内服方药是运用适合于病情的配方，采取汤、丸、散、膏、酒、药膳等多种不同的剂型进行内服。古人治病有一个由单味药到多味药的过渡时期，配方即指由多种药物组成的复方。复方究竟从什么时候开始的，已不可详考，但不会晚于商代。古文献中有“伊尹制汤液”之说。伊尹是汤与有莘氏结姻时，陪嫁过来的奴隶，明于滋味，精于烹饪，又通医学。曾以烹饪之理喻国事，而被汤赏识，因之擢以为相。后成为商灭夏的开国元勋。以他的技能与地位分析，开创汤液(水煎剂的调制)理论，是非常可能的。出土的殷商时代的甲骨文献有“鬯〔chang畅〕其酒”的记载。鬯是芳草做的药酒。汤剂、酒剂的出现，其显然的意义是方便了复方的使用。从《汉书·艺文志·方技略》所录的书目来看，汉以前的古代医学书籍中，方书所占的比例很大。说明在上古时代内服方药就已经成为治疗疾病的很重要的方法了。之后历代中医治病内服方药所占的地位越来越重要。关于中药学与方剂学的丰富内容及发展过程将有专章介绍。
针灸术是我国独特的治病手段，源远流长。针和灸本不是一种治疗方法，为什么从古至今针与灸总是相提并论呢？这是因为它们有一个共同点，就是都要根据经络学说，循经选穴进行治疗。
针是针刺，远古时代针具是用石头制作的。称为“砭石”，随着社会生产力的发展，针具也在不断地改进，于是先后出现了骨针、竹针、陶针。冶金术发明后，针具有了突破性的革新，出现了铜针、铁针、银针、金针等，并且由原始的仅能用于放血、按压的针具，创造出了具有各种用途的针具，如《灵枢》中就记载了“九针”的形状特征及用途。
《灵枢》九针图(图形参照《类经图翼》)
灸法是以火的温热刺激作用于某一部位，来达到治疗目的。古人很早就认识到“陈艾”，即存放时间较久的艾，是最好的灸灼材料。艾灸有温通经络、祛寒除湿等作用。把艾叶晒干，捣成绒状，筛去杂质备用。艾绒点燃后，有火力均匀、不易散裂、不易熄火的优点。艾绒可以做成艾条、艾柱直接灸，或隔姜、蒜、盐的多种隔灸法。
针灸疗法并不局限于止痛，像药物一样，可以应用于临床各科的治疗。据传《黄帝针灸》与《神农本草》、《素女脉诀》并为三世(伏羲、神农、黄帝时代)之书，均已不传于世。书出三世虽不足信，但说明我国最早的医书中就有针灸疗法的专著。长沙马王堆汉墓出土的《足臂十一脉灸经》与《阴阳十一脉灸经》(甲、乙本)，从内容看很明显是《黄帝内经》以前的著作。其书专论灸法，不论针法。据统计前者论及所主病候有78种；后者已增至147种。至《内经》，经络学说更加完善，针、灸治法的讨论在全书中仍占有相当大的比重。以上情况说明古代治法有一个重视灸法，针、灸并重，药物、针、灸并重的演变过程。在《内经》问世之前我们的灸法治疗已经很丰富、很系统了。古代名医一般都具备高超的针灸技术。特别是治疗急症时，首选针、灸疗法。史籍所载秦越人、淳于意、华佗等人治疗的一些病例均反映了这一情况。
早在唐代针灸就已成为独立的专科。针灸专科的设置一直延续到清代中叶。清道光以后，朝廷虽强令太医院停用针灸疗法，但仍旧广泛地流传于民间。新中国成立以后，针灸学受到国家的重视，得到大力发扬，同时在海外也有着深远的影响。
远古时代，人们的身体某个部位有了伤痛，经手按揉以后会减轻痛苦，所以自然地会用同样的方法去减轻别人的痛苦，这就是原始按摩的起源。以后有了经络、藏象学说的理论指导，才能称之为按摩疗法。按摩又称“推拿”。
《五十二病方》有治疗小便不通的按摩方法。《内经》中有按摩治疗经络不通等引起的疾病的记载。张仲景在《金匮要略》中介绍了“自缢死”的按摩急救手法：“徐徐抱解，不得截绳，上下安被卧之。一人以脚踏其两肩，手少挽其发，常弦弦勿纵之，一人以手按据胸上，数动之。一人摩捋臂胫屈伸之。若已僵，但渐渐强屈之，并按其腹。如此一炊顷，气从口出，呼吸眼开，而犹引按莫置，亦无苦劳之。须臾，可少桂汤及粥清含与之，令濡喉，渐渐能咽，及稍止。若向令两人以管吹其两耳，罙〔shen深〕好，此法最善，无不活者。”这是非常珍贵的有关“人工呼吸”手法的最早文献。可见按摩可适用于临床各科，但发挥作用最大的要属养生、儿科和骨伤科。明、清两代小儿推拿专著就有十几种。历代养生及骨伤科专著均离不开按摩手法的介绍。由于按摩治疗效果可靠，使我国骨伤科饮誉海外。
我国自唐代起就有了按摩专科的设置。
按摩手法繁杂多变，约有100多种手法。概括起来，有以按捏为主的，如按、压、点、拿等；有以揉搓为主的，如推、擦、摩、搓等；有以振动为主的，如拍、抖等；有以复位为目的的，如摇、扳、引伸等。此外，有时还要配合应用一些器械，如对脊椎骨折的整复治疗。《世医得效方》强调不可用手整顿复位，须用软绳从脚吊起，悬坠使脊柱充分直伸，其骨自然归窠。对颈椎骨折、脱位，《永类钤方》则用“攀巾踢罂〔ying英〕法”：用手巾兜缚颏下，系于脑后，系紧连接的绳子，绳头系于房上，令患者坐在大酒坛上，突然踢去坛子，借绳拉力使颈椎复位。二书均出于元代，经600多年后，才有英国人提出“悬吊复位法”，被认为是伤科史上的创举。
常用的药物外治法有敷、熏、洗、熨、吹、导等。古代很重视药物外治法，西周时它是外科、骨伤科医生最重要的治疗手段。战国时扁鹊(秦越人)见齐桓侯有病，几次请他接受治疗，齐桓侯都拒绝了，及至后来，当齐桓侯感到自己有病需治疗时，已经不可救药了。当时扁鹊说：“病邪在肌肤可用汤熨治疗，……在骨髓就没有办法了。”说明当时汤熨这一药物局部热敷的方法已应用于临床。他在抢救虢太子时采用了针、灸、汤熨等综合疗法，收到了“起死回生”的治疗效果。
扁鹊(秦越人)
在历代医籍中，都有药物外治方的介绍。值得提出的是，清代名医吴尚先治病主要采用外治法，而且疗效颇佳，每天诊治病人达一二百名，多时甚至达三四百之多。他讲施外治法的体会谓：“初亦未敢谓外治必能得效。逮亲验万人，始知膏药治病无殊汤药，用之得法，其响立应。”他的外治法主要用膏药贴敷，配合点、搐、熏、擦、熨、烙等方法。更可贵的是，他把数十年的外治经验进行了系统地整理，撰写了《理瀹〔yue月〕骈文》一书，对中医药物外治法做出了突出的贡献。
我国从唐代至清代的医学分科设置，都有“祝由科”(或称“禁科”)这一专科。
祝由之术起源于古代巫医。相传黄帝时有二臣善于医，歧伯以医药诊治疾病；祝由治病不用药，唯清水一碗，以手捏剑诀，敕勒书符水面，让病人饮其水治病。后来即以其姓氏为名，称此治病之术。可见“祝由”是一种巫医的骗术，为封建迷信的糟粕。但是它为什么能延续几千年，并在很长一段时间里，与临床各科同时存在于宫廷的卫生机构中呢？这是因为古代医学家发现用语言暗示，也可能达到某些治疗目的。于是在古代医学著作中，提炼了祝由术的合理内容，抛弃了它的迷信色彩，记录了一些治疗手段。《灵枢·贼风》在讨论巫者祝由治病的道理时说：有些人曾感受外邪而没有发病，后因情志“有所恶及有所慕”，造成了气血逆乱而致病。由于一般人察觉不到病因所在，所以认为是鬼神作怪。先巫知道此病生成的原因和消除此种致病原因的办法，所以只需用“祝说病由”，即述说病因，不用针、药，也能治好疾病。明代的张景岳在《类经》中解释得更清楚，他说祝由治病是“求其致病之由，而释去心中之鬼”。古代医学用“移精变气”来概括祝由治病的依据。“移精变气”就是通过精神调节，以改变气血逆乱的病理状态，即相当于今天的“心理疗法”。
《列子·力命》记载了一则故事，有个叫季梁的人，病得很厉害。他儿子为他请了三个医生，其中的卢医只用一番话，把病因说明，未用针、药，病就治好了。卢医采用的就是典型的“祝说病由”的方法。我们很熟悉的诸葛亮用“万事俱备，只欠东风”一句话给周瑜治病的故事，其实是有医学根据的。
精神疗法也并不局限于“祝说”，只要达到“移精变气”的目的，也是可以采用多种手段的。《吕氏春秋·至忠》中有一个实例，就是用医生的反常行为来调治病人的精神障碍的。齐王有病，到宋国请来了文挚，文挚看过病人后，对太子说：“大王的病，必须激起他发怒才能好，但他病愈后一定要杀我！”太子恳求说：“大王病愈，我和母亲一定替你求情。”文挚治病的过程是这样的：先是约定好诊病的时间，却三次失约，让齐王空等。后来去了，不脱鞋就登上齐王的床，踩着齐王的衣服询问病情。齐王憋了一肚子气不理睬他，他反而用言语进一步地激怒齐王，齐王终于怒不可遏地起身斥责他，可是病状却意外地消失了。尽管病愈，怒气不息的齐王还是“生烹”了文挚。为什么使人不愉快，反而能治疗疾病呢？这就需要用中医“情志相胜”和“五行制约”的关系来解释了。
古代医家用这种精神疗法治愈疾病的例子很多。有时他们也巧妙地利用患者的迷信心理治病。《景岳全书》介绍了韩世良的一个病案：一个妇女因思念亡母而成疾，百治不效。韩认为病得于“思”，应“以怒制思”(木克土)病才能好。于是买通一个巫婆，秘授机宜。患者向巫婆卜问亡母情况时，巫婆作法，模仿她母亲的声音呵斥患者说：“我是被你克死的！生虽为母女，死已为仇敌！现在我在九泉之下天天咒你，所以你的病是好不了的！”病妇听了震怒非常，从此病也就逐渐好了。医生用的是医学理论指导治疗疾病，显然与骗人的巫术有着本质的区别。古代医家始终恪守《内经》的训戒：“拘于鬼神者，不可与言至德。”
我们现在从医疗实践中看，情志变化的客观规律并不像情志相胜理论那样机械，而且在实践中，都应当把精神疗法贯穿于各种治疗方法的始终。但是，几千年前我们的祖先就很重视精神疗法，并且在秦汉时代就已形成了有关的系统理论，这一点是很可贵的。