明中叶书院的兴盛和讲会制度的发展，曾经带动了学术的活跃，激发了知识分子关心国家民族前途命运的热情，也招致统治集团的恐惧，从而采取了连续禁毁的极端措施。
清代统治者在统一全国之后，吸取明代的经验教训，对书院采取了严格的限制措施。顺治九年(公元1652年)就通令“不许别创书院群聚徒党，及号召地方游食无行之徒，空谈废业”。但是，书院在文化教育事业的发展中已占有极重要的地位，特别是在汉族知识分子中有重要影响，简单的禁令又会加剧社会矛盾，所以又在严密控制下有限度地允许书院讲学，并且开始表彰某些书院，如：顺治十四年(公元1657年)应湖南巡抚袁廓宇之请，修复衡阳石鼓书院，以“表彰前贤，兴起后学”。康熙二十六年(公元1687年)手书“学达性天”匾额赐给朱熹当年所建武夷五曲书院、婺源华阳书院、庐山白鹿洞书院和长沙岳麓书院。二十九年(公元1690年)，又手书“大儒世泽”匾及“诚意正心阐邹鲁之实学，主敬穷理绍濂洛之心传”的对联，赐给福建考亭等书院。六十一年(公元1722年)，再书“学宗洙泗”匾额赐苏州紫阳书院。透露出支持尊崇程朱理学书院发展的意向。但直到雍正十一年(公元1733年)仍宣称：“至于设立书院，择一人为师，如肄业者少，则教泽不广；如肄业者多，其中贤否混淆，智愚杂处，而流弊将至于藏垢纳污。”因此，对请求聘师建书院者，仍是“部议不准”。对私人创办书院仍严加限制。
从雍正十一年起，在禁止私人创办书院的同时，却开始提倡官办书院，首先在各省会所在地兴建或恢复书院一二所，并拨给帑金以资膏火。雍正十一年世宗谕令：
近见各省渐知崇尚实政，不事沽名邀誉之为，而读书应举者亦颇能屏去浮嚣奔兢之习，则创建书院，择一省文行兼优之士，读书其中，使之朝夕讲诵，整躬砺行，有所成就，远近士子观感奋发，亦兴贤育才之一道也。督抚驻扎之所，为省会之地，着该督抚商酌奉行，各赐帑金一千两。将来士子群居读书，须预为筹划，资其膏火，以垂永久。其不足者，在于有公银内支用。封疆大臣等并有化导士子之职，各宜殚心奉行，黜浮崇实，以广国家菁莪棫朴之化，则书院之设，于士习文风，有裨益而无实弊，乃朕之所厚望也。
根据这则谕令，各省陆续兴办书院，并使之成为省内的最高学府。先后修复或创建的书院有：保定莲池书院、济南泺源书院、太原晋阳书院、开封大梁书院、南京钟山书院、苏州紫阳书院、南昌豫章书院、杭州敷文书院、福州鳌峰书院、武昌江汉书院、长沙岳麓书院、长沙城南书院、西安关中书院、兰州兰山书院、成都锦江书院、肇庆端溪书院、广州粤秀书院、桂林秀峰书院、昆明五华书院、贵阳贵山书院、北京金台书院、桂林宣成书院、沈阳沈阳书院，共23所。
在这之后，各府、州、县也纷纷设立书院，“或绅士出资建立，或地方官拨公帑经理，俱申报该管官查复。”各级书院多被纳入了官学的轨道。
乾隆年间(公元1736—1795年)，屡有诏谕，乾隆关心书院发展，命督抚、学政慎选山长，奖励成绩卓著者，要求加强对书院的管理，如：乾隆元年(公元1736年)谕：
书院之制，所以导进人才，于学校所不及……该部即行文各省督抚学政，凡书院之长，必选经明行修，足为乡士模范者，以礼聘请；负笈生徒，必择乡里秀异，沉潜学问者，肄业其中，其恃才放诞，佻达不羁之士，不得滥入书院中。酌仿朱子《白鹿洞规条》，立之仪节，以检束其身心；仿《分年读书法》予之桯课，使贯通于经史。有不率教者，则摈斥勿留。学臣三年任满，咨访考核，如果教术可观，人才兴起，各加奖励。六年之后，著有成效，奏请酌量议叙。诸生中材器尤异者，准令荐举一二，以示鼓励。
清代统治者在鼓励书院发展的同时，也加大了控制的力度。书院逐步变成仅是“广学校之不足”的官学附庸，书院主持者和主讲人多不再讲学修德，只是应付科举考试，读书士子也多迷恋于八股试帖，领取膏火。衡量书院成败得失也多以登科人数多少为准。 书院讲学的主动性大为降低，学风日渐腐败。统治者自己也不得不承认，书院山长，“遂致徇情延请，有名无实”，教学“其日所咿唔者，无过时文帖括”，生徒一味追求“微末之膏火，甚至有头垂垂白而不肯去者”，“各省书院，日就废弛，均系有名无实。”
尽管如此，清代书院的发展并非全无成就。清代书院发展也有许多新的特点。
首先，清代书院数量空前，分布地域甚广。曹松叶在《宋元明清书院概况》中统计，清代书院共有1800余所，近人统计，清代书院3000余所。不仅内地沿海各省区广建书院，许多边远省份和少数民族聚居之地也建有不少书院，如：吉林、黑龙江、青海、新疆、宁夏都有书院。特别是台湾地区，清代创立的书院60余所，据连横所著《台湾通史》载列海东书院、崇文书院、南湖书院、正音书院、引心书院、蓬壶书院、李楼书院、凤仪书院、屏东书院、玉峰书院、宏文书院、白沙书院、文开书院、龙门书院、兰田书院、英才书院、登瀛书院、明道书院、学海书院、明志书院、仰山书院、崇基书院、文石书院等共23所。
其次，官办书院占绝大多数，除各级官府以公银建立外，也有各级官员出私产创建者。据曹松叶统计：清代书院1800所，地方官府创办1088所，占60.44%；督抚创办186所，占10.33%；中央京师创办6所，占0.33%；敕奏创办(朝廷特批)101所，占5.61%，合计官办1381所，占76.71%。民办只有182所，占10.11%。
再次，商人出资创办书院增多。随着商品经济的发展，商人的社会地位有所提高，但中国长期存在“重儒轻商”的传统观念。不少商人在取得经济地位后，也想在文化上，进而在政治上谋取一定的地位，因此希望子弟染被儒风，获得科第功名，积极捐资赞助书院或支持官府专为商籍子弟开办书院。如：杭州就有徽商与盐运官员共同创办的崇文、紫阳两大书院。又如：安徽旌德县洋川镇谭子文早年曾弃学从商，乾隆五十八年(公元1793年)起筹建书院，倾其全囊，用银20000余两，花费三四年时间建成规模宏大的毓文书院。又如：盐商马回琯〔guan管〕独立出资，在甘泉书院旧址重建书院，称梅花书院。广州盐商王贵购旧宅一所，占地八亩余，建越华书院，“以备众商子弟藏修息游之地。”此外，典当业、茶业、棉业、丝绸业的商人也有捐资建书院或为书院提供经费资助者。清代末年更有外国士商捐资建书院者，如：同治十三年(公元1874年)在上海创办的格致书院，就是由外国在沪轮船公司捐资建成的。光绪年间(公元1875—1908年)，上海电报局总经理经元善出资创办过经正书院。这预示着新的教育形态在逐步萌芽和成长。