国推行宗座代牧制，任命五年前成立的巴黎外方传教会教士为宗座代牧，积极支持法国传教势力进入中国。1684年，中国南部宗座代牧陆方济进入福建，并以总理全国教务的身分宣布在华传教士、会士、传教员必须宣誓服从代牧。葡萄牙、西班牙禁止本国传教士对他宣誓，法国也仅同意本国传教士向法国主教宣誓。1688年，葡萄牙政府宣布，凡到东方传教的各国传教士，都要从里斯本出发，并宣誓服从葡萄牙保教权。1690年，罗马教廷为了缓和与葡萄牙的矛盾，同意葡萄牙在其保教权下设置澳门、南京和北京教区，并有确定教区范围的权利。葡萄牙将中国各省全部划归于三个教区之内，致使罗马教廷派遣来华的主教竟无插足之地。1696年，罗马教廷宣布缩小葡萄牙的主教区范围，在江西(西班牙奥斯定会传教范围)、湖广、陕西(意大利方济各会传教范围)、福建、四川、云南(法国巴黎外方传教会传教范围)、贵州(法国耶稣会传教范围)、山西(耶稣会中国传教会传教范围)和浙江(西班牙多明我会传教范围)九省设置八个代牧区，归教廷直接统辖，委托各修会管理。这些代牧区名实俱存者仅福建、四川、陕西三省。罗马教廷和西方各国对中国传教区领导权和势力范围的争夺，使对中国礼仪的争论进一步激化和复杂化。1693年，陆方济的继任人阎珰〔dang当〕(即昧各老)在福建发布牧函，禁止使用“天”和“上帝”两个称谓，不准教徒祭孔拜祖，认为1656年教廷容忍礼仪的指令，在良心上无须遵守。接着，他又开除了两名耶稣会教士，激起耶稣会会众的反对。阎珰派两名教士赴罗马，请教廷重新审议1656年的指令。1697年，教皇英诺森十二世将此案交付异端裁判所审处。同时，法国耶稣会教士李明于1692年回国后，撰写了《中国现状新志》和《论中国礼仪书》，介绍儒家学说并批评西方对东方文化的无知，在法国教会内部引起一场关于中国礼仪问题的大规模争论。此时，反对耶稣会在华传教方针的意见，在法国教会内部逐渐取得主导地位。1700年，巴黎大主教诺阿耶和索邦神学院煽动舆论谴责耶稣会对华传教方针，李明的著作也遭到批判并禁止出版。
1700年以后，关于中国礼仪的争论发展为罗马教皇与清朝皇帝的直接冲突。1699年，耶稣会教士徐日昇、闵明我、安多、张诚等上疏奏请康熙训谕中国礼仪之真解。康熙在1700年11月30日批示：“敬天及事君亲、敬师长者，系天下通义，这就是无可改处。”反对派攻击耶稣会教士关于教义的争论不请求教廷解决，反而依赖教外皇帝的裁定，纯属离经叛道。1701年，教皇克莱芒特十一世任命安提阿宗主教铎罗为特使，赴华处理传教士之间有关中国礼仪问题的争端，并在中国扩大代牧制，进一步打破葡萄牙对在华传教权的垄断。1704年，教皇发布禁令七条，要点为(1)不准以“天”或“上帝”称天主；(2)不许教堂悬挂康熙亲题的“敬天”匾额；(3)禁止教徒祭孔、拜祖；(4)不得在家留有写着灵位、神主的牌位等。1705年冬，铎罗携带教廷禁令抵达北京，虽未交验教廷任命状，仍被康熙三次召见，优礼相待。后来康熙知道教皇要中国政府服从教廷禁令，便严斥阎珰等“不通文理，妄诞议论”，“轻论中国理义之是非”。并指出，“近来自西洋所来者甚杂”，要“定一规矩”，“命后来之人谨守法度”，不得干涉中国内部事务。1706年，康熙派官将铎罗护送至南京，暗中加以监视。铎罗到南京后，得知康熙已有谕旨，规定传教士必须持有朝廷准予传教的印票并服从中国礼仪，才能在中国传教，便于1707年1月25日在南京天主教堂，以自己名义将教皇禁令摘要公布于致在华传教士公函中，不准使用“天”和“上帝”的称谓，不许祭孔拜祖，违者处以绝罚(开除教籍)。3月17日，康熙在苏州对孟由义等九名教士重申，“自今以后，若不遵利玛窦的规矩，断不准在中国住，必逐回去”。凡尊重中国法律和礼仪习俗的，可领取内务府准予传教的印票，“就如中国人一样”在中国合法居住。并派耶稣会教士艾若瑟等到罗马协商。铎罗的公函下达后，在华的巴黎外方传教会教士、大部分多明我会教士、少数方济各会教士，服从禁令而拒绝领取传教印票，均被驱逐出境。耶稣会教士和部分方济各会教士、奥斯定会教士则愿意遵守中国法度，领取传教印票；对铎罗禁令，上诉教廷，陈述不予执行的理由。铎罗在广州因拒交教廷任命状，被押解澳门，交澳门总督看管。葡萄牙人本来就怀疑铎罗的使者身分，将他软禁。1710年5月，铎罗病死于软禁中。
1710年，教皇克莱芒特十一世重申给铎罗的禁令，北京耶稣会教士上书教廷，要求暂时收回成命，复加审查。罗马经过重新审议，于1715年颁布《自登极之日》通谕，宣布传教士不得重提中国礼仪问题，并命在华传教士必须宣誓遵守前令。次年八月禁令传到广东后，多数教士只得遵行。康熙认为这是干涉中国内政，在1717年4月16日下旨礼部禁止天主教在华传教。1720年，教皇克莱芒特十一世派遣亚历山大宗主教嘉乐为特使，取道里斯本赴华，企图说服康熙同意接受教皇禁令，继续允许西方传教士在华传教。康熙在接见时，对教皇禁令与“中国之大理”相悖谬处严加驳斥，指出：“尔西洋人不解中国字义，如何妄议中国道理之是非？”教皇的禁令“只可禁止尔西洋人，中国人非尔教皇所可禁止”。并且批示：“以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事。”嘉乐的使命宣告失败，于1721年离京，至澳门提出“八项准许”的暂行折衷办法，同意在不违背禁令精神的前提下可以奉行非宗教性的中国礼仪。但各教区、各修会仍议论纷纷，争吵不休。1742年，教皇本笃十四世颁布《自上主圣意》通谕，重申1715年禁令，废除“八项准许”，并以对此项禁令的服从为入教条件。至此，长达百年之久的天主教的中国礼仪之争得以平息，但天主教也失去了在华合法传教的政治条件。
康熙对礼仪之争的批答
清政府颁发给教士的传教印票
雍正即位之初，有人控告多明我会教士在福建建筑教堂，闽浙总督满宝上疏，“请将各省西洋人除送京效力人员外，余俱安置澳门，其天主堂改为公廨，误入其教者，严行禁饬”。雍正在1724年下令，限各省传教士在半年内离境。各省教士50多人，包括耶稣会教士37人，连同五名主教一齐被驱逐出境。1732年8月，齐集在广州的35名教士，也被两广总督放逐澳门。在钦天监的教士20人，以监正戴进贤、监副徐懋德为首，仍继续留用，但不准传教。雍正又召见冯秉正、巴多明、费隐三司铎说，“教友惟认识尔等，一旦边境有事，百姓惟尔等之命是从；虽现在不必顾虑及此，然苟有千万战舶，来我海岸，则祸患大矣”，表示不能使中国人都成为教徒，听命于教皇。1725年，雍正对前来朝贺的教皇使节说，“天下各教皆以劝善为本，然教之至善，未有善于儒者”，公开表明对天主教的拒绝态度。
不久发生苏努一案。宗室苏努全家信教，因在王位继承上襄助康熙第八子允禩〔si四〕，开罪于雍正。其子勒什亨、乌尔库又因庇护康熙第九子允禟〔tang唐〕获罪，随允禩、允禟充军西宁，随行者有葡萄牙耶稣会教士穆敬远。勒什亨、乌尔库在西宁传教，被雍正召回北京收押，株连苏努和穆敬远。1726年，葡萄牙派使者麦德乐来华营救穆敬远，向雍正献厚礼。此时穆敬远早已中毒身亡。雍正回赠厚礼，并派御史常保护送麦德乐至澳门。国内禁教仍然雷厉风行，教堂仅保留北京的南堂、东堂、北堂和雍正时专为传信部建造的西堂。各国传教士只有在本国政府支持下，秘密潜入内地传教。
天主教的传教活动始终操纵于西方传教士之手，教廷的禁令又与中国传统的礼仪习俗、知识分子的登仕之途背道而驰，传教事业很快陷于绝境。乾隆时期，清政府继续多次搜捕秘密进入内地的传教士。1747年，福州处决一名多明我会主教。次年，苏州绞死两名耶稣会教士。南京、湖北、四川接连关押教士。1785年，方济各会四名教士潜入内地，在湖广被捕。接着，四川、山西、陕西、山东、江西、广西等省教士，或被捕，或自首，相继押解北京，18名西方传教士最终被从宽释放。但在北京，始终有教士供职宫廷。钦天监有戴进贤、徐懋德、刘松龄、鲍友管、高慎思、索德趋。郎世宁在内廷绘画，林济各修理钟表，罗怀忠充当药师，安泰是御医。另有南堂、东堂耶稣会教士11人，北堂法国耶稣会教士11人。
1773年7月21日，教皇克莱芒特十四世正式下令取缔耶稣会，两年后命令传到中国，耶稣会中国传教会宣告解散。1785年4月，教廷传信部派遣的三名遣使会教士抵京，以北堂为住院接替耶稣会传教。在中国传教200年的耶稣会正式退出中国历史舞台，天主教的传教活动跌入低谷。据1810年的统计，全国天主教徒人数下降到21.5万人。在1840年前，教会的教务主要由80名中国教士主持，基层教堂均由上层教徒管理，秘密进入内地的外国传教士仅30名。基督教在历史上曾四次入华，在基督教传播的历史上，从未有过需要如此反复多次、重新开始传教的国家。而且，至少前三次重新开始时都要完全从头做起。唯有第四次对华传教活动能稍稍借助于以前打下的基础。这里所讲的第四次对华传教活动，就是19世纪以来，以基督教新教入华为起点，各派各差会凭借殖民势力所进行的大规模传教活动。