明代书院的发展与明代的文教政策有密切关系。
明代初年，在结束了元末以来社会动荡不安的混乱局面，经过近百年的努力，经济得以复苏和发展，政治和社会相对稳定，出现了所谓“洪永”盛世。在此期间，朝廷坚持“世治宜用文”的文教政策，集中精力发展官学和强化科举考试，并且取得明显的成效，官学教育得到空前的发展。据《明史·选举志》称：
明，天下府州县卫所皆建儒学，教官四千二百余员，弟子无算，教养之法备矣……盖无地而不设之学，无人而不纳之教，庠声序音，重规叠矩，无问于下邑荒徼、山陬〔zou邹〕海涯。此明代学校之盛，唐宋以来所不及也。
中央官学规模扩大，设施充备，制度完善，待遇优厚。有人称：明代中央官学“规制之备，人文之盛，自有成钧，未之尝闻也”。地方各级官学也普遍设立，并采取一系列措施，调动入官学读书的积极性，一度形成“家有弦诵之声，人有青云之志”的社会风气。
正是在明代朝廷全力发展官学，强化科举考试的文教政策导引下，造成了明初近百年书院备受冷落，陷入沉寂状态。近代学者、书院史研究专家柳诒征先生在《江苏书院志初稿》一书中指出：“明初教士，一归学校”，而“讲学书院之风一变，其存者徒以崇祀先儒耳”。清代学者黄以周也曾说过：“学校兴，书院自无异教；学校衰，书院所以扶其弊也。”
在这期间，有不少书院被并入地方官学或社学，连著名的白鹿洞书院，自元末毁于兵火，一直无人问津，竟然“昔日规制不可见，惟闻山鸟相呼，山鸣谷应，余音悠扬，恍类弦歌声”(《白鹿洞志》卷十二，《游鹿洞记》)。著名的岳麓书院在明初也处于荒废状态：“破屋断垣，隐然荒榛野莽间。”当时有人留下一首《书院废迹》诗：“峨峨岳麓山，前贤读书处。世远人亦亡，遗基尽荒秽。犹存北海碑，尚有南轩记。公暇一来过，徘徊发长喟！”(《岳麓志》)少数书院虽得以保留，主要是用作祭祀之所，如：洙泗、尼山书院只为祭祀孔子及其弟子，不复有讲学之举了。
自明宪宗成化年间至孝宗弘治年间(公元1465—1505年)，由于宦官势力膨胀，政治日渐腐败，社会矛盾加剧。官学教育和科举考试弊端丛生。官学学生“但取食廪年深者”，“只有资格”、“不讲学力”，“士风浇漓”、“不胜其滥”。在这种情况下，一部分朝臣和读书士子担心文教事业每况愈下，强烈要求朝廷采取措施，“颁布明诏，广开言路，以振作鼓舞天下士气”(《明通鉴》卷三十三)。同时着手恢复书院讲学，以弥补或纠正官学和科举之弊。如：成化元年(公元1465年)南康太守李龄在白鹿洞书院旧址增建房舍，招郡人子弟相约其中，聘著名理学家胡居仁掌教事，“名士弦诵其间，而风教始著”，并立规约六条，“正趋向以立其志，主诚敬以存其心，博穷事理以尽致知之方，审查几微以为应事之要，克治力行以尽成己之道，推己及物以广成物之功”。吸引“四方英明豪杰之士，相与讲论，切磋于其间”(《胡敬斋集》)。又如：成化五年(公元1469年)长沙知府钱澍修复岳麓书院，使“百数十年丘墟之地，顿觏大观”，弘治七年(公元1494年)陈钢、杨茂元继续修复，至弘治九年(公元1496年)再次“辟道路，广舍宇，备器用，增公田，储经书”，以便“振文教于湖南，流声光于天下”(《岳麓志》卷七)。
白鹿洞、岳麓两座著名书院的相继修复，确实起到了“流声光于天下”的作用。朝廷也一改长期对书院冷漠的态度，主动提倡建书院，如：宪宗成化二十年(公元1484年)“命江西贵溪县重建象山书院”，孝宗弘治二年(公元1489年)“以吏部郎中周木言修江南常熟县学道书院”。这都标志着明代书院全面兴盛时期即将来临。
明代正德年间(公元1506—1521年)，书院进入极盛时期。“缙绅之士，遗佚之老，联讲会，立书院，相望于远近。”其直接原因是王阳明、湛若水等一批名流大师倡书院以聚徒讲学。据《明史·王守仁传》赞称：“正嘉之际，王守仁聚徒于军旅之中，徐阶讲学于端揆之日，流风所被，倾动朝野。”沈德符在其所著《野获编》中也说：“自武宗朝(武宗朱厚照，年号正德)，王新建(王阳明被封为新建伯，故称王新建)以良知之学，行江浙两广间，而罗念庵、唐荆川诸公继之，于是东南景附，书院顿盛。”湛若水是一位“志笃而力勤”的教育家，55年间无日不授徒，无日不讲学，“平生足迹所至，必建书院以祀白沙(陈白沙，湛若水之师)，从游者殆遍天下”。
有人统计，明代共建书院近1600所，其中正德年之前所建约500所，正德年之后所建约1100所。就是说，从朱元璋建明至正德元年(公元1368—1506年)近140年，所建书院，仅占明代书院总数的30%，正德之后同样不足140年(公元1506—1644年)，所建书院占明代书院总数的70%。而正德、嘉靖两朝(公元1506—1566年)共60年，却建书院达634所，占总数近40%，超过正德前140年所建书院的总和。在王阳明、湛若水等人及其弟子门人讲学活动的主要地区，书院增设更盛，如：江西书院达265所，浙江也达173所，广东(含海南)149所。三省之和近600所，占全国书院1/3以上。连西北、西南等边远地区，如甘肃、宁夏、贵州、云南等省区，也创建了不少书院，而且绝大部分为正德年之后所建。
正德、嘉靖两朝对书院发展采取支持、鼓励的方针，促使书院蓬勃发展，结果发展规模扩大，书院数量猛增，书院讲学的宗旨和内容也出现不合官方意图的趋势。朝廷感到有失控的危险。尤其是不少书院被卷入朝野政治斗争的风浪中，引起朝廷的警觉，在某些政治势力的操纵下，自嘉靖后期起，多次出现禁毁书院的事件。但是，书院具有强大的社会影响力和生命力，事实上是禁而不止，毁而难废的。
纵观明代书院的发展，明初百余年，“国学网络人才，士之散处书院者，皆聚之于两雍，虽有书院，其风不盛”。正德之后，“国学之制渐堕，科举之弊孔炽，士大夫复倡讲学之法，而书院又因之以兴。”(《江苏书院志初稿》)王阳明等人聚徒讲学，倾动朝野，东南景附，远近相望，流风所被，书院顿盛。至东林书院兴，其讲学力主“讽议朝政，裁量人物”。朝廷又采取了粗暴地禁毁措施，然而又禁而不能止。