明初学术一宗程朱理学，有人称：“明初诸儒，皆朱子门人之支流余裔”，“此亦一‘述朱’，彼亦一‘述朱’”，朝廷以推崇程朱理学，尊程朱理学为官方正统思想，“非代圣贤立言之学不讲”。朱学日益支离琐繁，僵化呆滞，毫无创见，毫无生气。
正德元年(公元1506年)，王阳明在兵部主事任上因卷入宦官刘瑾与科道官戴铣等人的政治斗争，而遭贬谪至贵州龙场任驿丞。这为他提供了一个潜心学术，反思检讨理学的大好机会，于是他埋头读《易》，并招来远近诸生相互讲论，创龙冈书院。颁《教条》以示龙场诸生，以“立志、勤学、改过、责善”相激勉。他首先对朱熹的“格物致知”之说提出了大胆的怀疑，而一以“良知”为倡发，一时“士类感慕者云集听讲，居民环聚而观如堵焉，士习用变”，轰动一时。
“阳明洞”为贵州龙冈书院正门(选自李国钧主编《中国书院史》)
正德四年(公元1509年)王阳明应邀讲学于文明书院，首倡“知行合一”之说，州县子弟伏俊者纷纷前来求教，“设问答疑或至深夜，诸生环而听讲者数百计”。从此，王阳明的“良知”之论，“知行合一”之说风行各地，在社会上和学术界令人颇有耳目一新之感。自此之后，王阳明先后在江西修濂溪书院讲学，“四方学者辐辏〔fucou服凑〕”；集门人于白鹿洞书院讲学，“揭良知之教”，欲同门人共明此学；在浙江绍兴知府南大吉支持和邀请下“辟稽山书院，聚八邑彦士”，湖广、广东、直隶、南赣、安福、新建、泰和等八方学者300余人环坐而听；又在广西建敷文书院，传播其“致良知”和“知行合一”之学。
王阳明的学术思想和活动，极大地推动了明中叶书院的蓬勃发展，书院的兴盛也为王阳明学说的传播提供了最适宜的形式和场所。阳明之学“东南景附”，“风靡天下”，弟子门人遍于国中，所建书院也就遍及各地。
浙中一带，王门弟子甚众，影响也极大。主要代表人物，有：钱德洪，早年即师从王阳明，同邑范引年等数十人会聚于中天阁，同学共进。嘉靖七年(公元1528年)王阳明出征广西思田，他与王畿“居守越中书院”，此后，“在野三十年，无日不讲学，江、浙、宣、歙〔she 社〕、楚、广，名区奥地，皆有讲舍。”王畿，从王阳明学，“林下四十余年，无日不讲学，自两都及吴、楚、闽、越、江、浙，皆有讲舍。”黄绾〔wan晚〕，从学于王阳明，主张以“良知”之说为核心，吸收朱学“学与思”的“实地工夫”，曾两次与王畿展开“深辩”。吸引了众多学者，活跃了书院的学术气氛。此外，还有张元冲，为官江西时，辟正学书院，与东廓、洛村、枫潭联讲会，又建怀玉书院。程文德，被黜为信宜典史，应总督陶谐之邀，主苍梧书院。
江右一带，王门弟子众多。黄宗羲曾说：“姚江之学，惟江右得其正传，东廓(邹守益)、念庵(罗洪先)、两峰(刘文敏)、双江(聂豹)其选也，再传而为塘南(王时槐)、思默(万廷言)，皆能推原阳明未尽之意。”(《明儒学案·江右王门学案》)
邹守益是王学在江右的主要代表，一生从未间断讲学，先后筑复古书院、白鹭书院等。他特别热衷于联讲会，在复古书院讲学，春秋两季，“乡大夫在郡邑者，皆入会”。“延同门王艮及诸贤讲学兴礼，风动邻郡”，家居之后，“聚讲”不辍，“大会凡十”，“常会七十”，“会聚以百计”，他的足迹遍及江南大部地区，尤其江西境内，弟子动辄“以千计”。
罗洪先(念庵)、聂豹(双江)与欧阳德、邹守益等都师事王阳明讲求良知之学，建龙津书院讲论，学者远集而至，称门人者半天下。聂豹在任福建巡抚时，建养正书院，“以明正学”。
邹元标，阳明后学，曾因谏诤张居正而遭贬斥，又因上疏被谪贬南京三年，罢官家居，建仁文书院，聚徒讲学。天启初年，在京师建首善书院，与冯恭定一起讲学其中，并成为东林党的重要首领之一。
苏皖一带王门后学，被称为“南中王学”。主要代表人物有：黄省会(五岳)、朱得之(近斋)、唐顺之(荆川)、徐阶(存斋)等。苏皖地区盛行讲会，如：泾县水西会，宁国同善会，江阴君山会，贵池光岳会，太平九龙会，广德复初会，江北南樵精舍，新安程氏世庙会，泰州心斋讲堂等，都是王门弟子书院讲会的具体组织形式。
湖北一带主要有蒋信(道林)、冀元亨(闇斋)等。蒋信早年从学于王阳明，后又学于湛若水，因此，主张“理气、心性、人我，贯通无二”，兼有王学与甘泉学的思想成分。先后建正学书院与文明书院。学徒云集。
山东、河南一带也有王学传人，如，穆孔晖(元庵)、尤时照(西川)、孟化鲤(云浦)等，分别在愿学书院、见大书院和湭〔qiu求〕西书院讲学。
泰州学派是阳明学的一个重要学派，而在学术旨趣上又大有别于阳明学派，其代表人物多出于社会下层，主张“百姓日用即道”，具有浓厚的平民色彩，常被称为王学“左派”，对后世影响极大，直到近代的不少激进的民主主义者均颇受其影响。泰州学派与明代书院的兴盛关系也极为密切。王艮是泰州学派的重要代表，从正德十五年(公元1520年)起，追随王阳明，朝夕相待，沿途聚讲，先后在会稽筑书院于城市中，又在广德建复初书院“大会同志”，在泰州主持安定书院教事，后至金陵，与湛若水、吕柟〔nan南〕、邹守益、欧阳德等讲论于新泉书院。在王阳明去世后，弟子多前往会葬，而后，“大会同志，聚讲于书院”，“四方从游者甚众，相与发挥百姓日用之学”。何心隐，闻王艮为学立本之旨，遂放弃科举仕途，专事聚徒讲学，在京师，辟各门会馆，招徕四方之士，方伎杂流无不相从。后为避官僚严嵩的迫害，踪迹不常，所游几半天下，南至八闽，东至杭州，西至重庆，到处聚徒讲学，终被反对书院讲学的张居正拘捕而死。罗汝芳，在任宁国府守时，宣讲王阳明亲订之《南赣乡约》，后在京师讲学于广慧寺，朝士多从之，致仕后“与门人走安成，下剑江，趋两浙、金陵，往来闽黄，益张皇其学，所至弟子满座，而未尝以师席自居。”方学渐，曾任国子祭酒，后弃职专事讲学，主教于紫阳书院，创制了《崇实会约》，对书院会讲制度的发展有很大影响。周汝登，先后讲学于天真书院、慈湖书院、鹿山书院，对书院讲会贡献颇多。
可以说，明代书院因王阳明及其后学讲学而兴盛，而明代书院的兴盛也为王学的发展和传播提供了机会和条件。