上述军管型和军事监护型政区虽与正式政区有区别，但贡赋版籍都上报中央政府的有关部门。另外还有一类非正式政区，中央政府控制较松，贡赋版籍多不上户部，而且政区特征也不明显，亦即无明确的层级、幅员和边界，只是以少数民族原有的部落统治方式隶属于边境的军事组织，在唐称为羁縻府州，在明则为羁縻卫所。所谓羁縻，意即名义上的统治，本意是束缚。
唐代羁縻府州 唐太宗自平突厥以后，声威大震，因此西北诸番及蛮夷纷纷内属，表示归附。朝廷就以其部落列置州县，较大部落则置为都督府，并以其首领为都督、刺史、县令，采用世袭制度。这些府州县就称为羁縻府州。有唐一代先后建置过856个羁縻府州，都由边州的都督、都护所分领。若以少数民族及所隶之地区划分，则：
突厥、回纥、党项、吐谷浑隶关内道，为府29，州90；突厥之别部及奚、契丹、靺鞨〔mohe沫何〕、降胡、高丽隶河北者，为府14个，州46个；突厥、回纥、党项、吐谷浑之别部及龟兹、于阗、焉耆、疏勒、河西内属诸胡、西域十六国隶陇右者，为府51个，州198个；羌、蛮隶剑南者，为州261个；蛮隶江南者，为州51个；蛮隶岭南者，为州92个；另有党项州24个，隶属不明。
羁縻府州数量巨大，情况千差万别，有控制稍紧的，有控制很松的，更有的只是挂名而已，无法详细分别。控制稍紧的有的与正州差别不大，州下设县，有版籍户口，如陇右道松州都督所辖丛、崌、奉等13州起初与正州无异。有些正州也可退而为羁縻州，如江南道有牂、琰、庄、充、应、矩六州(今贵州中部和南部)，本来为下等州，开元和天宝年间先后降为羁縻州。
控制较松的羁縻州既不分县，也无版籍。只知为某族某部所置。更有些羁縻府州仅有州名，甚至只登记在案而已。其中最生动的例子要算波斯都督府，这个都督府是唐代最边远的羁縻府。在唐高宗时，波斯国内乱，又遭大食国所侵，国王被杀，其子卑路斯奔长安求救兵，唐朝政府就授卑路斯以波斯都督的名义，派兵送其回国，因路程太远，送者只至西域为止，卑路斯也未回到波斯，而羁留于吐火罗国，尽管如此，波斯都督府却仍然列名于唐代的羁縻府州之中。
与唐代羁縻府州相似的是明代的羁縻都司卫所。都司卫所是明代自成一系的军事机构，又是政区的一种形式。在这些都司卫所的外围，明代还设立了一种控制较弱的羁縻性质的都司卫所，其中最主要的有以下几处：
奴尔干都司 所辖地面极宽，从西辽河、鸭绿江至外兴安岭以北，包括整个黑龙江流域。该都司治所即设在今俄罗斯境内的黑龙江河口，表明中国对该地区行使主权的著名的永宁寺碑就矗立在那里。明代后期，奴尔干都司实际上已不存在，但其所属之建州卫等羁縻卫所仍存。清代始祖努尔哈赤的祖先就曾任建州卫的官员。奴尔干都司在全盛时期曾领有384卫。
乌斯藏都司和朵甘都司 设置于西藏地区。西藏自元代以后正式进入中原王朝版图，明代兴起，朱元璋意识到要控制西藏必须因其俗尚，采用宗教方式进行化导。因此派遣使节前往西藏，广行招谕，又承认元代在西藏所封的官职，要这些官员到南京重新受职。于是乌思藏摄帝师亲到南京见朱元璋，明廷遂封其为炽盛佛宝国师，并在西藏设置乌斯藏和朵甘两个都指挥使司，将其纳入明王朝版图。表面上都司的设置是采用军事管理方式，实际上都司只是一种名义，骨子里还是利用宗教文化形式进行联络。所以历代皇帝不断加封西藏喇嘛教里不同流派的首领为国师、西天佛子等名号，以其故俗统治，使之转相化导以共尊明王朝。以此，终明之世，西藏地区一直十分安定，明代后期两个都司又都改为宣慰司。
哈密等羁縻卫 在陕西行都司以西，今甘肃、新疆、青海交界地区，明代前期又设有哈密、罕东、安定、曲先、阿端等羁縻卫。这一地区在唐代建有正式州县，后来历经吐蕃、西夏和元代的统治，成为各番族部落的生息地。明代军事实力不足以在此建立正式卫所，所以设羁縻卫予以管理，到明代后期，此诸卫尽失于吐鲁番。
附：宋代的军 上面说到许多类别的军管型政区，但竟没有一类是以“军”作为政区的通名的。宋代虽有以“军”为通名的政区，却反而是正式的统县政区。军的建制自唐代而来，本隶属于节度使，是军旅之号，而不是行政区划的名称。
唐初的制度，军事区域与行政区域分开，在边境建立节度使—军—守捉三个层次的军事单位，每个层次都有其驻地和管辖范围，但不成为行政区划。唐后期，节度使辖区演变成为最高层政区——方镇(道)。五代时期，军事活动频繁，诸军开始与州并列，分疆而治，军旅之号渐成政区之名。
宋代以后，从边境到内地都设有以军为通名的行政区划，与府、州、监同为统县的一级行政区划。但军的地位较低，相当于下等州，即所谓“同下州”。本来军设在边境是防御的需要，置于内地是为绥靖的目的。若某地原由县所辖，一旦地方不靖，就可能设军严以治理，从而成为统县政区。军也可能升为州，但不意味着治安职能的丧失，而是表明从准州级单位提升为正式的州级单位。州有时也可废为军，这也并不说明其军事地位的增强，而只是说明政治地位的降低。
所以到宋代，军的称号变成只是政区地位的表征。军的地位虽低于州，但却高于监。例如荆湖南路的桂阳监是因采矿业而设，到南宋时就改为军，这只是表明桂阳地位的提高，并非因为采矿业的停顿。从五代置军的例子来看，县、镇、渡口、州、监都可以置军，或升或降，没有明显的规律。至于军和军额的不同，前面已经说过，此处不再赘述。